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- EMDB-30958: Cryo-EM structure of hDisp1NNN-ShhN -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30958
タイトルCryo-EM structure of hDisp1NNN-ShhN
マップデータ
試料
  • 複合体: hDisp1NNN-ShhN
    • 複合体: ShhN
      • タンパク質・ペプチド: Sonic hedgehog protein
    • 複合体: hDisp1NNN
      • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched homolog 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードmembrane protein / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


patched ligand maturation / regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation ...patched ligand maturation / regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / trunk neural crest cell migration / Formation of lateral plate mesoderm / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of prostatic bud formation / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / ventral midline development / diaphragm development / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / laminin-1 binding / lung epithelium development / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / cell development / spinal cord motor neuron differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle cell proliferation / prostate gland development / intermediate filament organization / limb bud formation / stem cell development / embryonic skeletal system development / skeletal muscle fiber differentiation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / Activation of SMO / mesenchymal cell apoptotic process / patched binding / animal organ formation / hindbrain development / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue development / somite development / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / neuron fate commitment / molecular carrier activity / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / lymphoid progenitor cell differentiation / dorsal/ventral neural tube patterning / self proteolysis / lung lobe morphogenesis / smooth muscle tissue development / artery development / positive regulation of astrocyte differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative thymic T cell selection / pattern specification process / regulation of stem cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Release of Hh-Np from the secreting cell / lung-associated mesenchyme development / intein-mediated protein splicing / dopaminergic neuron differentiation / glycosaminoglycan binding / Formation of axial mesoderm / thalamus development / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / metanephric collecting duct development / positive thymic T cell selection
類似検索 - 分子機能
: / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily ...: / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Sterol-sensing domain / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein / Protein dispatched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.07 Å
データ登録者Li W / Wang L
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights into proteolytic activation of the human Dispatched1 transporter for Hedgehog morphogen release.
著者: Wanqiu Li / Linlin Wang / Bradley M Wierbowski / Mo Lu / Feitong Dong / Wenchen Liu / Sisi Li / Peiyi Wang / Adrian Salic / Xin Gong /
要旨: The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- ...The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- and cholesterol-modified Hh ligands from producing cells. Disp function requires Furin-mediated proteolytic cleavage of its extracellular domain, but how this activates Disp remains obscure. Here, we employ cryo-electron microscopy to determine atomic structures of human Disp1 (hDisp1), before and after cleavage, and in complex with lipid-modified Sonic hedgehog (Shh) ligand. These structures, together with biochemical data, reveal that proteolytic cleavage opens the extracellular domain of hDisp1, removing steric hindrance to Shh binding. Structure-guided functional experiments demonstrate the role of hDisp1-Shh interactions in ligand release. Our results clarify the mechanisms of hDisp1 activation and Shh morphogen release, and highlight how a unique proteolytic cleavage event enabled acquisition of a protein substrate by a member of a family of small molecule transporters.
履歴
登録2021年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e2i
  • 表面レベル: 0.024
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30958.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 168 pix.
= 187.152 Å		1.11 Å/pix.
x 168 pix.
= 187.152 Å		1.11 Å/pix.
x 168 pix.
= 187.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.079936765 - 0.1243633
平均 (標準偏差)0.0005742672 (±0.005547726)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 187.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1141.1141.114
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z187.152187.152187.152
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.0800.1240.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hDisp1NNN-ShhN

全体名称: hDisp1NNN-ShhN
要素
  • 複合体: hDisp1NNN-ShhN
    • 複合体: ShhN
      • タンパク質・ペプチド: Sonic hedgehog protein
    • 複合体: hDisp1NNN
      • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched homolog 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: hDisp1NNN-ShhN

超分子名称: hDisp1NNN-ShhN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 150 KDa

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超分子 #2: ShhN

超分子名称: ShhN / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: hDisp1NNN

超分子名称: hDisp1NNN / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sonic hedgehog protein

分子名称: Sonic hedgehog protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.676172 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MLLLARCLLL VLVSSLLVCS GLACGPGRGF GKRRHPKKLT PLAYKQFIPN VAEKTLGASG RYEGKISRNS ERFKELTPNY NPDIIFKDE ENTGADRLMT QRCKDKLNAL AISVMNQWPG VKLRVTEGWD EDGHHSEESL HYEGRAVDIT TSDRDRSKYG M LARLAVEA ...文字列:
MLLLARCLLL VLVSSLLVCS GLACGPGRGF GKRRHPKKLT PLAYKQFIPN VAEKTLGASG RYEGKISRNS ERFKELTPNY NPDIIFKDE ENTGADRLMT QRCKDKLNAL AISVMNQWPG VKLRVTEGWD EDGHHSEESL HYEGRAVDIT TSDRDRSKYG M LARLAVEA GFDWVYYESK AHIHCSVKAE NSVAAKSGGC FPGSATVHLE QGGTKLVKDL SPGDRVLAAD DQGRLLYSDF LT FLDRDDG AKKVFYVIET REPRERLLLT AAHLLFVAPH NDSATGEPEA SSGSGPPSGG ALGPRALFAS RVRPGQRVYV VAE RDGDRR LLPAAVHSVT LSEEAAGAYA PLTAQGTILI NRVLASCYAV IEEHSWAHRA FAPFRLAHAL LAALAPARTD RGGD SGGGD RGGGGGRVAL TAPGAADAPG AGATAGIHWY SQLLYQIGTW LLDSEALHPL GMAVKSS

UniProtKB: Sonic hedgehog protein

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分子 #2: Protein dispatched homolog 1

分子名称: Protein dispatched homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 171.110094 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MAMSNGNNDF VVLSNSSIAT SAANPSPLTP CDGDHAAQQL TPKEATRTKV SPNGCLQLNG TVKSSFLPLD NQRMPQMLPQ CCHPCPYHH PLTSHSSHQE CHPEAGPAAP SALASCCMQP HSEYSASLCP NHSPVYQTTC CLQPSPSFCL HHPWPDHFQH Q PVQQHIAN ...文字列:
MAMSNGNNDF VVLSNSSIAT SAANPSPLTP CDGDHAAQQL TPKEATRTKV SPNGCLQLNG TVKSSFLPLD NQRMPQMLPQ CCHPCPYHH PLTSHSSHQE CHPEAGPAAP SALASCCMQP HSEYSASLCP NHSPVYQTTC CLQPSPSFCL HHPWPDHFQH Q PVQQHIAN IRPSRPFKLP KSYAALIADW PVVVLGMCTM FIVVCALVGV LVPELPDFSD PLLGFEPRGT AIGQRLVTWN NM VKNTGYK ATLANYPFKY ADEQAKSHRD DRWSDDHYER EKREVDWNFH KDSFFCDVPS DRYSRVVFTS SGGETLWNLP AIK SMCNVD NSRIRSHPQF GDLCQRTTAA SCCPSWTLGN YIAILNNRSS CQKIVERDVS HTLKLLRTCA KHYQNGTLGP DCWD MAARR KDQLKCTNVP RKCTKYNAVY QILHYLVDKD FMTPKTADYA TPALKYSMLF SPTEKGESMM NIYLDNFENW NSSDG VTTI TGIEFGIKHS LFQDYLLMDT VYPAIAIVIV LLVMCVYTKS MFITLMTMFA IISSLIVSYF LYRVVFHFEF FPFMNL TAL IILVGIGANN AFVLCDVWNY TKFDKPHAET SETVSITLQH AALSMFVTSF TTAAAFYANY VSNITAIRCF GVYAGTA IL VNYVLMVTWL PAVVVLHERY LLNIFTCFKK PQQQIYDNKS CWTVACQKCH KVLFAISEAS RIFFEKVLPC IVIKFRYL W LFWFLALTVG GAYIVCINPK MKLPSLELSE FQVFRSSHPF ERYDAEYKKL FMFERVHHGE ELHMPITVIW GVSPEDNGN PLNPKSKGKL TLDSSFNIAS PASQAWILHF CQKLRNQTFF YQTDEQDFTS CFIETFKQWM ENQDCDEPAL YPCCSHWSFP YKQEIFELC IKRAIMELER STGYHLDSKT PGPRFDINDT IRAVVLEFQS TYLFTLAYEK MHQFYKEVDS WISSELSSAP E GLSNGWFV SNLEFYDLQD SLSDGTLIAM GLSVAVAFSV MLLTTWNIII SLYAIISIAG TIFVTVGSLV LLGWELNVLE SV TISVAVG LSVNFAVHYG VAYRLAPDPD REGKVIFSLS RVGSAMAMAA LTTFVAGAMM MPSTVLAYTQ LGTFMMLIMC ISW AFATFF FQCMCRCLGP QGTCGQIPLP KKLQCSAFSH ALSTSPSDKG QSKTHTINAY HLDPRGPKSE LEHEFYELEP LASH SCTAP EKTTYEETHI CSEFFNSQAK NLGMPVHAAY NSELSKSTES DAGSALLQPP LEQHTVCHFF SLNQRCSCPD AYKHL NYGP HSCQQMGDCL CHQCSPTTSS FVQIQNGVAP LKATHQAVEG FVHPITHIHH CPCLQGRVKP AGMQNSLPRN FFLHPV QHI QAQEKIGKTN VHSLQRSIEE HLPKMAEPSS FVCRSTGSLL KTCCDPENKQ RELCKNRDVS NLESSGGTEN KAGGKVE LS LSQTDASVNS EHFNQNEPKV LFNHLMGEAG CRSCPNNSQS CGRIVRVKCN SVDCQMPNME ANVPAVLTHS ELSGESLL I KTL

UniProtKB: Protein dispatched homolog 1

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 173169
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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