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- EMDB-30029: Structure of the human homo-hexameric LRRC8D channel at 4.36 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30029
タイトルStructure of the human homo-hexameric LRRC8D channel at 4.36 Angstroms
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
キーワードIon channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / endoplasmic reticulum membrane ...Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å
データ登録者Nakamura R / Kasuya G
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H06294 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K23833 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the volume-regulated anion channel LRRC8D isoform identifies features important for substrate permeation.
著者: Ryoki Nakamura / Tomohiro Numata / Go Kasuya / Takeshi Yokoyama / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Takafumi Kato / Tatsuya Hagino / Naoshi Dohmae / Masato Inoue / Kengo Watanabe / ...著者: Ryoki Nakamura / Tomohiro Numata / Go Kasuya / Takeshi Yokoyama / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Takafumi Kato / Tatsuya Hagino / Naoshi Dohmae / Masato Inoue / Kengo Watanabe / Hidenori Ichijo / Masahide Kikkawa / Mikako Shirouzu / Thomas J Jentsch / Ryuichiro Ishitani / Yasunobu Okada / Osamu Nureki /
要旨: Members of the leucine-rich repeat-containing 8 (LRRC8) protein family, composed of the five LRRC8A-E isoforms, are pore-forming components of the volume-regulated anion channel (VRAC). LRRC8A and at ...Members of the leucine-rich repeat-containing 8 (LRRC8) protein family, composed of the five LRRC8A-E isoforms, are pore-forming components of the volume-regulated anion channel (VRAC). LRRC8A and at least one of the other LRRC8 isoforms assemble into heteromers to generate VRAC transport activities. Despite the availability of the LRRC8A structures, the structural basis of how LRRC8 isoforms other than LRRC8A contribute to the functional diversity of VRAC has remained elusive. Here, we present the structure of the human LRRC8D isoform, which enables the permeation of organic substrates through VRAC. The LRRC8D homo-hexamer structure displays a two-fold symmetric arrangement, and together with a structure-based electrophysiological analysis, revealed two key features. The pore constriction on the extracellular side is wider than that in the LRRC8A structures, which may explain the increased permeability of organic substrates. Furthermore, an N-terminal helix protrudes into the pore from the intracellular side and may be critical for gating.
履歴
登録2020年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月17日-
マップ公開2020年6月17日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m04
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30029.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 357.6 Å		1.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 357.6 Å		1.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 357.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0301 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.09150517 - 0.21076207
平均 (標準偏差)0.00063587894 (±0.0061800685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 357.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.491.491.49
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.600357.600357.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0920.2110.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30029_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30029_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30029_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric channel of LRC8D_HUMAN

全体名称: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN
要素
  • 複合体: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D

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超分子 #1: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN

超分子名称: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.31118 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFTLAEVASL NDIQPTYRIL KPWWDVFMDY LAVVMLMVAI FAGTMQLTKD QVVCLPVLPS PVNSKAHTPP GNAEVTTNIP KMEAATNQD QDGRTTNDIS FGTSAVTPDI PLRATYPRTD FALPNQEAKK EKKDPTGRKT NLDFQQYVFI NQMCYHLALP W YSKYFPYL ...文字列:
MFTLAEVASL NDIQPTYRIL KPWWDVFMDY LAVVMLMVAI FAGTMQLTKD QVVCLPVLPS PVNSKAHTPP GNAEVTTNIP KMEAATNQD QDGRTTNDIS FGTSAVTPDI PLRATYPRTD FALPNQEAKK EKKDPTGRKT NLDFQQYVFI NQMCYHLALP W YSKYFPYL ALIHTIILMV SSNFWFKYPK TCSKVEHFVS ILGKCFESPW TTKALSETAC EDSEENKQRI TGAQTLPKHV ST SSDEGSP SASTPMINKT GFKFSAEKPV IEVPSMTILD KKDGEQAKAL FEKVRKFRAH VEDSDLIYKL YVVQTVIKTA KFI FILCYT ANFVNAISFE HVCKPKVEHL IGYEVFECTH NMAYMLKKLL ISYISIICVY GFICLYTLFW LFRIPLKEYS FEKV REESS FSDIPDVKND FAFLLHMVDQ YDQLYSKRFG VFLSEVSENK LREISLNHEW TFEKLRQHIS RNAQDKQELH LFMLS GVPD AVFDLTDLDV LKLELIPEAK IPAKISQMTN LQELHLCHCP AKVEQTAFSF LRDHLRCLHV KFTDVAEIPA WVYLLK NLR ELYLIGNLNS ENNKMIGLES LRELRHLKIL HVKSNLTKVP SNITDVAPHL TKLVIHNDGT KLLVLNSLKK MMNVAEL EL QNCELERIPH AIFSLSNLQE LDLKSNNIRT IEEIISFQHL KRLTCLKLWH NKIVTIPPSI THVKNLESLY FSNNKLES L PVAVFSLQKL RCLDVSYNNI SMIPIEIGLL QNLQHLHITG NKVDILPKQL FKCIKLRTLN LGQNCITSLP EKVGQLSQL TQLELKGNCF DRLPAQLGQC RMLKKSGLVV EDHLFDTLPL EVKEALNQDI NIPFANGIGT ENLYFQ

UniProtKB: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
0.1 %C56H92O29digitonin

詳細: The solution was freshly prepared to avoid digitonin precipitation.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted for 4 seconds before plunging..
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 79.55 K / 最高: 79.55 K
詳細Specimen holder is FEI Talos Arctica autogrid holder.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 3397 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 23500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RELION Initial Model (SGD algorithm)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 247154
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: Maximum likelihood refinement in RELION.
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6m04:
Structure of the human homo-hexameric LRRC8D channel at 4.36 Angstroms

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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