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- EMDB-30012: Organization and energy transfer in a huge diatom PSI-FCPI superc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30012
タイトルOrganization and energy transfer in a huge diatom PSI-FCPI supercomplex
マップデータdiatom PSI-FCPI
試料
  • 複合体: a huge diatom PSI-FCPI supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
  • リガンド: x 13種
キーワードdiatom / PSI-FCPI / photosysyem / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / phosphoprotein binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII ...4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Not-an-Elip / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 11 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8 / photosystem I / PSI subunit V / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 10 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Photosystem I reaction center protein 28 ...Not-an-Elip / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 11 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8 / photosystem I / PSI subunit V / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 10 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Photosystem I reaction center protein 28 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 16 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 9 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 3 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 13 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 7 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 4 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 14 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 15 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, lhcr type / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Xiong P / Caizhe X
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for energy transfer in a huge diatom PSI-FCPI supercomplex.
著者: Caizhe Xu / Xiong Pi / Yawen Huang / Guangye Han / Xiaobo Chen / Xiaochun Qin / Guoqiang Huang / Songhao Zhao / Yanyan Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatom is an important group of marine algae and contributes to around 20% of the global photosynthetic carbon fixation. Photosystem I (PSI) of diatoms is associated with a large number of ...Diatom is an important group of marine algae and contributes to around 20% of the global photosynthetic carbon fixation. Photosystem I (PSI) of diatoms is associated with a large number of fucoxanthin-chlorophyll a/c proteins (FCPIs). We report the structure of PSI-FCPI from a diatom Chaetoceros gracilis at 2.38 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy. PSI-FCPI is a monomeric supercomplex consisting of 12 core and 24 antenna subunits (FCPIs), and 326 chlorophylls a, 34 chlorophylls c, 102 fucoxanthins, 35 diadinoxanthins, 18 β-carotenes and some electron transfer cofactors. Two subunits designated PsaR and PsaS were found in the core, whereas several subunits were lost. The large number of pigments constitute a unique and huge network ensuring efficient energy harvesting, transfer and dissipation. These results provide a firm structural basis for unraveling the mechanisms of light-energy harvesting, transfer and quenching in the diatom PSI-FCPI, and also important clues to evolutionary changes of PSI-LHCI.
履歴
登録2020年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ly5
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30012.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈diatom PSI-FCPI
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 520 pix.
= 567.32 Å		1.09 Å/pix.
x 520 pix.
= 567.32 Å		1.09 Å/pix.
x 520 pix.
= 567.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0549462 - 0.1633663
平均 (標準偏差)0.00014290273 (±0.00398398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 567.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z520520520
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z567.320567.320567.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS520520520
D min/max/mean-0.0550.1630.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : a huge diatom PSI-FCPI supercomplex

全体名称: a huge diatom PSI-FCPI supercomplex
要素
  • 複合体: a huge diatom PSI-FCPI supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-7
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-1
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-11
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-6
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-5
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-8
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-4
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-10
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-3
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-9
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-13
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-14
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-16
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-21
    • タンパク質・ペプチド: FCPI
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-24
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-23
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-12
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-17
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
    • タンパク質・ペプチド: PsaB
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: PsaS
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-2
    • タンパク質・ペプチド: FCPI-19
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: water

+
超分子 #1: a huge diatom PSI-FCPI supercomplex

超分子名称: a huge diatom PSI-FCPI supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#33
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)

+
分子 #1: FCPI-7

分子名称: FCPI-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.38716 KDa
配列文字列:
EMSKAVPFVK APANTAGYVG DVGFDPLGFS DYFDMKWLRE SEIKHGRASM LACLGFVVQQ YITIPGYTHV DDSNLAPQAV GVSAMLQIV LWMGVLEFWT NKGNVTMETM FSSPDRVPGN LGFDPMGLSV GKSQAEKDEM ALKEIKNGRL AMLAIGGMIH H NWVTGEPL

+
分子 #2: FCPI-1

分子名称: FCPI-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 24.549279 KDa
配列文字列: MAPFRSLITI FVSLSAVSAF STNKQATSLK PSSLNIANPE MYEAAQAKWA EEFKPLAKYG WGPSVHAEKW NGRHAMFGWF FICCTAYAK GHGLIPDMDV PLNLKEWGTL ATITGKGTIT NGRAVILLAN AHFFAISLMA TICPLPFGDS LLLDPDDESY E KSMARNNE ...文字列:
MAPFRSLITI FVSLSAVSAF STNKQATSLK PSSLNIANPE MYEAAQAKWA EEFKPLAKYG WGPSVHAEKW NGRHAMFGWF FICCTAYAK GHGLIPDMDV PLNLKEWGTL ATITGKGTIT NGRAVILLAN AHFFAISLMA TICPLPFGDS LLLDPDDESY E KSMARNNE PFGYLPAFKS GLTEEAEMIN GRLAMLGLIS LIFATAIEQK PMLDIVNEWT GGFYF

+
分子 #3: FCPI-11

分子名称: FCPI-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.114381 KDa
配列文字列: MVRSVLLAAL VGTAAAFAPA SSMARSSSAV ALKAEMSESL PFLPRPEKLD GSMAGDRGFD PMGLSEIQQD LTYARWAELK HGRIAMLAI VGMIVQEYIH LPGEAYQNPD PFGAISTVGL GVNGQIFAAI GCVELINFNK HYDGSEPGDI GWTGGLLKNK S PAEIMKAK ...文字列:
MVRSVLLAAL VGTAAAFAPA SSMARSSSAV ALKAEMSESL PFLPRPEKLD GSMAGDRGFD PMGLSEIQQD LTYARWAELK HGRIAMLAI VGMIVQEYIH LPGEAYQNPD PFGAISTVGL GVNGQIFAAI GCVELINFNK HYDGSEPGDI GWTGGLLKNK S PAEIMKAK EQEITHCRLA MIAITGATVQ TLLFHQPLLG

+
分子 #4: FCPI-6

分子名称: FCPI-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.3196 KDa
配列文字列: MKLALLASLI ASAAAFAPSS STGARTSTAL DAGKKSQALP FLPYPENLSG YVGDAGFDPF RFSDFAPMDF LREAEIKHGR ICMLAWLGF VAVDLGARIY PLPEAYEGLT SVTAHDALVQ QGAMSQIFLW CSVFEAISTV SVIQMLYEES GREPGNFGFD P LGFLKGKS ...文字列:
MKLALLASLI ASAAAFAPSS STGARTSTAL DAGKKSQALP FLPYPENLSG YVGDAGFDPF RFSDFAPMDF LREAEIKHGR ICMLAWLGF VAVDLGARIY PLPEAYEGLT SVTAHDALVQ QGAMSQIFLW CSVFEAISTV SVIQMLYEES GREPGNFGFD P LGFLKGKS EAEVNEMKLK EIKNGRLAML AFSGVVTQAV LTQGPFPYV

+
分子 #5: FCPI-5

分子名称: FCPI-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 23.502895 KDa
配列文字列: MFKTAAAITS LLAASASAFA PSSFNGRLST AVAAEKSQSL PFMNRPALLD GSMAGDVGFD PLGLSNIDDV GIDLYWLREA EVKHCRVAM LAVVGILQVE IFGPAPGCEM ATDKCQMDAF WQLWGAHPQY IAFGLIMIMM IEMISGIATT QGRESGERAP G DFGLDPLG ...文字列:
MFKTAAAITS LLAASASAFA PSSFNGRLST AVAAEKSQSL PFMNRPALLD GSMAGDVGFD PLGLSNIDDV GIDLYWLREA EVKHCRVAM LAVVGILQVE IFGPAPGCEM ATDKCQMDAF WQLWGAHPQY IAFGLIMIMM IEMISGIATT QGRESGERAP G DFGLDPLG YGKGDAAGFA RLQAQEIANG RLAMFAAAGE IVQGCTTHQG ALENLMTALR DNSF

