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万見
- EMDB-31198: Pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31198
タイトルPyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module
マップデータPchE-con1-ArCP-donation
試料
  • 細胞器官・細胞要素: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module
    • タンパク質・ペプチド: Dihydroaeruginoic acid synthetase
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
  • リガンド: 2-HYDROXYBENZOIC ACID
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: CYSTEINE
キーワードnonribosomal peptide synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine-[L-cysteinyl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase ...Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyochelin synthase PchE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Wang JL / Wang ZJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)91753123 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Catalytic trajectory of a dimeric nonribosomal peptide synthetase subunit with an inserted epimerase domain.
著者: Jialiang Wang / Dandan Li / Lu Chen / Wei Cao / Liangliang Kong / Wei Zhang / Tristan Croll / Zixin Deng / Jingdan Liang / Zhijun Wang /
要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are modular assembly-line megaenzymes that synthesize diverse metabolites with wide-ranging biological activities. The structural dynamics of synthetic ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are modular assembly-line megaenzymes that synthesize diverse metabolites with wide-ranging biological activities. The structural dynamics of synthetic elongation has remained unclear. Here, we present cryo-EM structures of PchE, an NRPS elongation module, in distinct conformations. The domain organization reveals a unique "H"-shaped head-to-tail dimeric architecture. The capture of both aryl and peptidyl carrier protein-tethered substrates and intermediates inside the heterocyclization domain and L-cysteinyl adenylate in the adenylation domain illustrates the catalytic and recognition residues. The multilevel structural transitions guided by the adenylation C-terminal subdomain in combination with the inserted epimerase and the conformational changes of the heterocyclization tunnel are controlled by two residues. Moreover, we visualized the direct structural dynamics of the full catalytic cycle from thiolation to epimerization. This study establishes the catalytic trajectory of PchE and sheds light on the rational re-engineering of domain-inserted dimeric NRPSs for the production of novel pharmaceutical agents.
履歴
登録2021年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7emy
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PchE-con1-ArCP-donation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 250 pix.
= 250. Å		1 Å/pix.
x 250 pix.
= 250. Å		1 Å/pix.
x 250 pix.
= 250. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.032124035 - 0.07277017
平均 (標準偏差)0.0000040527893 (±0.002316774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 250.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z250.000250.000250.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0320.0730.000

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添付データ

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追加マップ: postprocess

ファイルemd_31198_additional_1.map
注釈postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1PchE-con1-ArCP-donation

ファイルemd_31198_half_map_1.map
注釈half1PchE-con1-ArCP-donation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2PchE-con1-ArCP-donation

ファイルemd_31198_half_map_2.map
注釈half2PchE-con1-ArCP-donation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase e...

全体名称: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module
要素
  • 細胞器官・細胞要素: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module
    • タンパク質・ペプチド: Dihydroaeruginoic acid synthetase
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
  • リガンド: 2-HYDROXYBENZOIC ACID
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: CYSTEINE

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超分子 #1: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase e...

超分子名称: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 160 kDa/nm

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分子 #1: Dihydroaeruginoic acid synthetase

分子名称: Dihydroaeruginoic acid synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 158.762641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDLPPDSRTA LRDWLTEQLA DLLGEPLADV RALADDDDLL GCGLDSIRLM YLQERLRARG STLDFAQLAQ RPCLGAWLDL LACADRLSA PATVALPTAQ DRDQPFELSS VQQAYWLGRG AGEVLGNVSC HAFLEFRTRD VDPQRLAAAA ECVRQRHPML R ARFLDGRQ ...文字列:
MDLPPDSRTA LRDWLTEQLA DLLGEPLADV RALADDDDLL GCGLDSIRLM YLQERLRARG STLDFAQLAQ RPCLGAWLDL LACADRLSA PATVALPTAQ DRDQPFELSS VQQAYWLGRG AGEVLGNVSC HAFLEFRTRD VDPQRLAAAA ECVRQRHPML R ARFLDGRQ QILPTPPLSC FDLQDWRTLQ VDEAERDWQA LRDWRAHECL AVERGQVFLL GLVRMPGGED RLWLSLDLLA AD VESLRLL LAELGVAYLA PERLAEPPAL HFADYLAHRA AQRAEAAARA RDYWLERLPR LPDAPALPLA CAPESIRQPR TRR LAFQLS AGESRRLERL AAQHGVTLSS VFGCAFALVL ARWSESAEFL LNVPLFDRHA DDPRIGEVIA DFTTLLLLEC RMQA GVSFA EAVKSFQRNL HGAIDHAAFP ALEVLREARR QGQPRSAPVV FASNLGEEGF VPAAFRDAFG DLHDMLSQTP QVWLD HQLY RVGDGILLAW DSVVGLFPEG LPETMFEAYV GLLQRLCDSA WGQPADLPLP WAQQARRALL NGQPACATAR TLHRDF FLR AAEAPDADAL LYRDQRVTRG ELAERALRIA GGLREAGVRP GDAVEVSLPR GPQQVAAVFG VLAAGACYVP LDIDQPP AR RRLIEEAAGV CLAITEEDDP QALPPRLDVQ RLLRGPALAA PVPLAPQASA YVIYTSGSTG VPKGVEVSHA AAINTIDA L LDLLRVNASD RLLAVSALDF DLSVFDLFGG LGAGASLVLP AQEQARDAAA WAEAIQRHAV SLWNSAPALL EMALSLPAS QADYRSLRAV LLSGDWVALD LPGRLRPRCA EGCRLHVLGG ATEAGIWSNL QSVDTVPPHW RSIPYGRPLP GQAYRVVDTH GRDVPDLVV GELWIGGASL ARGYRNDPEL SARRFVHDAQ GRWYRTGDRG RYWGDGTLEF LGRVDQQVKV RGQRIELGEV E AALCAQAG VESACAAVLG GGVASLGAVL VPRLAPRAEG SMDLPAAQPF AGLAEAEAVL TREILGALLE APLELDDGLR RR WLDWLAD SAASALPSLD EALRRLGWQA AGLTAMGNAL RGLLAGEQAP AALLLDPWLA PQAVAARLPD GREALARLLE ALP TPAAGE RLRVAVLDTR AGLWLDQGMA SLLRPGLELT LFERSRVLLD AAATRLPERI VVQALDDGLL PAEHLGRYDR VISF AALHA YEASREGLAL AAALLRPQGR LLLVDLLCES PLALLGAALL DDRPLRLAEL PSLLADLAAA GLAPRCLWRS ERIAL VEAL APGLGLDAAA LQAGLEQRLP QAMRPERLWC LPSLPLNGNG KVDRRRLAES MTRALGECRH EPSAEEPLEA HEQALA ECW EAVLKRPVRR REASFFSLGG DSLLATRLLA GIRERFGVRL GMADFYRQPT LAGLARHLQV QTVEIEETQL EEGVLHH HH HHLPSWSHPQ FEK

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分子 #2: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

分子名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PNS
分子量理論値: 358.348 Da
Chemical component information

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

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分子 #3: 2-HYDROXYBENZOIC ACID

分子名称: 2-HYDROXYBENZOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: SAL
分子量理論値: 138.121 Da
Chemical component information

ChemComp-SAL:
2-HYDROXYBENZOIC ACID / サリチル酸

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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分子 #6: CYSTEINE

分子名称: CYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: CYS
分子量理論値: 121.158 Da
Chemical component information

ChemComp-BTC:
CYSTEINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was homogenous

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 219049
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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