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- EMDB-3108: Structure of the mouse serotonin receptor 5-HT3 in lipid vesicles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3108
タイトルStructure of the mouse serotonin receptor 5-HT3 in lipid vesicles
マップデータReconstruction of the mouse 5-HT3 receptor in lipid vesicles by sub-tomogram averaging.
試料
  • 試料: Mouse serotonin receptor 5-HT3
  • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated cation-selective signaling pathway / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / postsynaptic membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Kudryashev M / Castano-Diez D / Deluz C / Hassaine G / Graf-Meyer A / Vogel H / Stahlberg H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Mouse Serotonin 5-HT3 Receptor in Lipid Vesicles.
著者: Mikhail Kudryashev / Daniel Castaño-Díez / Cédric Deluz / Gherici Hassaine / Luigino Grasso / Alexandra Graf-Meyer / Horst Vogel / Henning Stahlberg /
要旨: The function of membrane proteins is best understood if their structure in the lipid membrane is known. Here, we determined the structure of the mouse serotonin 5-HT3 receptor inserted in lipid ...The function of membrane proteins is best understood if their structure in the lipid membrane is known. Here, we determined the structure of the mouse serotonin 5-HT3 receptor inserted in lipid bilayers to a resolution of 12 Å without stabilizing antibodies by cryo electron tomography and subtomogram averaging. The reconstruction reveals protein secondary structure elements in the transmembrane region, the extracellular pore, and the transmembrane channel pathway, showing an overall similarity to the available X-ray model of the truncated 5-HT3 receptor determined in the presence of a stabilizing nanobody. Structural analysis of the 5-HT3 receptor embedded in a lipid bilayer allowed the position of the membrane to be determined. Interactions between the densely packed receptors in lipids were visualized, revealing that the interactions were maintained by the short horizontal helices. In combination with methodological improvements, our approach enables the structural analysis of membrane proteins in response to voltage and ligand gating.
履歴
登録2015年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2016年1月13日-
更新2016年1月27日-
現状2016年1月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3108.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the mouse 5-HT3 receptor in lipid vesicles by sub-tomogram averaging.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 213.76 Å		1.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 213.76 Å		1.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 213.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.6561017 - 8.42369843
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 213.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.671.671.67
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.760213.760213.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-2.6568.4240.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: mask for the final visualization, contains one pentamer

注釈mask for the final visualization, contains one pentamer
ファイルemd_3108_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse serotonin receptor 5-HT3

全体名称: Mouse serotonin receptor 5-HT3
要素
  • 試料: Mouse serotonin receptor 5-HT3
  • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor

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超分子 #1000: Mouse serotonin receptor 5-HT3

超分子名称: Mouse serotonin receptor 5-HT3 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: pentamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 244 MDa

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 5-HT3 / 詳細: Protein reconstituted into lipid vesicles. / コピー数: 5 / 集合状態: pentamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 244 MDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: T-REx-293 cells / 組換プラスミド: pcDNA5/TO
配列UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 3A

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-preparation
グリッド詳細: Holey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 2 second before plunding

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at high magnification
詳細tomograms acquired without the energy filtration
日付2013年12月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 46 / 平均電子線量: 41 e/Å2 / 詳細: 46 tomograms were selected for processing
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were automatically picked from the surface of the vesicles in CTF-corrected cryo-electron tomograms. After a rough alignment deep classification into 20 classes was performed including 4 neighbouring pentamers in the alignment mask. Finally the central pentamers from each class were cropped, aligned and averaged resulting in a final structure.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 16000
CTF補正詳細: ctfplotter
最終 3次元分類クラス数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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