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- EMDB-31393: Structure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium pur... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31393
タイトルStructure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium purpureum in Middle Light
マップデータ
試料
  • 複合体: phycobilisome
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 4種
キーワードlight-harvesting complex / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain ...: / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Uncharacterized protein ...Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Uncharacterized protein / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / FAS1 domain-containing protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / FAS1 domain-containing protein / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit / Phycobiliprotein ApcE / Allophycocyanin gamma subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ma JF / Sui S-F
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670745 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143048 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: The structural basis for light acclimation in phycobilisome light harvesting systems systems in Porphyridium purpureum
著者: Dodson EJ / Ma J / Suissa Szlejf M / Maroudas-Sklare N / Paltiel Y / Adir N / Sun S / Sui SF / Keren N
履歴
登録2021年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31393.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31393.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 580 pix.
= 618.28 Å		1.07 Å/pix.
x 580 pix.
= 618.28 Å		1.07 Å/pix.
x 580 pix.
= 618.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.066 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.06504417 - 0.121381335
平均 (標準偏差)0.000544629 (±0.004794267)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ580580580
Spacing580580580
セルA=B=C: 618.2801 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phycobilisome

全体名称: phycobilisome
要素
  • 複合体: phycobilisome
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycoerythrin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: B-phycoerythrin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: CaRSPs2
    • タンパク質・ペプチド: CaRSPs1
    • タンパク質・ペプチド: FAS1 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta 18 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome linker polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Lrc4
    • タンパク質・ペプチド: LRC5
    • タンパク質・ペプチド: FAS1 domain-containing protein
  • リガンド: PHYCOERYTHROBILIN
  • リガンド: PHYCOUROBILIN
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
  • リガンド: phenylmethanesulfonic acid

+
超分子 #1: phycobilisome

超分子名称: phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 14700 kDa/nm

+
分子 #1: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 39.743625 KDa
配列文字列: MAAFVTGMGA APRSQMRSVS GSAVCVRSDS VRAPGALTMR LGTVSGNSSL DKLGLDKFLS ESNRAYTPRA QPGFSSEYEQ IISATYKQL FGNAYIMDSE RAEMAKQESM FRDGQLTLKD FCRALAKTEQ YKKRFFDSRP LYGAIELNFK NILGRTPDGL E HYRAKSAV ...文字列:
MAAFVTGMGA APRSQMRSVS GSAVCVRSDS VRAPGALTMR LGTVSGNSSL DKLGLDKFLS ESNRAYTPRA QPGFSSEYEQ IISATYKQL FGNAYIMDSE RAEMAKQESM FRDGQLTLKD FCRALAKTEQ YKKRFFDSRP LYGAIELNFK NILGRTPDGL E HYRAKSAV YDTKGYEAFV DAFFDDGEYD EVYDDYTVPF YRGYKTEANL SMAAFTHFFR MVRGSSTSDK ANPNSMQKDI PL NYYGITK TPLAVIAPGA AGTAYTESFS GTGSWQSGRA GLNAARVALG VPATANGKSF RVEVTGYTQP GFGITAGTAV GKL YKANKL SRYPRSNKSY VVGFDELTPL YQRITKNGGT IASITPL

UniProtKB: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod

+
分子 #2: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.792982 KDa
配列文字列: MAAFVSGFHG VQVGAPAENK LVCRAAKPAQ LTMLTGYDSK SSPNFPNRAA TRERRTVSFN ARVARNKSQA KKILEKADEF FARSVTMQY KAFACPNGVY DIQCTEGTVK GAAYEKRAMA VSAAFRAKQA SPAAKARALF ENRRHAIIAS HECQHEEDLF V RFPKLSAA ...文字列:
MAAFVSGFHG VQVGAPAENK LVCRAAKPAQ LTMLTGYDSK SSPNFPNRAA TRERRTVSFN ARVARNKSQA KKILEKADEF FARSVTMQY KAFACPNGVY DIQCTEGTVK GAAYEKRAMA VSAAFRAKQA SPAAKARALF ENRRHAIIAS HECQHEEDLF V RFPKLSAA YMMGKTEAMR TCSRYVVPDS LEEEYMAASV DRQMKERACP GGVYASSCVE GNAKGQAEQA RVAALATAFR SA QKSASKT TAERYSSAAY GRDHFAHGCS YEESVFNTYP ATAAAMRSKS YNY

