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- EMDB-31243: Cryo-electron tomography of phycobilisome-photosystem II supercom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31243
タイトルCryo-electron tomography of phycobilisome-photosystem II supercomplex on the thylakoid
マップデータ
試料
  • 細胞: phycobilisome-photosystem II supercomplex
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Sui SF / Li XM / Li MJ / Ma JF
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504600 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2016YFA0501902 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)31861143048 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)31722015 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: In situ cryo-ET structure of phycobilisome-photosystem II supercomplex from red alga.
著者: Meijing Li / Jianfei Ma / Xueming Li / Sen-Fang Sui /
要旨: Phycobilisome (PBS) is the main light-harvesting antenna in cyanobacteria and red algae. How PBS transfers the light energy to photosystem II (PSII) remains to be elucidated. Here we report the in ...Phycobilisome (PBS) is the main light-harvesting antenna in cyanobacteria and red algae. How PBS transfers the light energy to photosystem II (PSII) remains to be elucidated. Here we report the in situ structure of the PBS-PSII supercomplex from UTEX 2757 using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. Our work reveals the organized network of hemiellipsoidal PBS with PSII on the thylakoid membrane in the native cellular environment. In the PBS-PSII supercomplex, each PBS interacts with six PSII monomers, of which four directly bind to the PBS, and two bind indirectly. Additional three 'connector' proteins also contribute to the connections between PBS and PSIIs. Two PsbO subunits from adjacent PSII dimers bind with each other, which may promote stabilization of the PBS-PSII supercomplex. By analyzing the interaction interface between PBS and PSII, we reveal that α and ApcD connect with CP43 of PSII monomer and that α also interacts with CP47' of the neighboring PSII monomer, suggesting the multiple light energy delivery pathways. The in situ structures illustrate the coupling pattern of PBS and PSII and the arrangement of the PBS-PSII supercomplex on the thylakoid, providing the near-native 3D structural information of the various energy transfer from PBS to PSII.
履歴
登録2021年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
添付画像

emd_31243.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31243.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 308.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.68 Å/pix.
x 91 pix.
= 1245.244 Å		13.68 Å/pix.
x 927 pix.
= 12685.068 Å		13.68 Å/pix.
x 959 pix.
= 13122.956 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.684 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.3847499 - 0.81049097
平均 (標準偏差)0.22692887 (±0.09188617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-281
サイズ92795991
Spacing95992791
セルA: 13122.956 Å / B: 12685.068 Å / C: 1245.244 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z13.68413.68413.684
M x/y/z95992791
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13122.95612685.0681245.244
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-281
NC/NR/NS95992791
D min/max/mean-0.3850.8100.227

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phycobilisome-photosystem II supercomplex

全体名称: phycobilisome-photosystem II supercomplex
要素
  • 細胞: phycobilisome-photosystem II supercomplex

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超分子 #1: phycobilisome-photosystem II supercomplex

超分子名称: phycobilisome-photosystem II supercomplex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: phycobilisome, photosystem II
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 191 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 51

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6kgx

,

4yuu

)
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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