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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30092 | |||||||||
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タイトル | The coordinate of the nuclease domain of the apo terminase complex | |||||||||
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![]() | HSV-1 / nuclease domain / apo terminase complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chromosome organization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Yang YX / Yang P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the herpesvirus genome-packaging complex and implications for DNA translocation. 著者: Yunxiang Yang / Pan Yang / Nan Wang / Zhonghao Chen / Dan Su / Z Hong Zhou / Zihe Rao / Xiangxi Wang / ![]() ![]() 要旨: Genome packaging is a fundamental process in a viral life cycle and a prime target of antiviral drugs. Herpesviruses use an ATP-driven packaging motor/terminase complex to translocate and cleave ...Genome packaging is a fundamental process in a viral life cycle and a prime target of antiviral drugs. Herpesviruses use an ATP-driven packaging motor/terminase complex to translocate and cleave concatemeric dsDNA into procapsids but its molecular architecture and mechanism are unknown. We report atomic structures of a herpesvirus hexameric terminase complex in both the apo and ADP•BeF3-bound states. Each subunit of the hexameric ring comprises three components-the ATPase/terminase pUL15 and two regulator/fixer proteins, pUL28 and pUL33-unlike bacteriophage terminases. Distal to the nuclease domains, six ATPase domains form a central channel with conserved basic-patches conducive to DNA binding and trans-acting arginine fingers are essential to ATP hydrolysis and sequential DNA translocation. Rearrangement of the nuclease domains mediated by regulatory domains converts DNA translocation mode to cleavage mode. Our structures favor a sequential revolution model for DNA translocation and suggest mechanisms for concerted domain rearrangements leading to DNA cleavage. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 55.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : HSV-1 nuclease domain of terminase complex
全体 | 名称: HSV-1 nuclease domain of terminase complex |
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要素 |
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-超分子 #1: HSV-1 nuclease domain of terminase complex
超分子 | 名称: HSV-1 nuclease domain of terminase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Tripartite terminase subunit 3
分子 | 名称: Tripartite terminase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 17 |
分子量 | 理論値: 30.918906 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTGDDRPVLT KSAGERFLLY RPSTTTNSGL MAPDLYVYVD PAFTANTRAS GTGVAVVGRY RDDYIIFAL EHFFLRALTG SAPADIARCV VHSLTQVLAL HPGAFRGVRV AVEGNSSQDS AVAIATHVHT EMHRLLASEG A DAGSGPEL ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTGDDRPVLT KSAGERFLLY RPSTTTNSGL MAPDLYVYVD PAFTANTRAS GTGVAVVGRY RDDYIIFAL EHFFLRALTG SAPADIARCV VHSLTQVLAL HPGAFRGVRV AVEGNSSQDS AVAIATHVHT EMHRLLASEG A DAGSGPEL LFYHCEPPGS AVLYPFFLLN KQKTPAFEHF IKKFNSGGVM ASQEIVSATV RLQTDPVEYL LEQLNNLTET VS PNTDVRT YSGKRNGASD DLMVAVIMAI YLAAQAGPPH TFAPITRVS UniProtKB: Tripartite terminase subunit 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42053 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |