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万見
- EMDB-31339: Cryo-EM structure of the Gp168-beta-clamp complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31339
タイトルCryo-EM structure of the Gp168-beta-clamp complex
マップデータCryo-EM structure of the Gp168-beta-clamp complex
試料
  • 複合体: Gp168-beta-clamp complex
    • 複合体: Beta sliding clamp 2
      • タンパク質・ペプチド: Beta sliding clamp
    • 複合体: Gp168
      • タンパク質・ペプチド: Sliding clamp inhibitor
キーワードgp168 / DNA beta-clamp / cross-species inhibitor / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Sliding clamp inhibitor / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus virus Twort (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu B / Li S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81871662 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Bacteriophage Twort protein Gp168 is a β-clamp inhibitor by occupying the DNA sliding channel.
著者: Bing Liu / Shanshan Li / Yang Liu / Huan Chen / Zhenyue Hu / Zhihao Wang / Yimin Zhao / Lei Zhang / Biyun Ma / Hongliang Wang / Steve Matthews / Yawen Wang / Kaiming Zhang /
要旨: Bacterial chromosome replication is mainly catalyzed by DNA polymerase III, whose beta subunits enable rapid processive DNA replication. Enabled by the clamp-loading complex, the two beta subunits ...Bacterial chromosome replication is mainly catalyzed by DNA polymerase III, whose beta subunits enable rapid processive DNA replication. Enabled by the clamp-loading complex, the two beta subunits form a ring-like clamp around DNA and keep the polymerase sliding along. Given the essential role of β-clamp, its inhibitors have been explored for antibacterial purposes. Similarly, β-clamp is an ideal target for bacteriophages to shut off host DNA synthesis during host takeover. The Gp168 protein of phage Twort is such an example, which binds to the β-clamp of Staphylococcus aureus and prevents it from loading onto DNA causing replication arrest. Here, we report a cryo-EM structure of the clamp-Gp168 complex at 3.2-Å resolution. In the structure of the complex, the Gp168 dimer occupies the DNA sliding channel of β-clamp and blocks its loading onto DNA, which represents a new inhibitory mechanism against β-clamp function. Interestingly, the key residues responsible for this interaction on the β-clamp are well conserved among bacteria. We therefore demonstrate that Gp168 is potentially a cross-species β-clamp inhibitor, as it forms complex with the Bacillus subtilis β-clamp. Our findings reveal an alternative mechanism for bacteriophages to inhibit β-clamp and provide a new strategy to combat bacterial drug resistance.
履歴
登録2021年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.463
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.463
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7evp
  • 表面レベル: 0.463
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31339.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the Gp168-beta-clamp complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.463 / ムービー #1: 0.463
最小 - 最大-2.414452 - 3.8218613
平均 (標準偏差)0.007948583 (±0.09709998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.920209.920209.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.4143.8220.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Gp168-beta-clamp complex

全体名称: Gp168-beta-clamp complex
要素
  • 複合体: Gp168-beta-clamp complex
    • 複合体: Beta sliding clamp 2
      • タンパク質・ペプチド: Beta sliding clamp
    • 複合体: Gp168
      • タンパク質・ペプチド: Sliding clamp inhibitor

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超分子 #1: Gp168-beta-clamp complex

超分子名称: Gp168-beta-clamp complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 100 KDa

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超分子 #2: Beta sliding clamp 2

超分子名称: Beta sliding clamp 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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超分子 #3: Gp168

超分子名称: Gp168 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus Twort (ウイルス)

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分子 #1: Beta sliding clamp

分子名称: Beta sliding clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 41.955414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MMEFTIKRDY FITQLNDTLK AISPRTTLPI LTGIKIDAKE HEVILTGSDS EISIEITIPK TVDGEDIVNI SETGSVVLPG RFFVDIIKK LPGKDVKLST NEQFQTLITS GHSEFNLSGL DPDQYPLLPQ VSRDDAIQLS VKVLKNVIAQ TNFAVSTSET R PVLTGVNW ...文字列:
MMEFTIKRDY FITQLNDTLK AISPRTTLPI LTGIKIDAKE HEVILTGSDS EISIEITIPK TVDGEDIVNI SETGSVVLPG RFFVDIIKK LPGKDVKLST NEQFQTLITS GHSEFNLSGL DPDQYPLLPQ VSRDDAIQLS VKVLKNVIAQ TNFAVSTSET R PVLTGVNW LIQENELICT ATDSHRLAVR KLQLEDVSEN KNVIIPGKAL AELNKIMSDN EEDIDIFFAS NQVLFKVGNV NF ISRLLEG HYPDTTRLFP ENYEIKLSID NGEFYHAIDR ASLLAREGGN NVIKLSTGDD VVELSSTSPE IGTVKEEVDA NDV EGGSLK ISFNSKYMMD ALKAIDNDEV EVEFFGTMKP FILKPKGDDS VTQLILPIRT Y

UniProtKB: Beta sliding clamp

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分子 #2: Sliding clamp inhibitor

分子名称: Sliding clamp inhibitor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus Twort (ウイルス)
分子量理論値: 8.997979 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MLFFKEKFYN ELSYYRGGHK DLESMFELAL EYIEKLEEED EQQVTDYENA MEEELRDAVD VIESQLEIIK DIVR

UniProtKB: Sliding clamp inhibitor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 218035
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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