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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30937 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | PolD-primase | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Oki K / Mayanagi K / Ishino Y | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 9件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: DNA polymerase D temporarily connects primase to the CMG-like helicase before interacting with proliferating cell nuclear antigen. 著者: Keisuke Oki / Takeshi Yamagami / Mariko Nagata / Kouta Mayanagi / Tsuyoshi Shirai / Naruhiko Adachi / Tomoyuki Numata / Sonoko Ishino / Yoshizumi Ishino / 要旨: The eukaryotic replisome is comprised of three family-B DNA polymerases (Polα, δ and ϵ). Polα forms a stable complex with primase to synthesize short RNA-DNA primers, which are subsequently ...The eukaryotic replisome is comprised of three family-B DNA polymerases (Polα, δ and ϵ). Polα forms a stable complex with primase to synthesize short RNA-DNA primers, which are subsequently elongated by Polδ and Polϵ in concert with proliferating cell nuclear antigen (PCNA). In some species of archaea, family-D DNA polymerase (PolD) is the only DNA polymerase essential for cell viability, raising the question of how it alone conducts the bulk of DNA synthesis. We used a hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis, to demonstrate that PolD connects primase to the archaeal replisome before interacting with PCNA. Whereas PolD stably connects primase to GINS, a component of CMG helicase, cryo-EM analysis indicated a highly flexible PolD-primase complex. A conserved hydrophobic motif at the C-terminus of the DP2 subunit of PolD, a PIP (PCNA-Interacting Peptide) motif, was critical for the interaction with primase. The dissociation of primase was induced by DNA-dependent binding of PCNA to PolD. Point mutations in the alternative PIP-motif of DP2 abrogated the molecular switching that converts the archaeal replicase from de novo to processive synthesis mode. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30937.map.gz | 10.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30937-v30.xml emd-30937.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30937_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30937.png | 91.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30937 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30937 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11061 (タイトル: DNA polymerase D temporarily connects primase to the CMG-like helicase before interacting with proliferating cell nuclear antigen Data size: 1.7 TB Data #1: DNA polymerase D temporarily connects primase to the CMG-like helicase before interacting with proliferating cell nuclear antigen [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30937.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PolD-primase
全体 | 名称: PolD-primase |
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要素 |
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-超分子 #1: PolD-primase
超分子 | 名称: PolD-primase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: PolD-primase complex |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.92 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |