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- EMDB-3095: Electron negative stain tomography of alpha-synuclein amyloid fib... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3095
タイトルElectron negative stain tomography of alpha-synuclein amyloid fibrils treated with the Hsc70/DNAJB1/Apg2 chaperone system
マップデータReconstruction of alpha-synuclein amyloid fibrils treated with the Hsc70/DNAJB1/Apg2 trichaperone system
試料
  • 試料: alpha-synuclein fibrils plus chaperones Hsc70, DNAJB1 and Apg2
  • タンパク質・ペプチド: alpha-synuclein
  • タンパク質・ペプチド: Hsc70
  • タンパク質・ペプチド: DNAJB1
  • タンパク質・ペプチド: Apg2
キーワードalpha-synuclein amyloid fibrils / disaggregation activity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / positive regulation of glutathione peroxidase activity / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process ...regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / positive regulation of glutathione peroxidase activity / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / negative regulation of transporter activity / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / regulation of norepinephrine uptake / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of locomotion / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / regulation of macrophage activation / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of dopamine secretion / dynein complex binding / positive regulation of receptor recycling / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / response to type II interferon / cuprous ion binding / response to magnesium ion / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of endocytosis / kinesin binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of serotonin uptake / alpha-tubulin binding / phospholipid metabolic process / supramolecular fiber organization / axon terminus / inclusion body / cellular response to copper ion / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / : / adult locomotory behavior / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / excitatory postsynaptic potential / SNARE binding / fatty acid metabolic process / long-term synaptic potentiation / phosphoprotein binding / protein tetramerization / regulation of transmembrane transporter activity / protein destabilization / negative regulation of protein kinase activity / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / ferrous iron binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / tau protein binding / PKR-mediated signaling / receptor internalization / phospholipid binding / : / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / actin binding / cell cortex / cellular response to oxidative stress / histone binding / growth cone / chemical synaptic transmission / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynapse / response to lipopolysaccharide / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / lysosome / oxidoreductase activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Gao X / Carroni M / Nussbaum-Krammer C / Mogk A / Nillegoda NB / Szlachcic A / Guilbride DL / Saibil HR / Mayer MP / Bukau B
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Human Hsp70 Disaggregase Reverses Parkinson's-Linked α-Synuclein Amyloid Fibrils.
著者: Xuechao Gao / Marta Carroni / Carmen Nussbaum-Krammer / Axel Mogk / Nadinath B Nillegoda / Anna Szlachcic / D Lys Guilbride / Helen R Saibil / Matthias P Mayer / Bernd Bukau /
要旨: Intracellular amyloid fibrils linked to neurodegenerative disease typically accumulate in an age-related manner, suggesting inherent cellular capacity for counteracting amyloid formation in early ...Intracellular amyloid fibrils linked to neurodegenerative disease typically accumulate in an age-related manner, suggesting inherent cellular capacity for counteracting amyloid formation in early life. Metazoan molecular chaperones assist native folding and block polymerization of amyloidogenic proteins, preempting amyloid fibril formation. Chaperone capacity for amyloid disassembly, however, is unclear. Here, we show that a specific combination of human Hsp70 disaggregase-associated chaperone components efficiently disassembles α-synuclein amyloid fibrils characteristic of Parkinson's disease in vitro. Specifically, the Hsc70 chaperone, the class B J-protein DNAJB1, and an Hsp110 family nucleotide exchange factor (NEF) provide ATP-dependent activity that disassembles amyloids within minutes via combined fibril fragmentation and depolymerization. This ultimately generates non-toxic α-synuclein monomers. Concerted, rapid interaction cycles of all three chaperone components with fibrils generate the power stroke required for disassembly. This identifies a powerful human Hsp70 disaggregase activity that efficiently disassembles amyloid fibrils and points to crucial yet undefined biology underlying amyloid-based diseases.
履歴
登録2015年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2015年9月16日-
更新2015年9月16日-
現状2015年9月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Reconstruction of alpha-synuclein amyloid fibrils treated with the Hsc70/DNAJB1/Apg2 trichaperone system
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.028 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)0.48000404 (±23.18089676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0096
サイズ46563492192
Spacing46563492192
セルA: 10573.776 Å / B: 14098.368 Å / C: 581.37604 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z3.0283.0283.028
M x/y/z34924656192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10573.77614098.368581.376
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0096
NC/NR/NS34924656192
D min/max/mean-128.000127.0000.480

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : alpha-synuclein fibrils plus chaperones Hsc70, DNAJB1 and Apg2

全体名称: alpha-synuclein fibrils plus chaperones Hsc70, DNAJB1 and Apg2
要素
  • 試料: alpha-synuclein fibrils plus chaperones Hsc70, DNAJB1 and Apg2
  • タンパク質・ペプチド: alpha-synuclein
  • タンパク質・ペプチド: Hsc70
  • タンパク質・ペプチド: DNAJB1
  • タンパク質・ペプチド: Apg2

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超分子 #1000: alpha-synuclein fibrils plus chaperones Hsc70, DNAJB1 and Apg2

超分子名称: alpha-synuclein fibrils plus chaperones Hsc70, DNAJB1 and Apg2
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4

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分子 #1: alpha-synuclein

分子名称: alpha-synuclein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: amyloid fibrils / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 14 KDa / 理論値: 14 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pTYB11
配列UniProtKB: Alpha-synuclein

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分子 #2: Hsc70

分子名称: Hsc70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: HSPA8 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 70 KDa / 理論値: 70 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: DNAJB1

分子名称: DNAJB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Hdj1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #4: Apg2

分子名称: Apg2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 95 KDa / 理論値: 95 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Hepes-KOH pH 7.5, 50 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 2 mM ATP, 3 mM PEP, 20 ng/microL pyruvate kinase
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl formate for 2 minutes
グリッド詳細: 200 mesh copper finder grids with thin carbon support glow discharged in atmosphere.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2014年12月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 200 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 3 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 40
CTF補正詳細: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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