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万見
- EMDB-3026: Electron cryo-microscopy of porcine Factor VIII bound to lipid na... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3026
タイトルElectron cryo-microscopy of porcine Factor VIII bound to lipid nanotubes and single particle tomography reconstruction
マップデータSPT reconstruction from tomograms of negatively stained porcine FVIII bound to LNT in a helical organization. The volume is low pass filter to 20 Angstroms in EMAN2
試料
  • 試料: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
  • タンパク質・ペプチド: Blood coagulation Factor VIII
  • リガンド: LIPID NANOTUBE
キーワードBlood coagulation factor VIII / Lipid nanotubes / Cryo-electron microscopy / Membrane-bound organization / Single particle tomography reconstruction
生物種Sus scrofa (ブタ) / unidentified (未定義)
手法サブトモグラム平均法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Dalm D / Galaz-Montoya JG / Miller JL / Grushin K / Villalobos A / Koyfman AY / Schmid MF / Stoilova-McPhie S
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015
タイトル: Single particle tomography in EMAN2.
著者: Jesús G Galaz-Montoya / John Flanagan / Michael F Schmid / Steven J Ludtke /
要旨: Single particle tomography (SPT or subtomogram averaging) offers a powerful alternative to traditional 2-D single particle reconstruction for studying conformationally or compositionally ...Single particle tomography (SPT or subtomogram averaging) offers a powerful alternative to traditional 2-D single particle reconstruction for studying conformationally or compositionally heterogeneous macromolecules. It can also provide direct observation (without labeling or staining) of complexes inside cells at nanometer resolution. The development of computational methods and tools for SPT remains an area of active research. Here we present the EMAN2.1 SPT toolbox, which offers a full SPT processing pipeline, from particle picking to post-alignment analysis of subtomogram averages, automating most steps. Different algorithm combinations can be applied at each step, providing versatility and allowing for procedural cross-testing and specimen-specific strategies. Alignment methods include all-vs-all, binary tree, iterative single-model refinement, multiple-model refinement, and self-symmetry alignment. An efficient angular search, Graphic Processing Unit (GPU) acceleration and both threaded and distributed parallelism are provided to speed up processing. Finally, automated simulations, per particle reconstruction of subtiltseries, and per-particle Contrast Transfer Function (CTF) correction have been implemented. Processing examples using both real and simulated data are shown for several structures.
履歴
登録2015年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2015年8月12日-
更新2016年3月9日-
現状2016年3月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 100
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 100
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SPT reconstruction from tomograms of negatively stained porcine FVIII bound to LNT in a helical organization. The volume is low pass filter to 20 Angstroms in EMAN2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 30.0 / ムービー #1: 100
最小 - 最大0.0 - 699.017517089999956
平均 (標準偏差)30.404388430000001 (±84.800666809999996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 278.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.92.92.9
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.400278.400278.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean0.000699.01830.404

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound t...

全体名称: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
要素
  • 試料: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
  • タンパク質・ペプチド: Blood coagulation Factor VIII
  • リガンド: LIPID NANOTUBE

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超分子 #1000: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound t...

超分子名称: Helically organized porcine blood coagulation Factor VIII bound to a lipid nanotube
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The protein was monodisperse in solution and bound to the lipid nanotube in 1:1 w/w ratio to achieve helical organization
集合状態: dimer / Number unique components: 2
分子量実験値: 170 KDa / 理論値: 170 KDa / 手法: SDS gel and amino acid sequence

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分子 #1: Blood coagulation Factor VIII

分子名称: Blood coagulation Factor VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hemophilia A factor
詳細: Recombinant porcine Factor VIII lacking the B domain was bound to lipid nanotubes and helically organized for structure analysis by cryo-EM.
コピー数: 4 / 集合状態: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: PIG / 細胞: blood
分子量実験値: 170 KDa / 理論値: 170 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: BHK

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分子 #2: LIPID NANOTUBE

分子名称: LIPID NANOTUBE / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCL, 5 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The pFVIII-LNT ehlcial tubes were absorbed on amorphous carbon and stained with 1% Uranyl acetate
グリッド詳細: Evaporated carbon on mice was floated on 300 mesh copper grids, dried, glow discharged for 10 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER
詳細The protein and lipid are mixed in 1:1 ration and incubated for 15 minutes

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
日付2014年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.001 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: 2 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細described in details in the submitted references
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 36 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 35.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C5 (5回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 756

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cdz


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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