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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30671 | |||||||||
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タイトル | apo state of class C GPCR | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / cellular response to electrical stimulus / regulation of sensory perception of pain / L-glutamate import across plasma membrane / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / cellular response to electrical stimulus / regulation of sensory perception of pain / L-glutamate import across plasma membrane / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sensory perception of pain / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of MAPK cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamatergic synapse / 樹状突起 / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JY / Wu LJ / Luo F / Hua T / Liu ZJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the activation initiation of full-length mGlu1. 著者: Jinyi Zhang / Lu Qu / Lijie Wu / Xiaomeng Tang / Feng Luo / Weixiu Xu / Yueming Xu / Zhi-Jie Liu / Tian Hua / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30671.map.gz | 36.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30671-v30.xml emd-30671.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30671.png | 97.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30671 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30671 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : dimer of apo state
全体 | 名称: dimer of apo state |
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要素 |
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-超分子 #1: dimer of apo state
超分子 | 名称: dimer of apo state / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 1
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.300883 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GASSQRSVAR MDGDVIIGAL FSVHHQPPAE KVPERKCGEI REQYGIQRVE AMFHTLDKIN ADPVLLPNIT LGSEIRDSCW HSSVALEQS IEFIRDSLIS IRDEKDGINR CLPDGQSLPP GRTKKPIAGV IGPGSSSVAI QVQNLLQLFD IPQIAYSATS I DLSDKTLY ...文字列: GASSQRSVAR MDGDVIIGAL FSVHHQPPAE KVPERKCGEI REQYGIQRVE AMFHTLDKIN ADPVLLPNIT LGSEIRDSCW HSSVALEQS IEFIRDSLIS IRDEKDGINR CLPDGQSLPP GRTKKPIAGV IGPGSSSVAI QVQNLLQLFD IPQIAYSATS I DLSDKTLY KYFLRVVPSD TLQARAMLDI VKRYNWTYVS AVHTEGNYGE SGMDAFKELA AQEGLCIAHS DKIYSNAGEK SF DRLLRKL RERLPKARVV VCFCEGMTVR GLLSAMRRLG VVGEFSLIGS DGWADRDEVI EGYEVEANGG ITIKLQSPEV RSF DDYFLK LRLDTNTRNP WFPEFWQHRF QCRLPGHLLE NPNFKRICTG NESLEENYVQ DSKMGFVINA IYAMAHGLQN MHHA LCPGH VGLCDAMKPI DGSKLLDFLI KSSFIGVSGE EVWFDEKGDA PGRYDIMNLQ YTEANRYDYV HVGTWHEGVL NIDDY KIQM NKSGVVRSVC SEPCLKGQIK VIRKGEVSCC WICTACKENE YVQDEFTCKA CDLGWWPNAD LTGCEPIPVR YLEWSN IES IIAIAFSCLG ILVTLFVTLI FVLYRDTPVV KSSSRELCYI ILAGIFLGYV CPFTLIAKPT TTSCYLQRLL VGLSSAM CY SALVTKTNRI ARILAGSKKK ICTRKPRFMS AWAQVIIASI LISVQLTLVV TLIIMEPPMP ILSYPSIKEV YLICNTSN L GVVAPLGYNG LLIMSCTYYA FKTRNVPANF NEAKYIAFTM YTTCIIWLAF VPIYFGSNYK IITTCFAVSL SVTVALGCM FTPKMYIIIA KPERNVRSAF TTSDVVRMHV GDG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.78 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134512 |