+
分子 #6: FCPI-8

分子名称: FCPI-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 23.085531 KDa
配列文字列: MTKLSIALTT AAALLSSASA FAPSKDVRPV TSALSATGFE EVGGKPWDPL SLGKLEDAND TFPNMFPKSQ YLQESEIKHG RMSMLAWTG VWATHVGGMG LGMHIPGMPV ESDWTKALGV FAAEQPALFG AILLFISIAE GESVGHSGDN WRNMSTKEPG N LGFDWMGL ...文字列:
MTKLSIALTT AAALLSSASA FAPSKDVRPV TSALSATGFE EVGGKPWDPL SLGKLEDAND TFPNMFPKSQ YLQESEIKHG RMSMLAWTG VWATHVGGMG LGMHIPGMPV ESDWTKALGV FAAEQPALFG AILLFISIAE GESVGHSGDN WRNMSTKEPG N LGFDWMGL TRKLSEEQVA RYKIVELKNG RAAMIAMASL FAMEAIPGSV PIMNVFN

+
分子 #7: FCPI-4

分子名称: FCPI-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 26.609383 KDa
配列文字列: MKSALIAIAL LSGSAAAFTS NAGSQSTSAL KAMPERLWDS MVDKTQRSKA VPFLPRAVNL DGSLPGDVGF DPFYLSSIPK DFSGFIQPP QWEEKGIPTL YWMREAELKH SRVAMLAWFG WLATDGAFGV TLRFPGEIYS VENIPTAYEA HNALVSQGSM G FLLLAVGF ...文字列:
MKSALIAIAL LSGSAAAFTS NAGSQSTSAL KAMPERLWDS MVDKTQRSKA VPFLPRAVNL DGSLPGDVGF DPFYLSSIPK DFSGFIQPP QWEEKGIPTL YWMREAELKH SRVAMLAWFG WLATDGAFGV TLRFPGEIYS VENIPTAYEA HNALVSQGSM G FLLLAVGF IEFCTGAVLV EVAKGDSDRE AGDFKLDPLS FLKGKSEEEI KRMKTREIAN GRLAMLAFGG VATQTALEGG NH AFPYF

+
分子 #8: FCPI-10

分子名称: FCPI-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.690916 KDa
配列文字列: MMKSVIIASL ACSAAAFAPA SNGRAATSLE ASAKSKALPW LPNPSNLDGR IGANGFDPLG ISEYFPVDYL VESEIKHGRV CMMAWAGYV AVDLGARIYP LPESMQGVTS ATAHDPAVAF GSMGNMFIWI ALFEMVGWIG LSQTLQGSGR EPGDFGWGKQ F MGKTQAEI ...文字列:
MMKSVIIASL ACSAAAFAPA SNGRAATSLE ASAKSKALPW LPNPSNLDGR IGANGFDPLG ISEYFPVDYL VESEIKHGRV CMMAWAGYV AVDLGARIYP LPESMQGVTS ATAHDPAVAF GSMGNMFIWI ALFEMVGWIG LSQTLQGSGR EPGDFGWGKQ F MGKTQAEI DTMKLKELTN GRAAMLAFAG VVTQSVLYDK GFPYF

+
分子 #9: FCPI-3

分子名称: FCPI-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.176918 KDa
配列文字列: MKTAAIISSL IASASAFAPV SQTNVRSSSS LQAWKDENII GITAPMGFFD PLGLSSGKSD EVMNLYREAE LKHGRVAMAA CLGWYITAA GVHPAFNSAL SSDPLEAAKQ LPTVGWLQFV LGCGAIEWLA QQIKARPGYQ PGDILGAAYW VDNSDEGWVD Y QNKEINNG ...文字列:
MKTAAIISSL IASASAFAPV SQTNVRSSSS LQAWKDENII GITAPMGFFD PLGLSSGKSD EVMNLYREAE LKHGRVAMAA CLGWYITAA GVHPAFNSAL SSDPLEAAKQ LPTVGWLQFV LGCGAIEWLA QQIKARPGYQ PGDILGAAYW VDNSDEGWVD Y QNKEINNG RLAMVAFMGI FVQDLYFGNY GDQIFRN

+
分子 #10: FCPI-9

分子名称: FCPI-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.560469 KDa
配列文字列: MKSVAILSLL TASAAAFAPA STTQSSSSTA LAGSVFDNYV GAKDFRGAQF KFDPLKLSET YEPFQGWFRE SELRHGRTAM LAVVGYIAT DFVRIPGEMY SFEAIPKSAD AHDALVASGP MSQLLLWIGL FDLVVTAPAV QAMGQGEREP GDFGWKWFAP S SKDAFDKK ...文字列:
MKSVAILSLL TASAAAFAPA STTQSSSSTA LAGSVFDNYV GAKDFRGAQF KFDPLKLSET YEPFQGWFRE SELRHGRTAM LAVVGYIAT DFVRIPGEMY SFEAIPKSAD AHDALVASGP MSQLLLWIGL FDLVVTAPAV QAMGQGEREP GDFGWKWFAP S SKDAFDKK REAELLNGRL AMFAIGGIAT QSVLSGHGFP YL

