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万見
- EMDB-30783: 2-fold subparticles refinement of human papillomavirus type 58 ps... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30783
タイトル2-fold subparticles refinement of human papillomavirus type 58 pseudovirus in complexed with the Fab fragment of 2H3
マップデータ2-fold subparticles refinement of human papillomavirus type 58 pseudovirus in complexed with the Fab fragment of A4B4
試料
  • 複合体: Human papillomavirus type 58 in complexed with the Fab fragment of 2H3
    • 複合体: Human papillomavirus type 58
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
    • 複合体: Mus musculus
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of 2H3 Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of 2H3 Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者He MZ / Chi X / Zha ZH / Zheng QB / Gu Y / Li SW / Xia NS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1705283 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the shared neutralization mechanism of three classes of human papillomavirus type 58 antibodies with disparate modes of binding.
著者: Maozhou He / Xin Chi / Zhenghui Zha / Yunbing Li / Jie Chen / Yang Huang / Shiwen Huang / Miao Yu / Zhiping Wang / Shuo Song / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Zekai Li / Tingting Li / Yingbin ...著者: Maozhou He / Xin Chi / Zhenghui Zha / Yunbing Li / Jie Chen / Yang Huang / Shiwen Huang / Miao Yu / Zhiping Wang / Shuo Song / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Zekai Li / Tingting Li / Yingbin Wang / Hai Yu / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Human papillomavirus type 58 (HPV58) is associated with cervical cancer and poses a significant health burden worldwide. Although the commercial 9-valent HPV vaccine covers HPV58, the structural and ...Human papillomavirus type 58 (HPV58) is associated with cervical cancer and poses a significant health burden worldwide. Although the commercial 9-valent HPV vaccine covers HPV58, the structural and molecular-level neutralization sites of the HPV58 complete virion are not fully understood. Here, we report the high-resolution (∼3.5 Å) structure of the complete HPV58 pseudovirus (PsV58) using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Three representative neutralizing monoclonal antibodies (nAbs 5G9, 2H3 and A4B4) were selected through clustering from a nAb panel against HPV58. Bypassing the steric hindrance and symmetry-mismatch in the HPV Fab-capsid immune-complex, we present three different neutralizing epitopes in the PsV58, and show that, despite differences in binding, these nAbs share a common neutralization mechanism. These results offer insight into HPV58 genotype specificity and broaden our understanding of HPV58 neutralization sites for antiviral research. Cervical cancer primarily results from persistent infection with high-risk types of human papillomavirus (HPV). HPV type 58 (HPV58) is an important causative agent, especially within Asia. Despite this, we still have limited data pertaining to the structural and neutralizing epitopes of HPV58, and this encumbers our in-depth understanding of the virus mode of infection. Here, we show that representative nAbs (5G9, 10B11, 2H3, 5H2 and A4B4) from three different groups share a common neutralization mechanism that appears to prohibit the virus from associating with the extracellular matrix and cell surface. Furthermore, we identify that the nAbs engage via three different binding patterns: top-center binding (5G9 and 10B11), top-fringe binding (2H3 and 5H2), and fringe binding (A4B4). Our work shows that, despite differences in the pattern in binding, nAbs against HPV58 share a common neutralization mechanism. These results provide new insight into the understanding of HPV58 infection.
履歴
登録2020年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dnh
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7dnh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30783.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2-fold subparticles refinement of human papillomavirus type 58 pseudovirus in complexed with the Fab fragment of A4B4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 420 pix.
= 470.82 Å		1.12 Å/pix.
x 420 pix.
= 470.82 Å		1.12 Å/pix.
x 420 pix.
= 470.82 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.121 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2 / ムービー #1: 3.2
最小 - 最大-10.506157 - 16.954882
平均 (標準偏差)0.001553313 (±1.2606359)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 470.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1211.1211.121
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z470.820470.820470.820
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-10.50616.9550.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus type 58 in complexed with the Fab fragment of 2H3

全体名称: Human papillomavirus type 58 in complexed with the Fab fragment of 2H3
要素
  • 複合体: Human papillomavirus type 58 in complexed with the Fab fragment of 2H3
    • 複合体: Human papillomavirus type 58
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
    • 複合体: Mus musculus
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of 2H3 Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of 2H3 Fab fragment

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超分子 #1: Human papillomavirus type 58 in complexed with the Fab fragment of 2H3

超分子名称: Human papillomavirus type 58 in complexed with the Fab fragment of 2H3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス)

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超分子 #2: Human papillomavirus type 58

超分子名称: Human papillomavirus type 58 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Mus musculus

超分子名称: Mus musculus / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

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分子 #1: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 59.103199 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVLILCCTLA ILFCVADVNV FHIFLQMSVW RPSEATVYLP PVPVSKVVST DEYVSRTSIY YYAGSSRLLA VGNPYFSIKS PNNNKKVLV PKVSGLQYRV FRVRLPDPNK FGFPDTSFYN PDTQRLVWAC VGLEIGRGQP LGVGVSGHPY LNKFDDTETS N RYPAQPGS ...文字列:
MVLILCCTLA ILFCVADVNV FHIFLQMSVW RPSEATVYLP PVPVSKVVST DEYVSRTSIY YYAGSSRLLA VGNPYFSIKS PNNNKKVLV PKVSGLQYRV FRVRLPDPNK FGFPDTSFYN PDTQRLVWAC VGLEIGRGQP LGVGVSGHPY LNKFDDTETS N RYPAQPGS DNRECLSMDY KQTQLCLIGC KPPTGEHWGK GVACNNNAAA TDCPPLELFN SIIEDGDMVD TGFGCMDFGT LQ ANKSDVP IDICNSTCKY PDYLKMASEP YGDSLFFFLR REQMFVRHFF NRAGKLGEAV PDDLYIKGSG NTAVIQSSAF FPT PSGSIV TSESQLFNKP YWLQRAQGHN NGICWGNQLF VTVVDTTRST NMTLCTEVTK EGTYKNDNFK EYVRHVEEYD LQFV FQLCK ITLTAEIMTY IHTMDSNILE DWQFGLTPPP SASLQDTYRF VTSQAITCQK TAPPKEKEDP LNKYTFWEVN LKEKF SADL DQFPLGRKFL LQSGLKAKPR LKRSAPTTRA PSTKRKKVKK

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分子 #2: The light chain of 2H3 Fab fragment

分子名称: The light chain of 2H3 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.58899 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRASENIY SNLIWYQQKQ GKSPQLLVYA ATNLADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGSYYCQ HFWGTPLTFG AGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRASENIY SNLIWYQQKQ GKSPQLLVYA ATNLADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGSYYCQ HFWGTPLTFG AGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #3: The heavy chain of 2H3 Fab fragment

分子名称: The heavy chain of 2H3 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.074867 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVQLLQSGAE LVRPGSSVKI SCKASGYVFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGQ IYPGDGGTHY NGNFRDKATL TADKSSSTAY MHLSSLTSE DSAVYFCARK IYDGYGFSYW GQGTLVTVSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW N SGSLSSGV ...文字列:
QVQLLQSGAE LVRPGSSVKI SCKASGYVFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGQ IYPGDGGTHY NGNFRDKATL TADKSSSTAY MHLSSLTSE DSAVYFCARK IYDGYGFSYW GQGTLVTVSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW N SGSLSSGV HTFPAVLQSD LYTLSSSVTV PSSPRPSETV TCNVAHPASS TKVDKKI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 104213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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