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- EMDB-3052: Structure and mechanism of the Rubisco assembly chaperone Raf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3052
タイトルStructure and mechanism of the Rubisco assembly chaperone Raf1
マップデータNegative stain 3D reconstruction of crosslinked S. elongatus RbcL8 and Syn7942-Raf1
試料
  • 試料: Synechococcus elongatus RbcL/Raf1
  • タンパク質・ペプチド: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase
  • タンパク質・ペプチド: Rubisco accumulation factor 1
キーワードRubisco / Chaperone / Raf1 / assembly
機能・相同性Chaperonin-like RbcX
機能・相同性情報
生物種Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.4 Å
データ登録者Hauser A / Bhat JY / Milicic G / Wendler P / Hartl FU / Bracher A / Hayer-Hartl M
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the Rubisco-assembly chaperone Raf1.
著者: Thomas Hauser / Javaid Y Bhat / Goran Miličić / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl /
要旨: Biogenesis of the photosynthetic enzyme Rubisco, a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, requires assembly chaperones. Here we analyzed the role of Rubisco accumulation ...Biogenesis of the photosynthetic enzyme Rubisco, a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, requires assembly chaperones. Here we analyzed the role of Rubisco accumulation factor1 (Raf1), a dimer of ∼40-kDa subunits. We find that Raf1 from Synechococcus elongatus acts downstream of chaperonin-assisted RbcL folding by stabilizing RbcL antiparallel dimers for assembly into RbcL8 complexes with four Raf1 dimers bound. Raf1 displacement by RbcS results in holoenzyme formation. Crystal structures show that Raf1 from Arabidopsis thaliana consists of a β-sheet dimerization domain and a flexibly linked α-helical domain. Chemical cross-linking and EM reconstruction indicate that the β-domains bind along the equator of each RbcL2 unit, and the α-helical domains embrace the top and bottom edges of RbcL2. Raf1 fulfills a role similar to that of the assembly chaperone RbcX, thus suggesting that functionally redundant factors ensure efficient Rubisco biogenesis.
履歴
登録2015年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月15日-
マップ公開2015年8月5日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB3052.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain 3D reconstruction of crosslinked S. elongatus RbcL8 and Syn7942-Raf1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.035 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.05337655 - 0.07752982
平均 (標準偏差)-0.00118651 (±0.00975322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.162.162.16
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.720414.720414.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-21-120
NX/NY/NZ432573
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0530.078-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Synechococcus elongatus RbcL/Raf1

全体名称: Synechococcus elongatus RbcL/Raf1
要素
  • 試料: Synechococcus elongatus RbcL/Raf1
  • タンパク質・ペプチド: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase
  • タンパク質・ペプチド: Rubisco accumulation factor 1

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超分子 #1000: Synechococcus elongatus RbcL/Raf1

超分子名称: Synechococcus elongatus RbcL/Raf1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Four Raf1 dimers bind one RbcL octamer / Number unique components: 2
分子量実験値: 740 KDa / 理論値: 740 KDa / 手法: native Mass Spectrometry

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分子 #1: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase

分子名称: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RuBisCO
詳細: complex is cross linked with bifunctional crosslinker disuccinimidylsuberate (DSS)
コピー数: 8 / 集合状態: Octamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
Organelle: chloroplast
分子量実験値: 42 KDa / 理論値: 42 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列InterPro: Chaperonin-like RbcX

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分子 #2: Rubisco accumulation factor 1

分子名称: Rubisco accumulation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Raf1
詳細: complex is cross linked with bifunctional crosslinker disuccinimidylsuberate (DSS)
コピー数: 8 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
Organelle: Chloroplast
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pHUE

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM MOPS-KOH, 100mM KCl, 5mM Mg acetate, 5mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Grids were stained with 2% uranyl acetate for 30s
グリッド詳細: Plasma cleaned carbon coated grids (Quantifoil)
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
詳細low dose
日付2015年4月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 49 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: negative stain / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細particles were selected manually
CTF補正詳細: Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC, RELION, 1.3 / 使用した粒子像数: 5183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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