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- EMDB-31251: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31251
タイトルOverall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Cystine/glutamate transporter
  • リガンド: 2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl]-3-(2-ethoxyphenyl)quinazolin-4-one
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport ...cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport / dipeptide import across plasma membrane / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / regulation of protein transport / glutathione transmembrane transport / proline transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / L-glutamate transmembrane transport / thyroid hormone transport / regulation of cellular response to oxidative stress / ventricular system development / intracellular glutamate homeostasis / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / striatum development / Tryptophan catabolism / Amino acid transport across the plasma membrane / exogenous protein binding / limb development / anchoring junction / response to redox state / Basigin interactions / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / lung alveolus development / astrocyte projection / negative regulation of ferroptosis / microvillus membrane / regulation of synapse organization / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / adult behavior / tryptophan transport / glutathione metabolic process / basal plasma membrane / brush border membrane / modulation of chemical synaptic transmission / visual learning / response to toxic substance / platelet aggregation / apical part of cell / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / symbiont entry into host cell / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Cystine/glutamate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yan RH / Li YN
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: The structure of erastin-bound xCT-4F2hc complex reveals molecular mechanisms underlying erastin-induced ferroptosis.
著者: Renhong Yan / Enjun Xie / Yaning Li / Jin Li / Yuanyuan Zhang / Ximin Chi / Xueping Hu / Lei Xu / Tingjun Hou / Brent R Stockwell / Junxia Min / Qiang Zhou / Fudi Wang /
履歴
登録2021年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31251.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.08897332 - 0.14987972
平均 (標準偏差)-0.00006254848 (±0.0040526595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex

全体名称: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
要素
  • 複合体: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Cystine/glutamate transporter
  • リガンド: 2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl]-3-(2-ethoxyphenyl)quinazolin-4-one
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

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超分子 #1: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex

超分子名称: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

分子名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.160828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA ...文字列:
MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA EAAAAAKFTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LY RIGDLQA FQGHGAGNLA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVI LDLTPN YRGENSWFST QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDL QQILS LLESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPV FSYG DEIGLDAAAL PGQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFS AGP GLFSYIRHWD QNERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLR FP YAALE

UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A2

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分子 #2: Cystine/glutamate transporter

分子名称: Cystine/glutamate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.609777 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRKPVVSTI SKGGYLQGNV NGRLPSLGNK EPPGQEKVQL KRKVTLLRGV SIIIGTIIGA GIFISPKGV LQNTGSVGMS LTIWTVCGVL SLFGALSYAE LGTTIKKSGG HYTYILEVFG PLPAFVRVWV ELLIIRPAAT A VISLAFGR ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRKPVVSTI SKGGYLQGNV NGRLPSLGNK EPPGQEKVQL KRKVTLLRGV SIIIGTIIGA GIFISPKGV LQNTGSVGMS LTIWTVCGVL SLFGALSYAE LGTTIKKSGG HYTYILEVFG PLPAFVRVWV ELLIIRPAAT A VISLAFGR YILEPFFIQC EIPELAIKLI TAVGITVVMV LNSMSVSWSA RIQIFLTFCK LTAILIIIVP GVMQLIKGQT QN FKDAFSG RDSSITRLPL AFYYGMYAYA GWFYLNFVTE EVENPEKTIP LAICISMAIV TIGYVLTNVA YFTTINAEEL LLS NAVAVT FSERLLGNFS LAVPIFVALS CFGSMNGGVF AVSRLFYVAS REGHLPEILS MIHVRKHTPL PAVIVLHPLT MIML FSGDL DSLLNFLSFA RWLFIGLAVA GLIYLRYKCP DMHRPFKVPL FIPALFSFTC LFMVALSLYS DPFSTGIGFV ITLTG VPAY YLFIIWDKKP RWFRIMSEKI TRTLQIILEV VPEEDKL

UniProtKB: Cystine/glutamate transporter

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分子 #4: 2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl...

分子名称: 2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl]-3-(2-ethoxyphenyl)quinazolin-4-one
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: J9O
分子量理論値: 547.045 Da
Chemical component information

ChemComp-J9O:
2-[(1S)-1-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoyl]piperazin-1-yl]ethyl]-3-(2-ethoxyphenyl)quinazolin-4-one

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分子 #5: 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PX8
分子量理論値: 703.99 Da
Chemical component information

ChemComp-PX8:
1,2-DISTEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 114524
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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