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万見
- EMDB-31296: Human Cytomegalovirus, C12 portal -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31296
タイトルHuman Cytomegalovirus, C12 portalサイトメガロウイルス
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
キーワードC12 portal / partially-enveloped capsid / Human Cytomegalovirus / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性Herpesvirus portal protein / Herpesvirus UL6 like / chromosome organization / Capsid portal protein
機能・相同性情報
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) / Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Li Z / Yu X / Dong L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900869 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for genome packaging, retention, and ejection in human cytomegalovirus.
著者: Zhihai Li / Jingjing Pang / Lili Dong / Xuekui Yu /
要旨: How the human cytomegalovirus (HCMV) genome-the largest among human herpesviruses-is packaged, retained, and ejected remains unclear. We present the in situ structures of the symmetry-mismatched ...How the human cytomegalovirus (HCMV) genome-the largest among human herpesviruses-is packaged, retained, and ejected remains unclear. We present the in situ structures of the symmetry-mismatched portal and the capsid vertex-specific components (CVSCs) of HCMV. The 5-fold symmetric 10-helix anchor-uncommon among known portals-contacts the portal-encircling DNA, which is presumed to squeeze the portal as the genome packaging proceeds. We surmise that the 10-helix anchor dampens this action to delay the portal reaching a "head-full" packaging state, thus facilitating the large genome to be packaged. The 6-fold symmetric turret, latched via a coiled coil to a helix from a major capsid protein, supports the portal to retain the packaged genome. CVSCs at the penton vertices-presumed to increase inner capsid pressure-display a low stoichiometry, which would aid genome retention. We also demonstrate that the portal and capsid undergo conformational changes to facilitate genome ejection after viral cell entry.
履歴
登録2021年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7et2
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7et2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31296.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31296.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.625 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.040209487 - 0.086990125
平均 (標準偏差)0.013550217 (±0.0068225767)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.6251.6251.625
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0400.0870.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human betaherpesvirus 5

全体名称: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein

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超分子 #1: Human betaherpesvirus 5

超分子名称: Human betaherpesvirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10359 / 生物種: Human betaherpesvirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 78.634805 KDa
配列文字列: MERNHWNEKS SGAKRSRERD LTLSTIRSIL AADERLRIKA SSYLGVGRGV DDEAVIDIFP TGQTMSFLRL LHGFLGTCRG QSMHQVLRD PCVLRKQLLY GVCKTLFDTI TVRRVAEEWK LHAALFPYRA LDEEDLEQYL LVWSASLRQS VQTGVLGALR D ILYQYADN ...文字列:
MERNHWNEKS SGAKRSRERD LTLSTIRSIL AADERLRIKA SSYLGVGRGV DDEAVIDIFP TGQTMSFLRL LHGFLGTCRG QSMHQVLRD PCVLRKQLLY GVCKTLFDTI TVRRVAEEWK LHAALFPYRA LDEEDLEQYL LVWSASLRQS VQTGVLGALR D ILYQYADN DDYGLYVDWC VTVGLVPLLD VKTKPSEAAE RAQFVRAAVQ RATETHPLAQ DLLQANLALL LQVAERLGAV RV ANAPEVR VFKKVRSERL EAQLRGKHIR LYVAAEPLAY ERDKLLFTTP VAHLHEEILR YDGLCRHQKI CQLLNTFPVK VVT ASRHEL NCKKLVEMME QHDRGSDAKK SIMKFLLNVS DSKSRIGIED SVESFLQDLT PSLVDQNRLL PARGPGGPGV VGPG GAVVG GPAGHVGLLP PPPGPAAPER DIRDLFKKQV IKCLEEQIQS QVDEIQDLRT LNQTWENRVR ELRDLLTRYA SRRED SMSL GARDAELYHL PVLEAVRKAR DAAPFRPLAV EDNRLVANSF FSQFVPGTES LERFLTQLWE NEYFRTFRLR RLVTHQ GAE EAIVYSNYTV ERVTLPYLCH ILALGTLDPV PEAYLQLSFG EIVAAAYDDS KFCRYVELIC SREKARRRQM SREAAGG VP ERGTASSGGP GTLERSAPRR LITADEERRG PERVGRFRNG GPDDPRRAGG PYGFH

UniProtKB: Capsid portal protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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