EMDB-30587: Cryo-EM Structure of human CALHM5 in the presence of EDTA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30587

タイトル

Cryo-EM Structure of human CALHM5 in the presence of EDTA

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: Calcium homeostasis modulator protein 5
- タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator protein 5
リガンド: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

キーワード

large pore channel / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / plasma membrane / Calcium homeostasis modulator protein 5

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liu J / Guan FH

資金援助

中国, 8件

Organization	Grant number	国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2016YFA0500404	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2018YFA0508100	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31525001	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971127	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31870724	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900041	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31525007	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31930063	中国

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of human calcium homeostasis modulator 5.
著者: Jie Liu / Futang Wan / Qiuheng Jin / Xiaoxiao Li / Eijaz Ahmed Bhat / Jiangtao Guo / Ming Lei / Fenghui Guan / Jian Wu / Sheng Ye /

履歴

登録	2020年9月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年12月23日	-
マップ公開	2020年12月23日	-
更新	2024年10月23日	-
現状	2024年10月23日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.019 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 0.019 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードあてはめたモデルとの重ね合わせ原子モデル: PDB-7d61 表面レベル: 0.019 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30587.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30587.map.gz	135.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30587-v30.xml emd-30587.xml	11.2 KB 11.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30587.png	72.8 KB
Filedesc metadata	emd-30587.cif.gz	5.1 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30587	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d61MC 30586C 30589C 7d60C 7d65C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	30586 30589 10925 21142 21141 6val-d 6vak-d 20788 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 336 pix. = 369.6 Å	1.1 Å/pix. x 336 pix. = 369.6 Å	1.1 Å/pix. x 336 pix. = 369.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大	-0.069106214 - 0.14175229
平均 (標準偏差)	0.0000048659313 (±0.0036602968)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	336	336	336
Spacing	336	336	336

セル

A=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.1	1.1	1.1
M x/y/z	336	336	336
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	369.600	369.600	369.600
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	336	336	336
D min/max/mean	-0.069	0.142	0.000

-
全体 : Calcium homeostasis modulator protein 5

全体	名称: Calcium homeostasis modulator protein 5
要素	細胞器官・細胞要素: Calcium homeostasis modulator protein 5 タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator protein 5 リガンド: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

-
超分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 5

超分子	名称: Calcium homeostasis modulator protein 5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: membrane

-
分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 5

分子	名称: Calcium homeostasis modulator protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 32.921305 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MDAFQGILKF FLNQKTVIGY SFMALLTVGS ERLFSVVAFK CPCSTENMTY GLVFLFAPAW VLLILGFFLN NRSWRLFTGC CVNPRKIFP RGHSCRFFYV LGQITLSSLV APVMWLSVAL LNGTFYECAM SGTRSSGLLE LICKGKPKEC WEELHKVSCG K TSMLPTVN ...文字列: MDAFQGILKF FLNQKTVIGY SFMALLTVGS ERLFSVVAFK CPCSTENMTY GLVFLFAPAW VLLILGFFLN NRSWRLFTGC CVNPRKIFP RGHSCRFFYV LGQITLSSLV APVMWLSVAL LNGTFYECAM SGTRSSGLLE LICKGKPKEC WEELHKVSCG K TSMLPTVN EELKLSLQAQ SQILGWCLIC SASFFSLLTT CYARCRSKVS YLQLSFWKTY AQKEKEQLEN TFLDYANKLS ER NLKCFFE NKRPDPFPMP TFAAWEAASE LHSFHQSQQH YSTLHRVVDN G UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 5

-
分子 #2: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子	名称: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 55 / 式: PA8
分子量	理論値: 423.458 Da
Chemical component information	ChemComp-PA8: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	3 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1099624
初期角度割当	タイプ: COMMON LINE
最終角度割当	タイプ: COMMON LINE

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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-分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 5

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