UniProtKB: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

+
分子 #3: Phycobilisome rod-core linker polypeptide

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 26.996689 KDa
配列文字列: MSIPILKYSL STQNQRVESF EVNPGDEQYR IYSTDSLPSS SEVDQIIWAA YRQIFSEHQI LKSTKQPFLE SQLRFNQISI KDFIKGLVL SAPFRDLNYN VNNNYRFVEI CVQRVLGRDI YNEREKIAWS IIIATQGLEG FIDTLLNTQE YLSNFGDSIV P FQRRRIIP ...文字列:
MSIPILKYSL STQNQRVESF EVNPGDEQYR IYSTDSLPSS SEVDQIIWAA YRQIFSEHQI LKSTKQPFLE SQLRFNQISI KDFIKGLVL SAPFRDLNYN VNNNYRFVEI CVQRVLGRDI YNEREKIAWS IIIATQGLEG FIDTLLNTQE YLSNFGDSIV P FQRRRIIP QRSKGEMPFN LKTPRYGIEF RSKLAATQFS WASPIRRFRP QEQQPKAGDP ALFLNMVQEM GPGL

UniProtKB: Phycobilisome rod-core linker polypeptide

+
分子 #4: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.478664 KDa
配列文字列:
MKTPITEAIA TADNQGRFLS NTELQAVNGR YQRATASLTA AKALTGSAQR LITGAAQAVY NKFPYTTQMP GPAYASSAIG KAKCARDIG YYLRMVTYCL VVGGTGPMDE YLVAGLEEIN RSFDLSPSWY IEALQYIKNS HGLSGQVANE ANAYIDYAIN T LS

UniProtKB: C-phycocyanin alpha subunit

+
分子 #5: C-phycocyanin beta subunit

分子名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 18.242705 KDa
配列文字列:
MLDAFAKVVA QADARGEFLS NTQIDALSKM VKEGNQRLDI VNKVTSNASA IVTNSARALF AEQPQLIQPG G(MEN)AYTS RRM AACLRDMEIV LRYVSYAMIA GDSSVLDDRC LNGLRETYQA LGTPGSSVAV AIQKMKDASV ALANDTTGTP IGDCSSL VA ELAGYFDRAA VSVV

UniProtKB: C-phycocyanin beta subunit

+
分子 #6: Phycoerythrin alpha subunit

分子名称: Phycoerythrin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 230 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.824029 KDa
配列文字列:
MKSVITTVVS AADAAGRFPS NSDLESIQGN IQRSAARLEA AEKLAGNHEA VVKEAGDACF AKYAYLKNPG EAGENQEKIN KCYRDVDHY MRLVNYCLVV GGTGPLDEWG IAGAREVYRT LNLPTSAYVA SIAYTRDRLC VPRDMSAQAG VEFSAYLDYL I NALS

UniProtKB: Phycoerythrin alpha subunit

+
分子 #7: B-phycoerythrin beta chain

分子名称: B-phycoerythrin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 250 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 18.584182 KDa
配列文字列:
MLDAFSRVVV NSDAKAAYVG GSDLQALKSF IADGNKRLDA VNSIVSNASC MVSDAVSGMI CENPGLISPG G(MEN)CYTN RRM AACLRDGEII LRYVSYALLA GDASVLEDRC LNGLKETYIA LGVPTNSSIR AVSIMKAQAV AFITNTATER KMSFAAG DC TSLASEVASY FDRVGAAIS

UniProtKB: B-phycoerythrin beta chain

+
分子 #8: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 32.886242 KDa
配列文字列: MEAVGFVHVG AWRVGSSSAA AAAAGVAGKR CGALPVSFGA HAPRRAASAS QVKMMAFSSI QNVLTDAPLG TPSAMGFLDE RTEKPLMGP SEMDELVYAV YKQVFGNAHI MESERAELRD AESLFRYLRD VREFVRALAK SNAYTSRFLQ GNQQYRFFEL N FKHLLGRG ...文字列:
MEAVGFVHVG AWRVGSSSAA AAAAGVAGKR CGALPVSFGA HAPRRAASAS QVKMMAFSSI QNVLTDAPLG TPSAMGFLDE RTEKPLMGP SEMDELVYAV YKQVFGNAHI MESERAELRD AESLFRYLRD VREFVRALAK SNAYTSRFLQ GNQQYRFFEL N FKHLLGRG PRSLEEMASH SALYAEGGFE AVIDAILDSD EYAQEFGSTV VPYCRFKGEY PTNEEFNRML VLKGANSTSD KA GKGRSKL CYSIAAGCSQ NWLSMSKALP FGTEKGTGFN LISSSRNPAA RPRIGTKIPG GVVFSS

UniProtKB: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod

+
分子 #9: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 43.968605 KDa
配列文字列: MAAFISSFAG AQLAHARPSK QTALRAALTL PGTAETNLAV PSNAVRKVQP YPIAKPPSYS SVDSLRPARV SRMDADWATI YEQVRRQVM GNAYVMEGEA PDIDVAFSQL KGGNLTVREF VRAVGKSASY RTRFMEAKSS YNFVLLNFKH FLGRAPTQEE V STHIQILA ...文字列:
MAAFISSFAG AQLAHARPSK QTALRAALTL PGTAETNLAV PSNAVRKVQP YPIAKPPSYS SVDSLRPARV SRMDADWATI YEQVRRQVM GNAYVMEGEA PDIDVAFSQL KGGNLTVREF VRAVGKSASY RTRFMEAKSS YNFVLLNFKH FLGRAPTQEE V STHIQILA TSGLEAEIDS YIDSDEYKAL FGDHVVPYVV YRGTYLSSER FNRMVKANPG GATSDKAKSN LNMIATVAAD LP TDAIDVM RGLPSPITSE TLAFGTAYYW AKVEKEASEG RSASPIGEKI GKFDHAPIST YTSLCSYDKV NKAPQISVTN VGS DEHSYV SVTSKYIAPD MAAAAQMLAD CQKYKAGGNA PTGKWMKYYP GTTVNMAPYI SLNDTGSDSS RTVSVTLDKV KISP NKIGK

UniProtKB: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod

+
分子 #10: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 37.175957 KDa
配列文字列: MAFVTGGVGA VVRPGTAVSR GVVCARQQAR PRAAALQMGV SDVSITLSGV AASQPVSAPA KMSLEDRQLL VLQAIKQVFG NAYVMEEER ASFAKQESMF LSGELSVREF VRELALSDTY RRRFFEPCGP YRFVELNMKH LLGRGPISQA EVSQHVQCYV N NGYEAEIS ...文字列:
MAFVTGGVGA VVRPGTAVSR GVVCARQQAR PRAAALQMGV SDVSITLSGV AASQPVSAPA KMSLEDRQLL VLQAIKQVFG NAYVMEEER ASFAKQESMF LSGELSVREF VRELALSDTY RRRFFEPCGP YRFVELNMKH LLGRGPISQA EVSQHVQCYV N NGYEAEIS SYVDSDEYYE RFGEDTVPYE QFRGTYMTAE DFNRMVSMYG APGQSDKSLT SRARSTGVAN SNKVLSLEGA GR SSKTVGR VATNTASSLT SVKSGIPPRP DIDQPRGQSS KRLVGRRLEI VPGSYMYLSP AEAAEYRAQQ AAVSQVSAAF SAD VQSKMA QVSKLKRELA ALGLSV

