EMDB-30748: Liganded EGFR averaged cluster 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30748

タイトル

Liganded EGFR averaged cluster 8

マップデータ

試料

複合体: Liganded EGFR averaged cluster 8

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å

データ登録者

Purba ER / Saita EI / Akhouri RR / Ofverstedt LG / Wilken G / Skoglund U / Maruyama IN

引用

ジャーナル: Front Endocrinol / 年: 2022
タイトル: Allosteric activation of preformed EGF receptor dimers by a single ligand binding event.
著者: Purba ER / Saita EI / Akhouri RR / Ofverstedt LG / Wilken G / Skoglund U / Maruyama IN

履歴

登録	2020年12月3日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年12月30日	-
マップ公開	2020年12月30日	-
更新	2022年12月14日	-
現状	2022年12月14日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.5 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.5 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30748.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30748.map.gz	4.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30748-v30.xml emd-30748.xml	12.2 KB 12.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30748.png	14.1 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30748 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30748	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30714C 30715C 30716C 30717C 30719C 30721C 30722C 30723C 30724C 30725C 30726C 30727C 30728C 30729C 30730C 30731C 30732C 30733C 30734C 30735C 30737C 30738C 30739C 30740C 30741C 30742C 30743C 30744C 30745C 30746C 30747C 30749C 30750C 30751C 30752C 30753C 30754C 30755C 30756C 30757C 30758C 30759C 30760C 30761C 30762C 30763C 30764C 30765C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	30759 6x89-d 3685 10519 4113 6i84-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30748.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.26 Å/pix. x 110 pix. = 248.38 Å	2.26 Å/pix. x 110 pix. = 248.38 Å	2.26 Å/pix. x 110 pix. = 248.38 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.258 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	ムービー #1: 0.5
最小 - 最大	0.17829359 - 0.7408905
平均 (標準偏差)	0.4110778 (±0.06325924)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	110	110	110
Spacing	110	110	110

セル

A=B=C: 248.38002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	2.258	2.258	2.258
M x/y/z	110	110	110
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	248.380	248.380	248.380
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	558	558	558
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	110	110	110
D min/max/mean	0.178	0.741	0.411

-
全体 : Liganded EGFR averaged cluster 8

全体	名称: Liganded EGFR averaged cluster 8
要素	複合体: Liganded EGFR averaged cluster 8

-
超分子 #1: Liganded EGFR averaged cluster 8

超分子	名称: Liganded EGFR averaged cluster 8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: membrane cell
分子量	理論値: 300 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.2 mg/mL

緩衝液

pH: 8
構成要素:

濃度	名称
20.0 mM	Tris-HCL
200.0 mM	Sodium chloride
0.2 mM	Dodecyl maltocide

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

詳細

the sample was monodisperse

Cryo protectant

No

切片作成

その他: NO SECTIONING

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
温度	最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 135 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 37000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 141

-
原子モデル構築 1

初期モデル

PDB ID	Chain
3njp	chain_id: A, residue_range: 1-614
3njp	chain_id: B, residue_range: 1-614
2m20	chain_id: A, residue_range: 1-60
2m20	chain_id: B, residue_range: 61-120
2gs6	chain_id: A, residue_range: 669-995
2gs6	chain_id: B, residue_range: 669-995

精密化

空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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