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- EMDB-3065: A network of SMG-8, SMG-9 and SMG-1 C-terminal insertion domain r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3065
タイトルA network of SMG-8, SMG-9 and SMG-1 C-terminal insertion domain regulates UPF1 substrate recruitment and phosphorylation
マップデータcontour level in chimera. Reconstruction of the SMG1-SMG8-SMG9-UPF1 complex in conformation 1
試料
  • 試料: Complex of four proteins: SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1
  • タンパク質・ペプチド: SMG-1
  • タンパク質・ペプチド: SMG-8
  • タンパク質・ペプチド: SMG-9
  • タンパク質・ペプチド: UPF1
キーワードCryo-electron microscopy / SMG-1 kinase / Phosphoinositide-3-kinase-like kinase / UPF1 substrate recruitment / SMG-8-9 kinase regulation / Nonsense-mediated mRNA decay
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / regulation of protein kinase activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / regulation of protein kinase activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / eye development / chromatoid body / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / helicase activity / P-body / brain development / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / protein autophosphorylation / DNA helicase / in utero embryonic development / double-stranded DNA helicase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / chromosome, telomeric region / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Smg8_Smg9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1, N-terminal ...RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Smg8_Smg9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1, N-terminal / SMG1, PIKK catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase smg-1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 N-terminal / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Rapamycin binding domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / : / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8 / Regulator of nonsense transcripts 1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Deniaud A / Karuppasamy M / Bock T / Masiulis S / Huard K / Garzoni F / Kerschgens K / Hentze MW / Kulozik AE / Beck M ...Deniaud A / Karuppasamy M / Bock T / Masiulis S / Huard K / Garzoni F / Kerschgens K / Hentze MW / Kulozik AE / Beck M / Neu-Yilik G / Schaffitzel C
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2015
タイトル: A network of SMG-8, SMG-9 and SMG-1 C-terminal insertion domain regulates UPF1 substrate recruitment and phosphorylation.
著者: Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Thomas Bock / Simonas Masiulis / Karine Huard / Frédéric Garzoni / Kathrin Kerschgens / Matthias W Hentze / Andreas E Kulozik / Martin Beck / ...著者: Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Thomas Bock / Simonas Masiulis / Karine Huard / Frédéric Garzoni / Kathrin Kerschgens / Matthias W Hentze / Andreas E Kulozik / Martin Beck / Gabriele Neu-Yilik / Christiane Schaffitzel /
要旨: Mammalian nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a eukaryotic surveillance mechanism that degrades mRNAs containing premature translation termination codons. Phosphorylation of the essential NMD ...Mammalian nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a eukaryotic surveillance mechanism that degrades mRNAs containing premature translation termination codons. Phosphorylation of the essential NMD effector UPF1 by the phosphoinositide-3-kinase-like kinase (PIKK) SMG-1 is a key step in NMD and occurs when SMG-1, its two regulatory factors SMG-8 and SMG-9, and UPF1 form a complex at a terminating ribosome. Electron cryo-microscopy of the SMG-1-8-9-UPF1 complex shows the head and arm architecture characteristic of PIKKs and reveals different states of UPF1 docking. UPF1 is recruited to the SMG-1 kinase domain and C-terminal insertion domain, inducing an opening of the head domain that provides access to the active site. SMG-8 and SMG-9 interact with the SMG-1 C-insertion and promote high-affinity UPF1 binding to SMG-1-8-9, as well as decelerated SMG-1 kinase activity and enhanced stringency of phosphorylation site selection. The presence of UPF2 destabilizes the SMG-1-8-9-UPF1 complex leading to substrate release. Our results suggest an intricate molecular network of SMG-8, SMG-9 and the SMG-1 C-insertion domain that governs UPF1 substrate recruitment and phosphorylation by SMG-1 kinase, an event that is central to trigger mRNA decay.
履歴
登録2015年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月8日-
マップ公開2015年7月15日-
更新2015年9月9日-
現状2015年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13518.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈contour level in chimera. Reconstruction of the SMG1-SMG8-SMG9-UPF1 complex in conformation 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.86 Å/pix.
x 160 pix.
= 297.6 Å		1.86 Å/pix.
x 160 pix.
= 297.6 Å		1.86 Å/pix.
x 160 pix.
= 297.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.04 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.23671167 - 0.75280172
平均 (標準偏差)-0.00000887 (±0.03722637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 297.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.861.861.86
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.600297.600297.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.2370.753-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of four proteins: SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1

全体名称: Complex of four proteins: SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1
要素
  • 試料: Complex of four proteins: SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1
  • タンパク質・ペプチド: SMG-1
  • タンパク質・ペプチド: SMG-8
  • タンパク質・ペプチド: SMG-9
  • タンパク質・ペプチド: UPF1

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超分子 #1000: Complex of four proteins: SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1

超分子名称: Complex of four proteins: SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample is monodisperse, and the elution volume in size exclusion chromatography is consistent with a heterotetramer.
集合状態: heterotetramer / Number unique components: 4
分子量実験値: 720 KDa / 理論値: 720 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: SMG-1

分子名称: SMG-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Serine/threonine-protein kinase SMG1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 420 KDa / 理論値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pLexm
配列UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase SMG1

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分子 #2: SMG-8

分子名称: SMG-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 110 KDa / 理論値: 110 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pLexm
配列UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8

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分子 #3: SMG-9

分子名称: SMG-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 60 KDa / 理論値: 60 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pLexm
配列UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9

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分子 #4: UPF1

分子名称: UPF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: RENT1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 130 KDa / 理論値: 130 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: pFastBBac
配列UniProtKB: Regulator of nonsense transcripts 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 9
詳細: 20 mM Tris pH 9.0, 100 mM KCl, 25 mM glycine, 1 mM DTT and 2 mM biotin
グリッド詳細: copper 300 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 2 second blotting and blot force of 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 86 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: not used
日付2013年1月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1300 / 平均電子線量: 13 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: FEI polara multispecimen holder, nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: xmipp / 使用した粒子像数: 26653

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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