UniProtKB: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod

+
分子 #11: CaRSPs2

分子名称: CaRSPs2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 36.402004 KDa
配列文字列: MWEQQRPRRC EAPAAPSSRP AERRAAARRS RAQLRMKQDD YEQWKTEFAG GFPGGEAFYK KWIEEGAKGD VPALEEELQP RSPNKKPTI YEEQMISNRG QQKGVDPTWK TLLAGGFPGG EFFFKKWIGE GAQGEVPNLD ADLQPGSGSA KKTGKKEDAD K SSPGGIMT ...文字列:
MWEQQRPRRC EAPAAPSSRP AERRAAARRS RAQLRMKQDD YEQWKTEFAG GFPGGEAFYK KWIEEGAKGD VPALEEELQP RSPNKKPTI YEEQMISNRG QQKGVDPTWK TLLAGGFPGG EFFFKKWIGE GAQGEVPNLD ADLQPGSGSA KKTGKKEDAD K SSPGGIMT PGRIMVPSGL GEEEETVDKE APRPELYNKY FSADRLHKAP EILFEYNKTK YDRVGVRYTE VTSKASERFF PK SRMNRAP VIEISYREGA VSTASVSLSM PEISGPPALP FPVPKGDVTT TMVTDPTTGR LKLEFKVDGA AVSAYSDPRA TEA YNKMIR K

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: CaRSPs1

分子名称: CaRSPs1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.172643 KDa
配列文字列: MAAFVSGGCG VGGQRRAWPA KGAAVARTHA CPTTMVVLPV ARAGLAATAK KNQYMGTSVA PEIVLTDKGS DMSRKVKTED KKVAADQAA AMGILANMSL YASLNPVKRM TYKAKEQAPA YVKKTGNPVE DFYPSSWRNM APVISLSANR VAVAFEKIDA A SNGVKANS ...文字列:
MAAFVSGGCG VGGQRRAWPA KGAAVARTHA CPTTMVVLPV ARAGLAATAK KNQYMGTSVA PEIVLTDKGS DMSRKVKTED KKVAADQAA AMGILANMSL YASLNPVKRM TYKAKEQAPA YVKKTGNPVE DFYPSSWRNM APVISLSANR VAVAFEKIDA A SNGVKANS NNKPFWKSGA TTKNYVAPEA PAQSEPETLD DAAYQRYFPA RIRNKAPAME FRRPSFANTE DPSAYFMLQK ET VPLRMAL AEKLLTKLGR KGDGSEAEEE KVKPQKKAAK KDAKDDAKDD E

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: FAS1 domain-containing protein

分子名称: FAS1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.332955 KDa
配列文字列: MAAKPYESGY IAEDDFWRGR GIAAWVYATG ANKVIAQIVK DFNLTDKKFM VFIPNDGAFA RLSPQLRKAM MEDSRLVYDM LAGHIFTSK GSAMLKDLQG AGYLQPAYGE AIGYVGTGRV IKIGNAQVIP ESSDILRKNL GFSAHTLDTF IVPKALTKKV S IEAGFSPV ...文字列:
MAAKPYESGY IAEDDFWRGR GIAAWVYATG ANKVIAQIVK DFNLTDKKFM VFIPNDGAFA RLSPQLRKAM MEDSRLVYDM LAGHIFTSK GSAMLKDLQG AGYLQPAYGE AIGYVGTGRV IKIGNAQVIP ESSDILRKNL GFSAHTLDTF IVPKALTKKV S IEAGFSPV TPAKYVSTTK ADLRYVGATK PAAVGGRRAM NLMKQQPFWM YGPPYNAVTQ DEYEPISAAA PKAFVDYQIF AP GTVKVSP DSVNANELNP VSGMSKYIGK TQKLVGDQGI SDRSDKLPMG Q

UniProtKB: FAS1 domain-containing protein

+
分子 #14: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 36.924992 KDa
配列文字列: MAAFVVGAQV SSGFMGCAAP RKEQTRVGGA AKAAVSMRII IQDKNSYRKY QTNTSTSKWD KLLNTKPMKR QVQPNPPTNE TRALNLGNT FRSPAFKFLG TLKRSKDPSG LRLGFYGRKA DDFMARSIAM QAKASAAGSG VYTTQCSEGA SKGMAENART A SLAKQFRQ ...文字列:
MAAFVVGAQV SSGFMGCAAP RKEQTRVGGA AKAAVSMRII IQDKNSYRKY QTNTSTSKWD KLLNTKPMKR QVQPNPPTNE TRALNLGNT FRSPAFKFLG TLKRSKDPSG LRLGFYGRKA DDFMARSIAM QAKASAAGSG VYTTQCSEGA SKGMAENART A SLAKQFRQ AQRSAREMSF DYYEGRKYAM KAVGHICNYE EKIFQQYNKT AAAYVMGKQE TLLSCDRYAQ PANKAEEYIQ KS VQMQMKK RSIPYGVYTT SCADGTVKGM AENARVAKES ANFRARQMSA GAKAAARFNA RRVANDWHNN GCNYEEKLTS RFP AAASSV RPTTNRY

UniProtKB: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

+
分子 #15: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

分子名称: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 53.601336 KDa
配列文字列: MAFVNGFSGG AAAVPRRGVA RVCAQRVVMK VVDRLDSQPS AAFEQTKQVY TFSRYILGPH RAVVAPVAMD PSEKEVVLRA VYRQVFGNA YIMEEERAEL RVMESQFLLG ELSVKELVRA LAKSSTYKVR FFEGAVQYRF IELCFKHLLG RAPDNHEEIA V HMRKYQQE ...文字列:
MAFVNGFSGG AAAVPRRGVA RVCAQRVVMK VVDRLDSQPS AAFEQTKQVY TFSRYILGPH RAVVAPVAMD PSEKEVVLRA VYRQVFGNA YIMEEERAEL RVMESQFLLG ELSVKELVRA LAKSSTYKVR FFEGAVQYRF IELCFKHLLG RAPDNHEEIA V HMRKYQQE GYDAEIDSYL DAGEYDNVFG DDTVPFLRFR GVYTPCDSFN RQCALQGGWA NSDKAMGGAA LSGYNGSDGR QM STMIGNY ISGKPIPYEK VAADTPLKST APNWYARPNP ALAPQPAYVS AKEIAELRSR VSKLEAAWSV AVKQSAAAKD TVE TWRAAA KEMAAMRGIS PMGEAYFGGI AQKVDNGALA QLGNKASSYK KYLYAIETDE VSRLEVDLEE AKGQLRVLEA AMAK STPMT RTAEFKTLTK NVAAVTAAEK ADPLSKRPRI SASRPKPTPA AAKMAAAEKK KGPFGLSVPS LPNLPNLPKL PSLSL PKVS LPFGKK

UniProtKB: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

+
分子 #16: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 29.453639 KDa
配列文字列: MAAFVGSAAS AFTGASAVKA NEKRSVCSLQ MVAMPQTGLV NSKFSARMAK KTAKQTKNKV DEYMARSVQR QYKQAAVATG VYGTQCTEG TVKGAAEASR SAALSRQFRI KQRSAFSKAH DLFEFRKHAI IAAAGCSYEE KMVTRFPKLA AAMVLGQTEM M RTCSRYVV ...文字列:
MAAFVGSAAS AFTGASAVKA NEKRSVCSLQ MVAMPQTGLV NSKFSARMAK KTAKQTKNKV DEYMARSVQR QYKQAAVATG VYGTQCTEG TVKGAAEASR SAALSRQFRI KQRSAFSKAH DLFEFRKHAI IAAAGCSYEE KMVTRFPKLA AAMVLGQTEM M RTCSRYVV PESVEEEYMA ASVDKQMKRR GAPGGVYSLS CAEGVAKGQA EIARVSALGA AYRAASKSAS AVTAERYNSM AY GRVHFAH GCSYEEQQFN KYPAAAAAMR SDSYGY

UniProtKB: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

+
分子 #17: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.358787 KDa
配列文字列: METAFVSGFM GKAAVAKFGA TAVCDKTARR SSSSNSQVHM VTGAVSSVNM RRFQRVPKVS GFSAKVTKKN VNKALDKADM FFAKSVTME GKAAAIPYGV YGIQCMEGSA KGMAHEKRAM ALSAAFRMNQ RSAAEKTGAM YENRRLALIL AQNDHQEKQY I KYPKLAAA ...文字列:
METAFVSGFM GKAAVAKFGA TAVCDKTARR SSSSNSQVHM VTGAVSSVNM RRFQRVPKVS GFSAKVTKKN VNKALDKADM FFAKSVTME GKAAAIPYGV YGIQCMEGSA KGMAHEKRAM ALSAAFRMNQ RSAAEKTGAM YENRRLALIL AQNDHQEKQY I KYPKLAAA ALMASTEVTR ACQRYAVPES IEEEFLAASV DKVNKMRGTT ASGVYKSSCV EGNAKGQAEQ ARVAALAVAF RS AQKSASQ FAAERYAQSK YGRDLFSSTH FEEGYANTYP AMAAAKRASS YGY

UniProtKB: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

+
分子 #18: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 34.958746 KDa
配列文字列: MAFVSGAGAA VRGTSGKAAA RCAAVRTVRA ARAIRMTTAP GSAPFSSLDE PERQVVMWES VGDEKDQVFK QLYRQVFGNA YLMESDLEE LLVPESQLLM GSISVKDFIK RVAKSDAYKK RFFEPCGPYR FVELCTKHFL GRGPRDQKEV SEHVQRLANE G YDADVDSY ...文字列:
MAFVSGAGAA VRGTSGKAAA RCAAVRTVRA ARAIRMTTAP GSAPFSSLDE PERQVVMWES VGDEKDQVFK QLYRQVFGNA YLMESDLEE LLVPESQLLM GSISVKDFIK RVAKSDAYKK RFFEPCGPYR FVELCTKHFL GRGPRDQKEV SEHVQRLANE G YDADVDSY MDSEEYMSLF GENGVPRFVF KGTYEGNDQF NRLAAMRQFA DGSYTDTRSG STAPRKAQKA ELTMAEGDFV GR AKVSRGL PAETSAAKTG TPPVRALKGP VNPRAGVRVR IKVVDNLYQV YEIPPMADPK AKVNAFWAKP IPSSLTKKY

UniProtKB: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod

+
分子 #19: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 55.146727 KDa
配列文字列: MAFVGAMPGG GGEPRAVRMM MQTDARSLSS GSSAAVPFST AVRFESPSGG LDRYSRVDPA APGPNVITRF LFKDRPVRRS DPSLSEVDR EATMRTVYRN VMGNAYVMEE ERAELATLES QFLVGAISTR DFVRGVAKSA TYKKRFFESV SQFRFIELNF K HFMGRAPL ...文字列:
MAFVGAMPGG GGEPRAVRMM MQTDARSLSS GSSAAVPFST AVRFESPSGG LDRYSRVDPA APGPNVITRF LFKDRPVRRS DPSLSEVDR EATMRTVYRN VMGNAYVMEE ERAELATLES QFLVGAISTR DFVRGVAKSA TYKKRFFESV SQFRFIELNF K HFMGRAPL DMAEMSKHYE IFAAGGYDAE VDSYFDSEEY LDVFGLDTVP YMRFRGTYAP NSTFNLQCRL QGGWARSDKK LP MMSMLPL NNKAAIMPHQ IVDGLPVIPN SEHPSQKYNV PKVSREKLQR ELLIAQGKAN ALQIELDAAY TSLASSRAFL APF AAMAAD MDIRPLYGKN PQVFAGQFLG VGAGQWGKTG ADTVRGRSRR VAADIGVKEF QLERVKQLVV DLQRALALED AEAD APATS LLQAYQAKVY VKPPVIAKKK GPEPVNEDEI TIGQGDKKIK VTVLRNLGDR TEKLREKPEK EEEEGPRTFK DLYET AKPM KGFPGDGSEM NVGG

UniProtKB: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod

+
分子 #20: Allophycocyanin alpha subunit

分子名称: Allophycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.639123 KDa
配列文字列:
MSIVTKSIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV LSGQRRLRIA QTLTENRERI VKQGGQQLFQ RRPDVVSPGG NAYGEEMTAT CLRDLDYYL RLVTYGIIAG DVTPIEEIGL VGVKEMYSAL GTPISGVAEG IRCMKDVACS LLSGEDAAEV GFYFDYTLAA M Q

UniProtKB: Allophycocyanin alpha subunit

+
分子 #21: Allophycocyanin beta subunit

分子名称: Allophycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.415797 KDa
配列文字列:
MQDAITSVIN AADVQGKYLD ANSVEKLRGY FQTGELRVRA AATIAANAAT IIKEAVAKSL LYSDITRPGG (MEN)MYTTR RYA ACIRDLDYYL RYATYGMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIGATIQA IQAMKEVTGS LVGSDAGKEM GLYFDYI CS GLS

