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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30159 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Epstein-Barr virus, C5 penton vertex, CATC absent. | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Li Z / Yu X | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of the tegumented capsid of Epstein-Barr virus. 著者: Zhihai Li / Xiao Zhang / Lili Dong / Jingjing Pang / Miao Xu / Qian Zhong / Mu-Sheng Zeng / Xuekui Yu / ![]() 要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is the primary cause of infectious mononucleosis and has been shown to be closely associated with various malignancies. Here, we present a complete atomic model of EBV, ...Epstein-Barr virus (EBV) is the primary cause of infectious mononucleosis and has been shown to be closely associated with various malignancies. Here, we present a complete atomic model of EBV, including the icosahedral capsid, the dodecameric portal and the capsid-associated tegument complex (CATC). Our in situ portal from the tegumented capsid adopts a closed conformation with its channel valve holding the terminal viral DNA and with its crown region firmly engaged by three layers of ring-like dsDNA, which, together with the penton flexibility, effectively alleviates the capsid inner pressure placed on the portal cap. In contrast, the CATCs, through binding to the flexible penton vertices in a stoichiometric manner, accurately increase the inner capsid pressure to facilitate the pressure-driven genome delivery. Together, our results provide important insights into the mechanism by which the EBV capsid, portal, packaged genome and the CATCs coordinately achieve a pressure balance to simultaneously benefit both viral genome retention and ejection. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 92.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 166.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 599.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 599.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human gammaherpesvirus 4
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human gammaherpesvirus 4
超分子 | 名称: Human gammaherpesvirus 4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10376 / 生物種: Human gammaherpesvirus 4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.1691 KDa |
配列 | 文字列: MARRLPKPTL QGRLEADFPD SPLLPKFQEL NQNNLPNDVF REAQRSYLVF LTSQFCYEEY VQRTFGVPRR QRAIDKRQRA SVAGAGAHA HLGGSSATPV QQAQAAASAG TGALASSAPS TAVAQSATPS VSSSISSLRA ATSGATAAAS AAAAVDTGSG G GGQPHDTA PRGARKKQ |
-分子 #2: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 154.086828 KDa |
