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万見
- EMDB-3027: Electron cryo-microscopy of porcine Factor VIII bound to lipid na... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3027
タイトルElectron cryo-microscopy of porcine Factor VIII bound to lipid nanotubes and helical reconstruction
マップデータHelical reconstruction of porcine Factor VIII bound to LNT as described in the submitted references.
試料
  • 試料: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
  • タンパク質・ペプチド: Blood coagulation Factor VIII
  • リガンド: lipid nanotubes
キーワードBlood coagulation factor VIII / Lipid nanotubes / Cryo-electron microscopy / Membrane-bound organization / Helical reconstruction
生物種Sus scrofa (ブタ) / unidentified (未定義)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.5 Å
データ登録者Dalm D / Galaz-Montoya JG / Miller JL / Grushin K / Villalobos A / Koyfman AY / Schmid MF / Stoilova-McPhie S
引用ジャーナル: J Vis Exp / 年: 2014
タイトル: Helical organization of blood coagulation factor VIII on lipid nanotubes.
著者: Jaimy Miller / Daniela Dalm / Alexey Y Koyfman / Kirill Grushin / Svetla Stoilova-McPhie /
要旨: Cryo-electron microscopy (Cryo-EM)(1) is a powerful approach to investigate the functional structure of proteins and complexes in a hydrated state and membrane environment(2). Coagulation Factor VIII ...Cryo-electron microscopy (Cryo-EM)(1) is a powerful approach to investigate the functional structure of proteins and complexes in a hydrated state and membrane environment(2). Coagulation Factor VIII (FVIII)(3) is a multi-domain blood plasma glycoprotein. Defect or deficiency of FVIII is the cause for Hemophilia type A - a severe bleeding disorder. Upon proteolytic activation, FVIII binds to the serine protease Factor IXa on the negatively charged platelet membrane, which is critical for normal blood clotting(4). Despite the pivotal role FVIII plays in coagulation, structural information for its membrane-bound state is incomplete(5). Recombinant FVIII concentrate is the most effective drug against Hemophilia type A and commercially available FVIII can be expressed as human or porcine, both forming functional complexes with human Factor IXa(6,7). In this study we present a combination of Cryo-electron microscopy (Cryo-EM), lipid nanotechnology and structure analysis applied to resolve the membrane-bound structure of two highly homologous FVIII forms: human and porcine. The methodology developed in our laboratory to helically organize the two functional recombinant FVIII forms on negatively charged lipid nanotubes (LNT) is described. The representative results demonstrate that our approach is sufficiently sensitive to define the differences in the helical organization between the two highly homologous in sequence (86% sequence identity) proteins. Detailed protocols for the helical organization, Cryo-EM and electron tomography (ET) data acquisition are given. The two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) structure analysis applied to obtain the 3D reconstructions of human and porcine FVIII-LNT is discussed. The presented human and porcine FVIII-LNT structures show the potential of the proposed methodology to calculate the functional, membrane-bound organization of blood coagulation Factor VIII at high resolution.
履歴
登録2015年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2015年8月12日-
更新2015年8月12日-
現状2015年8月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3027.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of porcine Factor VIII bound to LNT as described in the submitted references.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0036 / ムービー #1: 0.0036
最小 - 最大0.0 - 0.01970059
平均 (標準偏差)0.00154661 (±0.00334466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin151551
サイズ250250178
Spacing250250178
セルA: 725.0 Å / B: 725.0 Å / C: 516.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.92.92.9
M x/y/z250250178
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z725.000725.000516.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS151551
NC/NR/NS250250178
D min/max/mean0.0000.0200.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound t...

全体名称: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
要素
  • 試料: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
  • タンパク質・ペプチド: Blood coagulation Factor VIII
  • リガンド: lipid nanotubes

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超分子 #1000: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound t...

超分子名称: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dimer / Number unique components: 2
分子量実験値: 170 KDa / 理論値: 170 KDa / 手法: SDS gel and amino acid sequence

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分子 #1: Blood coagulation Factor VIII

分子名称: Blood coagulation Factor VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hemophilia A factor
詳細: Recombinant porcine Factor VIII lacking the B domain was bound to lipid nanotubes and helically organized for structure analysis by cryo-EM.
コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: PIG / 細胞: blood
分子量実験値: 170 KDa / 理論値: 170 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: BHK cells

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分子 #2: lipid nanotubes

分子名称: lipid nanotubes / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCL, 5 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: samples are adsorbed on quantifoil grids and flash frozen in liquid ethane
グリッド詳細: carbon coated quantifoil grids Q2x2 were glow discharged for 100 second
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 85 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot for 3.5 seconds, force 1 before plunging
詳細The protein and lipid are mixed in 1:1 ration and incubated for 15 minutes

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
温度平均: 99 K
日付2013年9月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 300 / 平均電子線量: 16 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.004 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Described in supplemental materials and references
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 36 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 35.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C5 (5回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: OTHER
CTF補正詳細: each particle set

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cdz


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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