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万見
- EMDB-3125: Structural basis for specific recognition of single-stranded RNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3125
タイトルStructural basis for specific recognition of single-stranded RNA by toll-like receptor 13
マップデータReconstruction of TLR13
試料
  • 試料: toll-like receptor 13
  • タンパク質・ペプチド: TLR13
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 13 signaling pathway / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of MAPK cascade / response to virus / endosome / endosome membrane / rRNA binding / inflammatory response / innate immune response ...toll-like receptor 13 signaling pathway / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of MAPK cascade / response to virus / endosome / endosome membrane / rRNA binding / inflammatory response / innate immune response / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat ...Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.87 Å
データ登録者Song W / Wang J / Han ZF / Zhang YF / Zhang HQ / Wang WG / Chang JB / Xia BS / Fan SL / Zhang DK ...Song W / Wang J / Han ZF / Zhang YF / Zhang HQ / Wang WG / Chang JB / Xia BS / Fan SL / Zhang DK / Wang JW / Wang HW / Chai JJ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structural basis for specific recognition of single-stranded RNA by Toll-like receptor 13.
著者: Wen Song / Jia Wang / Zhifu Han / Yifan Zhang / Heqiao Zhang / Weiguang Wang / Junbiao Chang / Bingshu Xia / Shilong Fan / Dekai Zhang / Jiawei Wang / Hong-Wei Wang / Jijie Chai /
要旨: Toll-like receptors (TLRs) have crucial roles in innate immunity, functioning as pattern-recognition receptors. TLR13 recognizes a conserved sequence from bacterial 23S rRNA and then triggers an ...Toll-like receptors (TLRs) have crucial roles in innate immunity, functioning as pattern-recognition receptors. TLR13 recognizes a conserved sequence from bacterial 23S rRNA and then triggers an immune response. Here we report the crystal structure of the mouse TLR13 ectodomain bound by a 13-nt single-stranded (ss) RNA derived from 23S rRNA. The ssRNA induces TLR13 dimerization but assumes a stem-loop-like structure that is completely different from that in the bacterial ribosome but nevertheless is crucial for TLR13 recognition. Most of the RNA nucleotides are splayed out to make base-specific contacts with the concave surface of TLR13, and RNA-specific interactions are important to allow TLR13 to distinguish RNA from DNA. Interestingly, a viral-derived 16-nt ssRNA predicted to form a similar stem-loop-like structure also induces TLR13 activation. Together, our results reveal the structural mechanism of TLR13's sequence- and conformation-specific recognition of ssRNA.
履歴
登録2015年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2015年9月23日-
更新2015年10月21日-
現状2015年10月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3125.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of TLR13
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 144 pix.
= 190.08 Å		1.32 Å/pix.
x 144 pix.
= 190.08 Å		1.32 Å/pix.
x 144 pix.
= 190.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.05 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.08338065 - 0.15362608
平均 (標準偏差)0.00133443 (±0.0084467)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 190.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.080190.080190.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0830.1540.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : toll-like receptor 13

全体名称: toll-like receptor 13
要素
  • 試料: toll-like receptor 13
  • タンパク質・ペプチド: TLR13

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超分子 #1000: toll-like receptor 13

超分子名称: toll-like receptor 13 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Homotetramer of TLR13 / Number unique components: 1

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分子 #1: TLR13

分子名称: TLR13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年10月3日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.87 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 60788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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