+
分子 #11: FCPI-13

分子名称: FCPI-13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.197531 KDa
配列文字列: MKSVAILAAL VGSATAFAPS QVSRTAASTS VRASLADMVG AEGPEPIPFA PSRTSKNFDP VGFAERSPEW LPWYREAELK HGRAAMLAT VGFVVPEFVR IPGEQFSFEA IPKVIDAHDA LPESMIQIFG WISFLEACTF PAMAGLGGKY DRKPGDFSFD P LGLYPTDP ...文字列:
MKSVAILAAL VGSATAFAPS QVSRTAASTS VRASLADMVG AEGPEPIPFA PSRTSKNFDP VGFAERSPEW LPWYREAELK HGRAAMLAT VGFVVPEFVR IPGEQFSFEA IPKVIDAHDA LPESMIQIFG WISFLEACTF PAMAGLGGKY DRKPGDFSFD P LGLYPTDP EKQKKMQLAE LKNGRLAMIA IGGMVTGAAV TGHGFPYLP

+
分子 #12: FCPI-14

分子名称: FCPI-14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 24.846443 KDa
配列文字列: MKTAAVFALF AGSAAAFAPA NVAPRASTVT HMSSINEAFG VSIETGNKCP PLGARILEDA QPSAIKWFQN AEIKHGRIAM VATIGYLVQ KLGVHFPLYL GPSGSNCFHP ESETAWLLSS STGVTFSDIA KAAPLDAIQM VPVAGWMQIF FVAGWFESVA Y YRQWVKDS ...文字列:
MKTAAVFALF AGSAAAFAPA NVAPRASTVT HMSSINEAFG VSIETGNKCP PLGARILEDA QPSAIKWFQN AEIKHGRIAM VATIGYLVQ KLGVHFPLYL GPSGSNCFHP ESETAWLLSS STGVTFSDIA KAAPLDAIQM VPVAGWMQIF FVAGWFESVA Y YRQWVKDS PIPGDYGYDP LGFTKREGGW DSEELTSLRL KEIKNGRLAM MTIAAWVSDE MIPGALPVWH P

+
分子 #13: FCPI-16

分子名称: FCPI-16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 32.645477 KDa
配列文字列: DNQHGNFFVS FFFLCFSSSC PSCLLSSPLP PSSLCFKIII IIFSLPLLGT TSQPTSSSIH TIIMKLAILT TLLAGASAFT IPTAPAFTT KLSMSEEVEV AAPEATAAPV EVVEPSSPSY TCISKEAILS SPDTTEIGRV WDPLGLADIG SAETLAWYRH S EVKHGRIA ...文字列:
DNQHGNFFVS FFFLCFSSSC PSCLLSSPLP PSSLCFKIII IIFSLPLLGT TSQPTSSSIH TIIMKLAILT TLLAGASAFT IPTAPAFTT KLSMSEEVEV AAPEATAAPV EVVEPSSPSY TCISKEAILS SPDTTEIGRV WDPLGLADIG SAETLAWYRH S EVKHGRIA MAAFVGWWAV GAGLRFPGEL SHGLEFSSIP SKGLEAWDAV PGWGKVQMLL FAGLIEFHDE LFHTRRAEGG HY LRGGTPG KNMVPGLFDP FGFSKGKSEE ALAKGRDREI KNGRLAMIGV AGLYCAATIP GSVPLQPPC