配列 | 文字列: MASNEGVENR PFPYLTVDAD LLSNLRQSAA EGLFHSFDLL VGKDAREAGI KFEVLLGVYT NAIQYVRFLE TALAVSCVNT EFKDLSRMT DGKIQFRISV PTIAHGDGRR PSKQRTFIVV KNCHKHHIST EMELSMLDLE ILHSIPETPV EYAEYVGAVK T VASALQFG ...文字列: MASNEGVENR PFPYLTVDAD LLSNLRQSAA EGLFHSFDLL VGKDAREAGI KFEVLLGVYT NAIQYVRFLE TALAVSCVNT EFKDLSRMT DGKIQFRISV PTIAHGDGRR PSKQRTFIVV KNCHKHHIST EMELSMLDLE ILHSIPETPV EYAEYVGAVK T VASALQFG VDALERGLIN TVLSVKLRHA PPMFILQTLA DPTFTERGFS KTVKSDLIAM FKRHLLEHSF FLDRAENMGS GF SQYVRSR LSEMVAAVSG ESVLKGVSTY TTAKGGEPVG GVFIVTDNVL RQLLTFLGEE ADNQIMGPSS YASFVVRGEN LVT AVSYGR VMRTFEHFMA RIVDSPEKAG STKSDLPAVA AGVEDQPRVP ISAAVIKLGN HAVAVESLQK MYNDTQSPYP LNRR MQYSY YFPVGLFMPN PKYTTSAAIK MLDNPTQQLP VEAWIVNKNN LLLAFNLQNA LKVLCHPRLH TPAHTLNSLN AAPAP RDRR ETYSLQHRRP NHMNVLVIVD EFYDNKYAAP VTDIALKCGL PTEDFLHPSN YDLLRLELHP LYDIYIGRDA GERARH RAV HRLMVGNLPT PLAPAAFQEA RGQQFETATS LAHVVDQAVI ETVQDTAYDT AYPAFFYVVE AMIHGFEEKF VMNVPLV SL CINTYWERSG RLAFVNSFSM IKFICRHLGN NAISKEAYSM YRKIYGELIA LEQALMRLAG SDVVGDESVG QYVCALLD P NLLPPVAYTD IFTHLLTVSD RAPQIIIGNE VYADTLAAPQ FIERVGNMDE MAAQFVALYG YRVNGDHDHD FRLHLGPYV DEGHADVLEK IFYYVFLPTC TNAHMCGLGV DFQHVAQTLA YNGPAFSHHF TRDEDILDNL ENGTLRDLLE ISDLRPTVGM IRDLSASFM TCPTFTRAVR VSVDNDVTQQ LAPNPADKRT EQTVLVNGLV AFAFSERTRA VTQCLFHAIP FHMFYGDPRV A ATMHQDVA TFVMRNPQQR AVEAFNRPEQ LFAEYREWHR SPMGKYAAEC LPSLVSISGM TAMHIKMSPM AYIAQAKLKI HP GVAMTVV RTDEILSENI LFSSRASTSM FIGTPNVSRR EARVDAVTFE VHHEMASIDT GLSYSSTMTP ARVAAITTDM GIH TQDFFS VFPAEAFGNQ QVNDYIKAKV GAQRNGTLLR DPRTYLAGMT NVNGAPGLCH GQQATCEIIV TPVTADVAYF QKSN SPRGR AACVVSCENY NQEVAEGLIY DHSRPDAAYE YRSTVNPWAS QLGSLGDIMY NSSYRQTAVP GLYSPCRAFF NKEEL LRNN RGLYNMVNEY SQRLGGHPAT SNTEVQFVVI AGTDVFLEQP CSFLQEAFPA LSASSRALID EFMSVKQTHA PIHYGH YII EEVAPVRRIL KFGNKVVF |
-分子 #3: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.231539 KDa |
配列 | 文字列: MKVQGSVDRR RLQRRIAGLL PPPARRLNIS RGSEFTRDVR GLVEEHAQAS SLSAAAVWRA GLLAPGEVAV AGGGSGGGSF SWSGWRPPV FGDFLIHASS FNNAEATGTP LFQFKQSDPF SGVDAVFTPL SLFILMNHGR GVAARVEAGG GLTRMANLLY D SPATLADL ...文字列: MKVQGSVDRR RLQRRIAGLL PPPARRLNIS RGSEFTRDVR GLVEEHAQAS SLSAAAVWRA GLLAPGEVAV AGGGSGGGSF SWSGWRPPV FGDFLIHASS FNNAEATGTP LFQFKQSDPF SGVDAVFTPL SLFILMNHGR GVAARVEAGG GLTRMANLLY D SPATLADL VPDFGRLVAD RRFHNFITPV GPLVENIKST YLNKITTVVH GPVVSKAIPR STVKVTVPQE AFVDLDAWLS GG AGGGGGV CFVGGLGLQP CPADARLYVA LTYEEAGPRF TFFQSSRGHC QIMNILRIYY SPSIMHRYAV VQPLHIEELT FGA VACLGT FSATDGWRRS AFNYRGSSLP VVEIDSFYSN VSDWEVIL |
-分子 #4: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 33.654039 KDa |
配列 | 文字列: MDLKVVVSLS SRLYTDEIAK MQQRIGCILP LASTHGTQNV QGLGLGQVYS LETVPDYVSM YNYLSDCTLA VLDEVSVDSL ILTKIVPGQ TYAIKNKYQP FFQWHGTGSL SVMPPVFGRE HATVKLESND VDIVFPMVLP TPIAEEVLQK ILLFNVYSRV V MQAPGNAD ...文字列: MDLKVVVSLS SRLYTDEIAK MQQRIGCILP LASTHGTQNV QGLGLGQVYS LETVPDYVSM YNYLSDCTLA VLDEVSVDSL ILTKIVPGQ TYAIKNKYQP FFQWHGTGSL SVMPPVFGRE HATVKLESND VDIVFPMVLP TPIAEEVLQK ILLFNVYSRV V MQAPGNAD MLDVHMHLGS VSYLGHHYEL ALPEVPGPLG LALLDNLSLY FCIMVTLLPR ASMRLVRGLI RHEHHDLLNL FQ EMVPDEI ARIDLDDLSV ADDLSRMRVM MTYLQSLASL FNLGPRLATA AYSQETLTAT CWLR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |