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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30982 | |||||||||
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タイトル | Ultrapotent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies with protective efficacy against newly emerged mutational variants | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo H / Li T / Liu F / Gao Y / Ji X / Yang H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Potent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies with protective efficacy against newly emerged mutational variants. 著者: Tingting Li / Xiaojian Han / Chenjian Gu / Hangtian Guo / Huajun Zhang / Yingming Wang / Chao Hu / Kai Wang / Fengjiang Liu / Feiyang Luo / Yanan Zhang / Jie Hu / Wang Wang / Shenglong Li / ...著者: Tingting Li / Xiaojian Han / Chenjian Gu / Hangtian Guo / Huajun Zhang / Yingming Wang / Chao Hu / Kai Wang / Fengjiang Liu / Feiyang Luo / Yanan Zhang / Jie Hu / Wang Wang / Shenglong Li / Yanan Hao / Meiying Shen / Jingjing Huang / Yingyi Long / Shuyi Song / Ruixin Wu / Song Mu / Qian Chen / Fengxia Gao / Jianwei Wang / Shunhua Long / Luo Li / Yang Wu / Yan Gao / Wei Xu / Xia Cai / Di Qu / Zherui Zhang / Hongqing Zhang / Na Li / Qingzhu Gao / Guiji Zhang / Changlong He / Wei Wang / Xiaoyun Ji / Ni Tang / Zhenghong Yuan / Youhua Xie / Haitao Yang / Bo Zhang / Ailong Huang / Aishun Jin / 要旨: Accumulating mutations in the SARS-CoV-2 Spike (S) protein can increase the possibility of immune escape, challenging the present COVID-19 prophylaxis and clinical interventions. Here, 3 receptor ...Accumulating mutations in the SARS-CoV-2 Spike (S) protein can increase the possibility of immune escape, challenging the present COVID-19 prophylaxis and clinical interventions. Here, 3 receptor binding domain (RBD) specific monoclonal antibodies (mAbs), 58G6, 510A5 and 13G9, with high neutralizing potency blocking authentic SARS-CoV-2 virus display remarkable efficacy against authentic B.1.351 virus. Surprisingly, structural analysis has revealed that 58G6 and 13G9 both recognize the steric region S on the RBD, overlapping the E484K mutation presented in B.1.351. Also, 58G6 directly binds to another region S in the RBD. Significantly, 58G6 and 510A5 both demonstrate prophylactic efficacy against authentic SARS-CoV-2 and B.1.351 viruses in the transgenic mice expressing human ACE2 (hACE2), protecting weight loss and reducing virus loads. Together, we have evidenced 2 potent neutralizing Abs with unique mechanism targeting authentic SARS-CoV-2 mutants, which can be promising candidates to fulfill the urgent needs for the prolonged COVID-19 pandemic. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30982.map.gz | 254.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30982-v30.xml emd-30982.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30982.png | 40.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30982 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30982 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike glycoprotein complex with 13G9 Fab
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein complex with 13G9 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein complex with 13G9 Fab
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein complex with 13G9 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #2: spike glycoprotein
超分子 | 名称: spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: SARS-CoV-2 Spike protein ectodomain |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-超分子 #3: Fab
超分子 | 名称: Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody. |
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-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.319219 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVFLST FLSGLEVLFQ GPGGWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGS HHHH HHHH |
-分子 #2: 13G9 heavy chain
分子 | 名称: 13G9 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.563473 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFS GSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQRFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSSTSCRDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFS GSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQRFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSSTSCRDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKV |
-分子 #3: 13G9 light chain
分子 | 名称: 13G9 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.587186 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVR SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGRSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVR SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGRSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 22 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52880 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |