EMDB-30868: liver ribosome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30868

タイトル

liver ribosome

マップデータ

試料

複合体: liver ribosome

生物種

Ribosome display vector pRDV (その他)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å

データ登録者

Zhang JG / Zhang DY / Sun L / Ji G / Huang XJ / Niu TX / Xu JS / Ma CY / Zhu Y / Gao N ...

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen hydrated lamellae from tissue specimens for in situ cryo-electron tomography
著者: Zhang J / Zhang D / Sun L / Ji G / Huang X / Niu T / Xu J / Ma C / Zhu Y / Gao N / Xu W / Sun F

履歴

登録	2021年1月11日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年1月19日	-
マップ公開	2022年1月19日	-
更新	2022年8月3日	-
現状	2022年8月3日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 2.05 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（高さに従い着色）表面レベル: 2.05 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30868.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30868.map.gz	4.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30868-v30.xml emd-30868.xml	7.5 KB 7.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30868.png	237.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30868	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_30868_validation.pdf.gz	326.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_30868_full_validation.pdf.gz	326.4 KB	表示
XML形式データ	emd_30868_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_30868_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30868	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7836 0197 4263 7nqh-d 3419 7834 3883 13879 11609 8804 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10713 (タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen-hydrated lamella of tissue specimen for in situ cryo-electron tomography Data size: 112.1 Data #1: ungaligned multi-frame micrographs of ribosome [micrographs - multiframe])

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.7 Å/pix. x 222 pix. = 599.4 Å	2.7 Å/pix. x 222 pix. = 599.4 Å	2.7 Å/pix. x 222 pix. = 599.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.7 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 2.05 / ムービー #1: 2.05
最小 - 最大	-3.4019058 - 13.892037
平均 (標準偏差)	0.10888205 (±0.7738001)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	222	222	222
Spacing	222	222	222

セル

A=B=C: 599.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	2.7	2.7	2.7
M x/y/z	222	222	222
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	599.400	599.400	599.400
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	352	352	352
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	222	222	222
D min/max/mean	-3.402	13.892	0.109

-
全体 : liver ribosome

全体	名称: liver ribosome
要素	複合体: liver ribosome

-
超分子 #1: liver ribosome

超分子	名称: liver ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Ribosome display vector pRDV (その他)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	tissue

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 13
抽出	トモグラム数: 13 / 使用した粒子像数: 13
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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