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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3098 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of bovine FoF1 ATP synthase | |||||||||
![]() | 3D map of bovine FoF1 ATP synthase | |||||||||
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![]() | mitochondria / bovine heart / Bos taurus / OXPHOS | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
![]() | Hauer F / Gerle C / Fischer N / Oshima A / Shinzawa-Itoh K / Shimada S / Yokoyama K / Fujiyoshi Y / Stark H | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: GraDeR: Membrane Protein Complex Preparation for Single-Particle Cryo-EM. 著者: Florian Hauer / Christoph Gerle / Niels Fischer / Atsunori Oshima / Kyoko Shinzawa-Itoh / Satoru Shimada / Ken Yokoyama / Yoshinori Fujiyoshi / Holger Stark / ![]() ![]() 要旨: We developed a method, named GraDeR, which substantially improves the preparation of membrane protein complexes for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). In ...We developed a method, named GraDeR, which substantially improves the preparation of membrane protein complexes for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). In GraDeR, glycerol gradient centrifugation is used for the mild removal of free detergent monomers and micelles from lauryl maltose-neopentyl glycol detergent stabilized membrane complexes, resulting in monodisperse and stable complexes to which standard processes for water-soluble complexes can be applied. We demonstrate the applicability of the method on three different membrane complexes, including the mammalian FoF1 ATP synthase. For this highly dynamic and fragile rotary motor, we show that GraDeR allows visualizing the asymmetry of the F1 domain, which matches the ground state structure of the isolated domain. Therefore, the present cryo-EM structure of FoF1 ATP synthase provides direct structural evidence for Boyer's binding change mechanism in the context of the intact enzyme. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 37.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | 3D map of bovine FoF1 ATP synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase
全体 | 名称: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase
超分子 | 名称: Bovine mitochondrial FoF1 ATP synthase / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was initially maintained in a buffer containing the detergent lauryl maltose-neopentyl glycol (LMNG). For cryo-EM preparation, free LMNG-monomers and micelles were removed using the GraDeR method. 集合状態: Monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa |
-分子 #1: FoF1 ATP synthase
分子 | 名称: FoF1 ATP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: F-ATPase, ATP-synthase / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.1% azide, 0.5 mM ADP and 5 mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: 200 mesh copper Quantifoil grids (3.5/3.5) with custom-made holey carbon film covered by custom-made thin continuous carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Nitrocellulose paper was used to allow for slow blotting to avoid disintegration of the FoF1 ATP synthase complex 手法: Slow blotting (15 seconds) at low blot force |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Using a Cs-corrector from CEOS electron optical aberrations were corrected to residual phase errors of 45degree at scattering angles of >12 to 15 mrad |
日付 | 2013年8月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 3956 / 平均電子線量: 50 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 90000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: local CTF correction |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: custom-made, IMAGIC-5, Relion, 1.2 使用した粒子像数: 13238 |