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- EMDB-3098: Cryo-EM structure of bovine FoF1 ATP synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3098
タイトルCryo-EM structure of bovine FoF1 ATP synthase
マップデータ3D map of bovine FoF1 ATP synthase
試料
  • 試料: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase
  • タンパク質・ペプチド: FoF1 ATP synthase
キーワードmitochondria / bovine heart / Bos taurus / OXPHOS
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Hauer F / Gerle C / Fischer N / Oshima A / Shinzawa-Itoh K / Shimada S / Yokoyama K / Fujiyoshi Y / Stark H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: GraDeR: Membrane Protein Complex Preparation for Single-Particle Cryo-EM.
著者: Florian Hauer / Christoph Gerle / Niels Fischer / Atsunori Oshima / Kyoko Shinzawa-Itoh / Satoru Shimada / Ken Yokoyama / Yoshinori Fujiyoshi / Holger Stark /
要旨: We developed a method, named GraDeR, which substantially improves the preparation of membrane protein complexes for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). In ...We developed a method, named GraDeR, which substantially improves the preparation of membrane protein complexes for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). In GraDeR, glycerol gradient centrifugation is used for the mild removal of free detergent monomers and micelles from lauryl maltose-neopentyl glycol detergent stabilized membrane complexes, resulting in monodisperse and stable complexes to which standard processes for water-soluble complexes can be applied. We demonstrate the applicability of the method on three different membrane complexes, including the mammalian FoF1 ATP synthase. For this highly dynamic and fragile rotary motor, we show that GraDeR allows visualizing the asymmetry of the F1 domain, which matches the ground state structure of the isolated domain. Therefore, the present cryo-EM structure of FoF1 ATP synthase provides direct structural evidence for Boyer's binding change mechanism in the context of the intact enzyme.
履歴
登録2015年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月5日-
マップ公開2015年9月2日-
更新2015年9月9日-
現状2015年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB-3098.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of bovine FoF1 ATP synthase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 220 pix.
= 352. Å		1.6 Å/pix.
x 220 pix.
= 352. Å		1.6 Å/pix.
x 220 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 31.0 / ムービー #1: 31
最小 - 最大-83.957611080000007 - 147.609420779999994
平均 (標準偏差)0.00000674 (±10.20802784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.61.61.6
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-83.958147.6090.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase

全体名称: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase
要素
  • 試料: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase
  • タンパク質・ペプチド: FoF1 ATP synthase

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超分子 #1000: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase

超分子名称: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was initially maintained in a buffer containing the detergent lauryl maltose-neopentyl glycol (LMNG). For cryo-EM preparation, free LMNG-monomers and micelles were removed using the GraDeR method.
集合状態: Monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa

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分子 #1: FoF1 ATP synthase

分子名称: FoF1 ATP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: F-ATPase, ATP-synthase / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: cattle / 組織: Heart / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial membrane
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.1% azide, 0.5 mM ADP and 5 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh copper Quantifoil grids (3.5/3.5) with custom-made holey carbon film covered by custom-made thin continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Nitrocellulose paper was used to allow for slow blotting to avoid disintegration of the FoF1 ATP synthase complex
手法: Slow blotting (15 seconds) at low blot force

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Using a Cs-corrector from CEOS electron optical aberrations were corrected to residual phase errors of 45degree at scattering angles of >12 to 15 mrad
日付2013年8月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 3956 / 平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 90000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: local CTF correction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: custom-made, IMAGIC-5, Relion, 1.2
使用した粒子像数: 13238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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