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万見
- EMDB-30712: Cryo-Molecular electron tomography of epidermal growth factor rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30712
タイトルCryo-Molecular electron tomography of epidermal growth factor receptor (averaged cluster 1)
マップデータUnliganded EGFR, averaged cluster 1
試料
  • 複合体: Unliganded EGFR
生物種EGFR (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Purba ER / Saita E-I / Akhouri RR / Ofverstedt LG / Wilken G / Skoglund U / Maruyama IN
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational flexibility transitions of the epidermal growth factor receptor dimer upon activation
著者: Purba ER / Saita E-I / Akhouri RR / Ofverstedt LG / Wilken G / Skoglund U / Maruyama IN
履歴
登録2020年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2020年12月30日-
現状2020年12月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30712.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unliganded EGFR, averaged cluster 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.26 Å/pix.
x 110 pix.
= 248.38 Å		2.26 Å/pix.
x 110 pix.
= 248.38 Å		2.26 Å/pix.
x 110 pix.
= 248.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.258 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大0.19260542 - 0.7802467
平均 (標準偏差)0.3929175 (±0.065753855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ110110110
Spacing110110110
セルA=B=C: 248.37999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.2582.2582.258
M x/y/z110110110
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.380248.380248.380
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS110110110
D min/max/mean0.1930.7800.393

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Unliganded EGFR

全体名称: Unliganded EGFR
要素
  • 複合体: Unliganded EGFR

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超分子 #1: Unliganded EGFR

超分子名称: Unliganded EGFR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Unliganded EGFR, subtomogram averaged cluster 1
由来(天然)生物種: EGFR (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: DH5a / 組換細胞: E. coli / 組換プラスミド: pIRES2-ZsGreen1-Thr-His8
分子量理論値: 300 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 0.5 / 構成要素 - 名称: Tris-HCL
詳細: Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: Blot for 5.5 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系位相板: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2258 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2258 pixel / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 37000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 25 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: UCSF Chimera (ver. 1.15) / 使用したサブトモグラム数: 15
抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 474
最終 3次元分類クラス数: 25 / 平均メンバー数/クラス: 40
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
結晶パラメータ単位格子 - A: 60.7 Å / 単位格子 - B: 9.3 Å / 単位格子 - C: 14.4 Å / 単位格子 - γ: 120 ° / 単位格子 - α: 120 ° / 単位格子 - β: 120 ° / 空間群: P1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1nql

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2m0b

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3gt8

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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