[日本語] English
万見
- EMDB-30418: Cryo-EM structure of PCoV_GX spike glycoprotein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30418
タイトルCryo-EM structure of PCoV_GX spike glycoprotein
マップデータ
試料
  • 複合体: PCoV_GX glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Pangolin coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang X / Yu J / Zhang S / Qiao S / Zeng J / Tian L
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Bat and pangolin coronavirus spike glycoprotein structures provide insights into SARS-CoV-2 evolution.
著者: Shuyuan Zhang / Shuyuan Qiao / Jinfang Yu / Jianwei Zeng / Sisi Shan / Long Tian / Jun Lan / Linqi Zhang / Xinquan Wang /
要旨: In recognizing the host cellular receptor and mediating fusion of virus and cell membranes, the spike (S) glycoprotein of coronaviruses is the most critical viral protein for cross-species ...In recognizing the host cellular receptor and mediating fusion of virus and cell membranes, the spike (S) glycoprotein of coronaviruses is the most critical viral protein for cross-species transmission and infection. Here we determined the cryo-EM structures of the spikes from bat (RaTG13) and pangolin (PCoV_GX) coronaviruses, which are closely related to SARS-CoV-2. All three receptor-binding domains (RBDs) of these two spike trimers are in the "down" conformation, indicating they are more prone to adopt the receptor-binding inactive state. However, we found that the PCoV_GX, but not the RaTG13, spike is comparable to the SARS-CoV-2 spike in binding the human ACE2 receptor and supporting pseudovirus cell entry. We further identified critical residues in the RBD underlying different activities of the RaTG13 and PCoV_GX/SARS-CoV-2 spikes. These results collectively indicate that tight RBD-ACE2 binding and efficient RBD conformational sampling are required for the evolution of SARS-CoV-2 to gain highly efficient infection.
履歴
登録2020年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2021年3月24日-
現状2021年3月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cn8
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30418.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 296 pix.
= 320.42 Å		1.08 Å/pix.
x 296 pix.
= 320.42 Å		1.08 Å/pix.
x 296 pix.
= 320.42 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0077 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.052762438 - 0.11783081
平均 (標準偏差)0.00026490836 (±0.0029988498)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 320.41998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.08251.08251.0825
M x/y/z296296296
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.420320.420320.420
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS296296296
D min/max/mean-0.0530.1180.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : PCoV_GX glycoprotein

全体名称: PCoV_GX glycoprotein
要素
  • 複合体: PCoV_GX glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID

-
超分子 #1: PCoV_GX glycoprotein

超分子名称: PCoV_GX glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pangolin coronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pangolin coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 143.501922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLFVLPL VSSQCVNLTT RTGIPPGYTN SSTRGVYYPD KVFRSSILHL TQDLFLPFFS NVTWFNTINY QGGFKKFDNP VLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD ARTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCTDPFL GVYYHNNNKT WVENEFRVYS S ANNCTFEY ...文字列:
MFVFLFVLPL VSSQCVNLTT RTGIPPGYTN SSTRGVYYPD KVFRSSILHL TQDLFLPFFS NVTWFNTINY QGGFKKFDNP VLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD ARTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCTDPFL GVYYHNNNKT WVENEFRVYS S ANNCTFEY ISQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNVDGY FKIYSKHTPI DLVRDLPRGF AALEPLVDLP IGINITRFQT LL ALHRSYL TPGNLESGWT TGAAAYYVGY LQQRTFLLSY NQNGTITDAV DCSLDPLSET KCTLKSLTVE KGIYQTSNFR VQP TISIVR FPNITNLCPF GEVFNASKFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSTSFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVV KGDEV RQIAPGQTGV IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SVKQDALTGG NYGYLYRLFR KSKLKPFERD ISTEIYQAGS TPCNG QVGL NCYYPLERYG FHPTTGVNYQ PFRVVVLSFE LLNGPATVCG PKLSTTLVKD KCVNFNFNGL TGTGVLTTSK KQFLPF QQF GRDISDTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQDV NCTEVPMAIH AEQLTPAWRV YSAGANV FQ TRAGCLVGAE HVNNSYECDI PVGAGICASY HSMSSLRSVN QRSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEI L PVSMTKTSVD CTMYICGDSI ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQIL PDPSKPSKRS FIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTASAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ L SSNFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KG YHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH EGKAHFPREG VFVSNGTHWF ITQRNFYEPQ IITTDNTFVS GSC DVVIGI VNNTVYDPLQ PELDSFKEEL DKYFKNHTSP DVDLGDISGI NASVVNIQKE IDRLNEVAKN LNESPIDLQE LGKY EQYIK GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSH PQFE KGSDYKDDDD K

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #4: LINOLEIC ACID

分子名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: EIC
分子量理論値: 280.445 Da
Chemical component information

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263901
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る