EMDB-31246: Cryo-electron tomogram of phycobilisome-photosystem II supercompl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-31246

タイトル

Cryo-electron tomogram of phycobilisome-photosystem II supercomplex on the thylakoid

マップデータ

Cryo-electron tomogram of phycobilisome-photosystem II supercomplex on the thylakoid

試料

細胞: phycobilisome-photosystem II supercomplex

キーワード

phycobilisome / photosystem II / thylakoid / PHOTOSYNTHESIS

生物種

Porphyridium purpureum (真核生物)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Sui SF / Li XM / Li MJ / Ma JF

資金援助

中国, 4件

Organization	Grant number	国
National Basic Research Program of China (973 Program)	2017YFA0504600	中国
National Basic Research Program of China (973 Program)	2016YFA0501902	中国
National Basic Research Program of China (973 Program)	31861143048	中国
National Basic Research Program of China (973 Program)	31722015	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ cryo-ET structure of phycobilisome-photosystem II supercomplex from red alga
著者: Sui SF / Li XM / Li MJ / Ma JF

履歴

登録	2021年4月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年5月4日	-
マップ公開	2022年5月4日	-
更新	2024年10月30日	-
現状	2024年10月30日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_31246.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_31246.map.gz	463.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-31246-v30.xml emd-31246.xml	8.6 KB 8.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_31246.png	354.1 KB
Filedesc metadata	emd-31246.cif.gz	3.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31246 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31246	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_31246_validation.pdf.gz	478 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_31246_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	emd_31246_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_31246_validation.cif.gz	5.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31246 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31246	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_31246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 535.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Cryo-electron tomogram of phycobilisome-photosystem II supercomplex on the thylakoid

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	13.68 Å/pix. x 158 pix. = 2162.072 Å	13.68 Å/pix. x 927 pix. = 12685.068 Å	13.68 Å/pix. x 959 pix. = 13122.956 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 13.684 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-0.05200793 - 0.101698056
平均 (標準偏差)	0.04112601 (±0.00972164)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : phycobilisome-photosystem II supercomplex

全体	名称: phycobilisome-photosystem II supercomplex
要素	細胞: phycobilisome-photosystem II supercomplex

-
超分子 #1: phycobilisome-photosystem II supercomplex

超分子	名称: phycobilisome-photosystem II supercomplex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: phycobilisome, photosystem II
由来(天然)	生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 191 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 120.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	使用した粒子像数: 42

-
原子モデル構築 1

初期モデル

PDB ID	Chain
6kgx	source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
4yuu	source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

精密化

プロトコル: FLEXIBLE FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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