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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3023
タイトルStructure of the type IV pilus machinery from Thermus thermophilus in the open state
マップデータSubtomogram average (from NAD filtered tomograms) of the Thermus thermophilus type IV pilus machinery in the open state.
試料
  • 試料: Type IV pilus machinery in the open state (filtered)
  • タンパク質・ペプチド: Type IV pilus machinery
キーワードElectron cryo-tomography / subtomogram averaging / type IV pilus / DNA transporter / bacterial secretion / T. thermophilus
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 45.0 Å
データ登録者Gold VAM / Salzer R / Averhoff B / Kuehlbrandt W
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure of a type IV pilus machinery in the open and closed state.
著者: Vicki A M Gold / Ralf Salzer / Beate Averhoff / Werner Kühlbrandt /
要旨: Proteins of the secretin family form large macromolecular complexes, which assemble in the outer membrane of Gram-negative bacteria. Secretins are major components of type II and III secretion ...Proteins of the secretin family form large macromolecular complexes, which assemble in the outer membrane of Gram-negative bacteria. Secretins are major components of type II and III secretion systems and are linked to extrusion of type IV pili (T4P) and to DNA uptake. By electron cryo-tomography of whole Thermus thermophilus cells, we determined the in situ structure of a T4P molecular machine in the open and the closed state. Comparison reveals a major conformational change whereby the N-terminal domains of the central secretin PilQ shift by ~30 Å, and two periplasmic gates open to make way for pilus extrusion. Furthermore, we determine the structure of the assembled pilus.
履歴
登録2015年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月10日-
マップ公開2015年6月10日-
更新2015年6月10日-
現状2015年6月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 150.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 150.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3023.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average (from NAD filtered tomograms) of the Thermus thermophilus type IV pilus machinery in the open state.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.417 Å
密度
表面レベル登録者による: 150.900000000000006 / ムービー #1: 150.9
最小 - 最大145.999984740000002 - 157.0
平均 (標準偏差)149.636398320000012 (±0.90361208)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-46-47-9
サイズ6060110
Spacing6060110
セルA: 505.02 Å / B: 505.02 Å / C: 925.87 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.4178.4178.417
M x/y/z6060110
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z505.020505.020925.870
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-47-46-9
NC/NR/NS6060110
D min/max/mean146.000157.000149.636

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type IV pilus machinery in the open state (filtered)

全体名称: Type IV pilus machinery in the open state (filtered)
要素
  • 試料: Type IV pilus machinery in the open state (filtered)
  • タンパク質・ペプチド: Type IV pilus machinery

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超分子 #1000: Type IV pilus machinery in the open state (filtered)

超分子名称: Type IV pilus machinery in the open state (filtered)
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: The type IV pilus machinery is a hetero-oligomer, formed of at least 10 different proteins
Number unique components: 1

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分子 #1: Type IV pilus machinery

分子名称: Type IV pilus machinery / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 100 mM EDTA
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with quantifoil support film (R2/2), glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 20 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: Cell solutions were mixed 1:1 (v/v) with 10 nm ProteinA-gold particles. 3 microlitres of sample were applied to grids and blotted on one side for ~5s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected on the K2 camera at magnification used for imaging
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年9月26日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 140 e/Å2
詳細: Each image in every tilt series is a drift corrected sum of 3-5 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 11640 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細C12 symmetry was applied to the masked central PilQ core by rotation of each subvolume by 30 degrees (360 degrees/12) prior to alignment search.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, (ETOMO, &, PEET), Spider
詳細: Resolution estimate was calculated using a mask to exclude the membrane and peptidoglycan
使用したサブトモグラム数: 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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