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万見- EMDB-30500: Binding interface of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30500 | |||||||||
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タイトル | Binding interface of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / Spike trimer / Neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Zhu L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Natl Sci Rev / 年: 2021 タイトル: Double lock of a potent human therapeutic monoclonal antibody against SARS-CoV-2. 著者: Ling Zhu / Yong-Qiang Deng / Rong-Rong Zhang / Zhen Cui / Chun-Yun Sun / Chang-Fa Fan / Xiaorui Xing / Weijin Huang / Qi Chen / Na-Na Zhang / Qing Ye / Tian-Shu Cao / Nan Wang / Lei Wang / ...著者: Ling Zhu / Yong-Qiang Deng / Rong-Rong Zhang / Zhen Cui / Chun-Yun Sun / Chang-Fa Fan / Xiaorui Xing / Weijin Huang / Qi Chen / Na-Na Zhang / Qing Ye / Tian-Shu Cao / Nan Wang / Lei Wang / Lei Cao / Huiyu Wang / Desheng Kong / Juan Ma / Chunxia Luo / Yanjing Zhang / Jianhui Nie / Yao Sun / Zhe Lv / Neil Shaw / Qianqian Li / Xiao-Feng Li / Junjie Hu / Liangzhi Xie / Zihe Rao / Youchun Wang / Xiangxi Wang / Cheng-Feng Qin / 要旨: Receptor recognition and subsequent membrane fusion are essential for the establishment of successful infection by SARS-CoV-2. Halting these steps can cure COVID-19. Here we have identified and ...Receptor recognition and subsequent membrane fusion are essential for the establishment of successful infection by SARS-CoV-2. Halting these steps can cure COVID-19. Here we have identified and characterized a potent human monoclonal antibody, HB27, that blocks SARS-CoV-2 attachment to its cellular receptor at sub-nM concentrations. Remarkably, HB27 can also prevent SARS-CoV-2 membrane fusion. Consequently, a single dose of HB27 conferred effective protection against SARS-CoV-2 in two established mouse models. Rhesus macaques showed no obvious adverse events when administrated with 10 times the effective dose of HB27. Cryo-EM studies on complex of SARS-CoV-2 trimeric S with HB27 Fab reveal that three Fab fragments work synergistically to occlude SARS-CoV-2 from binding to the ACE2 receptor. Binding of the antibody also restrains any further conformational changes of the receptor binding domain, possibly interfering with progression from the prefusion to the postfusion stage. These results suggest that HB27 is a promising candidate for immuno-therapies against COVID-19. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30500.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30500-v30.xml emd-30500.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30500.png | 112.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30500.cif.gz | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30500 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30500 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30500_validation.pdf.gz | 485.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30500_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30500_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30500_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30500 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30500 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27
全体 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27
超分子 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 RBD and its neutralizing antibody HB27 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 RBD
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 RBD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: HB27 antibody
超分子 | 名称: HB27 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.772391 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN ...文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGP UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: Light chain of HB27
分子 | 名称: Light chain of HB27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.921329 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: IVLTQSPTLS LSPGERATLS CRASESVDNY GISFMNWFQQ KPGQAPRLLI YAASNQGSGI PSRFSGSGSG TDFSLTISSL EPEDFAVYF CQQSKEVPRI FGQGTKVEIL K |
-分子 #3: Heavy chain of HB27
分子 | 名称: Heavy chain of HB27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.917422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VKLVESGGGL VKPGGSLRLS CAASGFTFTN YGMSWVRQAP GKRLEWVAEI SSGGSYTYYP DTVTGRFTIS RDNAKNTLYL QMNSLRAED TAVYYCARFR YGGGGTVDYW GQGTLVTVSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393321 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |