+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex | ||||||||||||
![]() | |||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport ...cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport / negative regulation of ferroptosis / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / regulation of protein transport / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / L-glutamate transmembrane transport / glutathione transmembrane transport / regulation of cellular response to oxidative stress / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / ventricular system development / lens fiber cell differentiation / intracellular glutamate homeostasis / L-glutamate import across plasma membrane / Tryptophan catabolism / striatum development / astrocyte projection / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / limb development / response to redox state / microvillus membrane / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / amino acid transport / adult behavior / regulation of synapse organization / lung alveolus development / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / glutathione metabolic process / basal plasma membrane / brush border membrane / response to nicotine / visual learning / modulation of chemical synaptic transmission / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / platelet aggregation / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / apical part of cell / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / symbiont entry into host cell / cadherin binding / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
![]() | Yan RH / Li YN / Zhang YY / Chi XM / Zhou Q | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of erastin-bound xCT-4F2hc complex reveals molecular mechanisms underlying erastin-induced ferroptosis. 著者: Renhong Yan / Enjun Xie / Yaning Li / Jin Li / Yuanyuan Zhang / Ximin Chi / Xueping Hu / Lei Xu / Tingjun Hou / Brent R Stockwell / Junxia Min / Qiang Zhou / Fudi Wang / ![]() ![]() | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 487 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7epzMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
全体 | 名称: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
超分子 | 名称: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子 | 名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 70.160828 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA ...文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA EAAAAAKFTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LY RIGDLQA FQGHGAGNLA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVI LDLTPN YRGENSWFST QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDL QQILS LLESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPV FSYG DEIGLDAAAL PGQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFS AGP GLFSYIRHWD QNERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLR FP YAALE |
-分子 #2: Cystine/glutamate transporter
分子 | 名称: Cystine/glutamate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 57.609777 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRKPVVSTI SKGGYLQGNV NGRLPSLGNK EPPGQEKVQL KRKVTLLRGV SIIIGTIIGA GIFISPKGV LQNTGSVGMS LTIWTVCGVL SLFGALSYAE LGTTIKKSGG HYTYILEVFG PLPAFVRVWV ELLIIRPAAT A VISLAFGR ...文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRKPVVSTI SKGGYLQGNV NGRLPSLGNK EPPGQEKVQL KRKVTLLRGV SIIIGTIIGA GIFISPKGV LQNTGSVGMS LTIWTVCGVL SLFGALSYAE LGTTIKKSGG HYTYILEVFG PLPAFVRVWV ELLIIRPAAT A VISLAFGR YILEPFFIQC EIPELAIKLI TAVGITVVMV LNSMSVSWSA RIQIFLTFCK LTAILIIIVP GVMQLIKGQT QN FKDAFSG RDSSITRLPL AFYYGMYAYA GWFYLNFVTE EVENPEKTIP LAICISMAIV TIGYVLTNVA YFTTINAEEL LLS NAVAVT FSERLLGNFS LAVPIFVALS CFGSMNGGVF AVSRLFYVAS REGHLPEILS MIHVRKHTPL PAVIVLHPLT MIML FSGDL DSLLNFLSFA RWLFIGLAVA GLIYLRYKCP DMHRPFKVPL FIPALFSFTC LFMVALSLYS DPFSTGIGFV ITLTG VPAY YLFIIWDKKP RWFRIMSEKI TRTLQIILEV VPEEDKL |
-分子 #4: 2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl...
分子 | 名称: 2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl]-3-(2-ethoxyphenyl)quinazolin-4-one タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: J9O |
---|---|
分子量 | 理論値: 547.045 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-J9O: |
-分子 #5: 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PX8 |
---|---|
分子量 | 理論値: 703.99 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PX8: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 114524 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |