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- EMDB-30526: the Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30526
タイトルthe Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
マップデータcryo EM map of the MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
試料
  • 複合体: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
    • タンパク質・ペプチド: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Anti-sigma factor antagonist
    • タンパク質・ペプチド: MCE family protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily ...: / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter periplasmic substrate-binding protein / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE / Anti-sigma factor antagonist
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Zhang YY / Fan QX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of Acinetobacter baumannii glycerophospholipid transporter.
著者: Yuanyuan Zhang / Qiongxuan Fan / Ximin Chi / Qiang Zhou / Yanyan Li /
履歴
登録2020年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d08
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo EM map of the MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.4 Å		1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.4 Å		1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.04591357 - 0.08983487
平均 (標準偏差)0.00033941786 (±0.004184879)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 217.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.400217.400217.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0460.0900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation

全体名称: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
要素
  • 複合体: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
    • タンパク質・ペプチド: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Anti-sigma factor antagonist
    • タンパク質・ペプチド: MCE family protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation

超分子名称: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)

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分子 #1: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE

分子名称: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 27.322443 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK ...文字列:
MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK LVGVDFLGVD EGSFWSGMQN NVQFGHDVVN GIIKSIVFAL LCTWIAVFQG YACDPTPEGI ATAMTRTVVY SS LCVLGFD FVLTAVMFGG I

UniProtKB: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE

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分子 #2: ABC transporter ATP-binding protein

分子名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 30.070455 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MMNNKTPLST QSLIEVKNLS FNRGERVIYD NISLNIRRGQ ITAIMGPSGT GKTTLLRLIG GQLVPDQGEV LLDGKDIAQM SRQELFAAR ARMGMLFQSG ALFTDMSVYE NVAFPIRAHT KLSENLIAEL VALKLESVGL RGTEQLMPTE LSGGMNRRVA L ARAIALDP ...文字列:
MMNNKTPLST QSLIEVKNLS FNRGERVIYD NISLNIRRGQ ITAIMGPSGT GKTTLLRLIG GQLVPDQGEV LLDGKDIAQM SRQELFAAR ARMGMLFQSG ALFTDMSVYE NVAFPIRAHT KLSENLIAEL VALKLESVGL RGTEQLMPTE LSGGMNRRVA L ARAIALDP DLIMYDEPFA GQDPIVKGVL TRLIRSLREA LDLTTIIVSH DVPETLSIAD YIYVVAEGKI QGEGTPEELQ AY ASPFVKQ FLTGSAEGPV EYQFSHQAYL DNEVRP

UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein

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分子 #3: Anti-sigma factor antagonist

分子名称: Anti-sigma factor antagonist / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 11.91376 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
VVQYLNQELV VSGKIDFENA EQQYQAGLAI IKKQTSFPLI VDLKQLEHGN TLALAVLVQW LRQTPQKSGL HFKNVPEKML KIIQACHLQ EDLHLVLEHH HHHH

UniProtKB: Anti-sigma factor antagonist

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分子 #4: MCE family protein

分子名称: MCE family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 23.672824 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN ...文字列:
MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN YLKRGDTISN TQGTMDLEDL ISKFITGGGA GKVAAGSSSA EEKAPASTDS SAQP

UniProtKB: ABC transporter periplasmic substrate-binding protein

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 48606
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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