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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3125 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for specific recognition of single-stranded RNA by toll-like receptor 13 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of TLR13 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 toll-like receptor 13 signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of MAPK cascade / response to virus / transmembrane signaling receptor activity ...toll-like receptor 13 signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of MAPK cascade / response to virus / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / rRNA binding / endosome membrane / endosome / inflammatory response / innate immune response / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Song W / Wang J / Han ZF / Zhang YF / Zhang HQ / Wang WG / Chang JB / Xia BS / Fan SL / Zhang DK ...Song W / Wang J / Han ZF / Zhang YF / Zhang HQ / Wang WG / Chang JB / Xia BS / Fan SL / Zhang DK / Wang JW / Wang HW / Chai JJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: Structural basis for specific recognition of single-stranded RNA by Toll-like receptor 13. 著者: Wen Song / Jia Wang / Zhifu Han / Yifan Zhang / Heqiao Zhang / Weiguang Wang / Junbiao Chang / Bingshu Xia / Shilong Fan / Dekai Zhang / Jiawei Wang / Hong-Wei Wang / Jijie Chai / 要旨: Toll-like receptors (TLRs) have crucial roles in innate immunity, functioning as pattern-recognition receptors. TLR13 recognizes a conserved sequence from bacterial 23S rRNA and then triggers an ...Toll-like receptors (TLRs) have crucial roles in innate immunity, functioning as pattern-recognition receptors. TLR13 recognizes a conserved sequence from bacterial 23S rRNA and then triggers an immune response. Here we report the crystal structure of the mouse TLR13 ectodomain bound by a 13-nt single-stranded (ss) RNA derived from 23S rRNA. The ssRNA induces TLR13 dimerization but assumes a stem-loop-like structure that is completely different from that in the bacterial ribosome but nevertheless is crucial for TLR13 recognition. Most of the RNA nucleotides are splayed out to make base-specific contacts with the concave surface of TLR13, and RNA-specific interactions are important to allow TLR13 to distinguish RNA from DNA. Interestingly, a viral-derived 16-nt ssRNA predicted to form a similar stem-loop-like structure also induces TLR13 activation. Together, our results reveal the structural mechanism of TLR13's sequence- and conformation-specific recognition of ssRNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3125.map.gz | 1.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3125-v30.xml emd-3125.xml | 7.3 KB 7.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3125.png | 167 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3125 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3125_validation.pdf.gz | 214.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3125_full_validation.pdf.gz | 213.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3125_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3125 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of TLR13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : toll-like receptor 13
全体 | 名称: toll-like receptor 13 |
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要素 |
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-超分子 #1000: toll-like receptor 13
超分子 | 名称: toll-like receptor 13 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Homotetramer of TLR13 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: TLR13
分子 | 名称: TLR13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2014年10月3日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.87 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 60788 |