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万見
- EMDB-30242: Cardiac Z-disc in EGTA+ATP state, F-actin part (see the additiona... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30242
タイトルCardiac Z-disc in EGTA+ATP state, F-actin part (see the additional maps for the composite map and other components)
マップデータCentral F-actin in EGTA ATP state
試料
  • 複合体: Central F-actin in EGTA+ATP state
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Oda T / Yanagisawa H
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron tomography of cardiac myofibrils reveals a 3D lattice spring within the Z-discs.
著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa /
要旨: The Z-disc forms a boundary between sarcomeres, which constitute structural and functional units of striated muscle tissue. Actin filaments from adjacent sarcomeres are cross-bridged by α-actinin in ...The Z-disc forms a boundary between sarcomeres, which constitute structural and functional units of striated muscle tissue. Actin filaments from adjacent sarcomeres are cross-bridged by α-actinin in the Z-disc, allowing transmission of tension across the myofibril. Despite decades of studies, the 3D structure of Z-disc has remained elusive due to the limited resolution of conventional electron microscopy. Here, we observed porcine cardiac myofibrils using cryo-electron tomography and reconstructed the 3D structures of the actin-actinin cross-bridging complexes within the Z-discs in relaxed and activated states. We found that the α-actinin dimers showed contraction-dependent swinging and sliding motions in response to a global twist in the F-actin lattice. Our observation suggests that the actin-actinin complex constitutes a molecular lattice spring, which maintains the integrity of the Z-disc during the muscle contraction cycle.
履歴
登録2020年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30242.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Central F-actin in EGTA ATP state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.046 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.028291572 - 0.10742737
平均 (標準偏差)0.000558976 (±0.0035362253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1068.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.345.345.34
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1068.0001068.0001068.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0280.1070.001

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添付データ

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追加マップ: Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_1.map
注釈Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_10.map
注釈Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_11.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_12.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_13.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_20.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Composite map of actin-actinin cross-bridging complex in EGTA...

ファイルemd_30242_additional_21.map
注釈Composite map of actin-actinin cross-bridging complex in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_3.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_4.map
注釈Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_5.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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追加マップ: Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state

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注釈Opposite-polarity F-actin in EGTA ATP state
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

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注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Alpha-actinin in EGTA ATP state

ファイルemd_30242_additional_9.map
注釈Alpha-actinin in EGTA ATP state
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Central F-actin in EGTA+ATP state

全体名称: Central F-actin in EGTA+ATP state
要素
  • 複合体: Central F-actin in EGTA+ATP state

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超分子 #1: Central F-actin in EGTA+ATP state

超分子名称: Central F-actin in EGTA+ATP state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Body of the central F-actin in EGAT+ATP state (see additional maps for the actinin bodies and the composite map)
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Heart / Organelle: Z-disc

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 %
詳細Cardiac myofibrils

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.9) / 使用したサブトモグラム数: 8854
抽出トモグラム数: 43 / 使用した粒子像数: 12925 / ソフトウェア - 名称: PEET
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.9)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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