UniProtKB: Allophycocyanin beta subunit

+
分子 #22: Allophycocyanin gamma subunit

分子名称: Allophycocyanin gamma subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 18.126934 KDa
配列文字列:
MSLVTQVILS ADDELRYPTA GELETISSYL KTGEYRIRLI SILQGKEQEI IRLASKKIFQ LHPEYIAPGG NASGARQRAL CLRDYGWYL RLITYAILAG DKEPLEKIGI IGVREMYNSL GVPIIGMIDA IKCLKEATVE VISQEEEDFV APYYDYIIQG M S

UniProtKB: Allophycocyanin gamma subunit

+
分子 #23: Allophycocyanin beta 18 subunit

分子名称: Allophycocyanin beta 18 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 19.77874 KDa
配列文字列:
MQDIITSVIN QYDLSGRYLD IKGINQINNY FDTGLKRLMI AKLINKEATN LIKEASELLF IEQPELLRPC GNAFIGNAYT TRRYAACIR DIEYYLRYSA YSIIAGNNSI LDERVLDGLK ETYNSLLVPI GPTIRVIQLL KEIIQKKFST ENIENAIIAE P FDYLAINL SDKNL

UniProtKB: Allophycocyanin beta 18 subunit

+
分子 #24: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 14.108206 KDa
配列文字列:
MAGGAAFVLT SSGFAGTRLR SAAVCGAQGK SRAHGVAVAM AYDMDGTGAG SLEPRGIKSS AVEKDSRCFK VTFVLPSQSR LYTFRELQN VYTTKMVPFS SWYAEQQRIQ KMGGKILKVE LVAGGQMRSV GNQ

UniProtKB: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

+
分子 #25: Phycobilisome linker polypeptide

分子名称: Phycobilisome linker polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 99.468367 KDa
配列文字列: MVTKASGGSP VVKPQLYKTA SMLTIAQAEQ QDRFLELGEL NQLVSFLNTG NIRLEIADLL TKNANIIVAR AADRIFVGGS AISYLERPQ ASIIEANSAD IASIRQMSGD SQSNFLENLT SVFQGNNATP TGFKPISVVR YGPSRMKKSL RDLDWFLRYL T YAIVAGDP ...文字列:
MVTKASGGSP VVKPQLYKTA SMLTIAQAEQ QDRFLELGEL NQLVSFLNTG NIRLEIADLL TKNANIIVAR AADRIFVGGS AISYLERPQ ASIIEANSAD IASIRQMSGD SQSNFLENLT SVFQGNNATP TGFKPISVVR YGPSRMKKSL RDLDWFLRYL T YAIVAGDP NILFVNIRGL REIIENACSS AATIVALKEM KKTSLSLFPE NSIQKEIIEE YFNVVVDEFI NPALTDTIRK RT SNDLQGL RLPQIYAKAG ISRQKFVMKP GLSTDEKQSV ISACYRQVFE RDISKAYGFS FSVLESQVKN GQISIKEFVR SLG KSSVYQ KQFYQPYVNS RVVELAFRHF LGRNLSSLAE FQKFFAILSK KGLTGLVDSL INSREYSDYF NEETVPYIRG FGEE PQECR NWGTQIDLFQ YSAPFRKVPQ SITLFSDYLK ALPDQHPYGR GNDPLLIQFG AIFPIGTKNL KQNPAPFGKD TRRLL IRRG PGIYNQVGNP STRSVSVGSL GPKVFKSEGI NSNAQRTNNE SILQASYLAV FGRMIYQNER IGLKGIDNKF LDNNLS VKE LIRSLAISDT FRSLYWTPLY VCKSIEWIHY RLLGRPTYGR QEINQYFNVA YKKGFVGVIN SIIDSVEYNE CFGDNIV PY ERYLTANSVS QRQLKLGNII KSANLKPQNI EKFVQLGQSQ TNQNLYSIKY KVKQGVSKLR DQQKIFETKG SLSKDAYL S IFQAACRQIF ERDISTFVIG NEIENIKIQF IKGQISVKEM INALGKSSVY LKEFYNPYPN IKVIELGTKH FLGRAPNNQ AEIRFYNQIL ASCGLQAFID MLTNSQEYAE IFGEVRVPFR RFPTLPAANF PNTNTLFDKQ TKQNSVVIVP SFKAITGNQ

UniProtKB: Phycobiliprotein ApcE

+
分子 #26: Lrc4

分子名称: Lrc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 16.91526 KDa
配列文字列:
MAFVACGPLR AGEGGARLGA RKAACSMQLA PPGIPPGEDA RNNQSLRQYV ARPVETYQKR SFATPLPLTW TGETETVGAF DVVVPPQEK DLPVSGEATS AFVKYSDMVR AERKAALQAL LSASAAGEGR PTCGAEGRKF VSNANPVLVN GVKCVEYWRK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #27: LRC5

分子名称: LRC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 30.272959 KDa
配列文字列: MAFVSGAGVA VPAGAKASAP LCALRMSGYG DYSYSTDRTK GHVNQYYVDK ARSRSDWGNR NVLPASEGDA VLGRTAKGAV AVPEFGIPQ LDDPVLGFGP DSMVDPRIAE ADGAVWRWDA GFVDESMTLA SCADISDEAV ADEAFAKFRG SVLAERGAMI T KAESATAS ...文字列:
MAFVSGAGVA VPAGAKASAP LCALRMSGYG DYSYSTDRTK GHVNQYYVDK ARSRSDWGNR NVLPASEGDA VLGRTAKGAV AVPEFGIPQ LDDPVLGFGP DSMVDPRIAE ADGAVWRWDA GFVDESMTLA SCADISDEAV ADEAFAKFRG SVLAERGAMI T KAESATAS VITSLRDGLY SGEAQLLTAS GQRLANVAGQ EKIATISGYT WDGQPQTEIP GKPFVKSIGA MDYMDGVEGG DV VAAKVGA FWKPKAPKEV PYKRPMGANT PELPYNTVPR LVQAAGLAVQ E

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #28: FAS1 domain-containing protein

分子名称: FAS1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 26.620727 KDa
配列文字列: MAGFVASTGA VLRKQQVDAA PVCERASSRA RAVAPLSMAR TAYPYTGSGY GSAGVPYGQD TYGYKATTAK SITETAAQAG VFNTFVKLL NESGVEKLVE QAGPYTVFAP TDDAFAALLE PHSFNKLATL LRPENNDALR KVLMHHVIPG AFTSASLMDR A VTVKSLAG ...文字列:
MAGFVASTGA VLRKQQVDAA PVCERASSRA RAVAPLSMAR TAYPYTGSGY GSAGVPYGQD TYGYKATTAK SITETAAQAG VFNTFVKLL NESGVEKLVE QAGPYTVFAP TDDAFAALLE PHSFNKLATL LRPENNDALR KVLMHHVIPG AFTSASLMDR A VTVKSLAG EPISIMGLNK LVTAGTAKVV RADVPCANGC IIHAVSSVII PPNYVPVPQP TKPVFPRSVI AEIAKLPTPR QA LGLDPAP SKIVKY

UniProtKB: FAS1 domain-containing protein

+
分子 #29: PHYCOERYTHROBILIN

分子名称: PHYCOERYTHROBILIN / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1298 / 式: PEB
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-PEB:
PHYCOERYTHROBILIN

+
分子 #30: PHYCOUROBILIN

分子名称: PHYCOUROBILIN / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 40 / 式: PUB
分子量理論値: 590.71 Da
Chemical component information

ChemComp-CYB:
PHYCOUROBILIN

+
分子 #31: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 120 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

+
分子 #32: phenylmethanesulfonic acid

分子名称: phenylmethanesulfonic acid / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PMS
分子量理論値: 172.202 Da
Chemical component information

ChemComp-IOX:
phenylmethanesulfonic acid

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
0.75 mol/LNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
0.75 mol/LKH2PO4monopotassium phosphate
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.1 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 18 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6438 / 平均露光時間: 8.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 315046
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kgx

最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta) / 使用した粒子像数: 87399
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 87399 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6kgx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62.05 / 当てはまり具合の基準: 0,99
得られたモデル

PDB-7ezx:
Structure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium purpureum in Middle Light

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る