+
分子 #14: FCPI-21

分子名称: FCPI-21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 24.25257 KDa
配列文字列: SAKAELEAIA KKANPTLGYY DPLSLADKDF WGKGNDATIA FLRQSEIKHG RIAMFAFVGY IVQSNFVFPW AQTLAGAPHP SADLSPEAQ WDAVPLGAKW QIFAVISALE LWDECGGGGA LPHYTKGRKP GQYPPFTLFR DNVHFVLDLY DPFGFNKNMS E ETKERRLV ...文字列:
SAKAELEAIA KKANPTLGYY DPLSLADKDF WGKGNDATIA FLRQSEIKHG RIAMFAFVGY IVQSNFVFPW AQTLAGAPHP SADLSPEAQ WDAVPLGAKW QIFAVISALE LWDECGGGGA LPHYTKGRKP GQYPPFTLFR DNVHFVLDLY DPFGFNKNMS E ETKERRLV SELNNGRLAM LGIFGFLCAD TIPGSVPLLK DIAIPYSGQV MQPFEGQFSY F

+
分子 #15: FCPI

分子名称: FCPI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.821184 KDa
配列文字列: MKIAALFLAL ASSAAAFAPA QQARSNVALN MKVDEMPGAT APLGKFDPLN LATLGSESTL AWFRAAELKH SRVAMLATTG YLVQAAGIH FPGMLSSDVS FESLSAMKPL DAWDAVPEGG KNQIYFTIFL AEFITECKGT HYTKGGPLPT IVFPPIDFST V NPEQLKTR ...文字列:
MKIAALFLAL ASSAAAFAPA QQARSNVALN MKVDEMPGAT APLGKFDPLN LATLGSESTL AWFRAAELKH SRVAMLATTG YLVQAAGIH FPGMLSSDVS FESLSAMKPL DAWDAVPEGG KNQIYFTIFL AEFITECKGT HYTKGGPLPT IVFPPIDFST V NPEQLKTR QNRELNNGRL AMIAIMSFVA AANIPGSVPA LAGNPMF

+
分子 #16: FCPI-24

分子名称: FCPI-24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 26.54941 KDa
配列文字列: MKIILSGLAL LASTAAAFAP QSMSASKNTH SVALDAAKDD LIAIAEKSNP VLKYYDPLQL GSTTIWGETN SATIGFLRHS EIKHGRIAM AAFVGYIVQA NGIHFPWPMS FDGSPFPADA GSPPEQWDAL SDAAKWQIIL FIGFLEWFSE AAGKHYMRGG K PGAFPNFS ...文字列:
MKIILSGLAL LASTAAAFAP QSMSASKNTH SVALDAAKDD LIAIAEKSNP VLKYYDPLQL GSTTIWGETN SATIGFLRHS EIKHGRIAM AAFVGYIVQA NGIHFPWPMS FDGSPFPADA GSPPEQWDAL SDAAKWQIIL FIGFLEWFSE AAGKHYMRGG K PGAFPNFS DSDLIPHPVP LNLYDPFGFS KGKTEAQKAD GLIKELNNGR LAMIGIMGFL AEQKVEGSVP LLKAVVPHYD GE VMAPFM

+
分子 #17: FCPI-23

分子名称: FCPI-23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 27.555266 KDa
配列文字列: MKLAILSSLV TSATAFAPSS SSTSTSTALG SSSAKAELEA IAKKANPTLG YYDPLSLADK DFWGKGNDAT IAFLRQSEIK HGRIAMFAF VGYIVQSNFV FPWAQTLAGA PHPSADLSPE AQWDAVPLGA KWQIFAVISA LELWDECGGG GALPHYTKGR K PGQYPPFT ...文字列:
MKLAILSSLV TSATAFAPSS SSTSTSTALG SSSAKAELEA IAKKANPTLG YYDPLSLADK DFWGKGNDAT IAFLRQSEIK HGRIAMFAF VGYIVQSNFV FPWAQTLAGA PHPSADLSPE AQWDAVPLGA KWQIFAVISA LELWDECGGG GALPHYTKGR K PGQYPPFT LFRDNVHFVL DLYDPFGFNK NMSEETKERR LVSELNNGRL AMLGIFGFLC ADTIPGSVPL LKDIAIPYSG QV MQPFEGQ FSYFGSL

+
分子 #18: FCPI-12

分子名称: FCPI-12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.340523 KDa
配列文字列: MKLALLASLI ASAAAFAPSK VAQTSTTSTT LKAFENELGV QPPLGFWDPL GLLDNADQER FDRLRYVEIK HGRIAMLAVL GHITTSSGR TLGGNIDFSG TAFSSIKTGL AGLSDIPQAG LLQIVAFIGF LELFVMKDAK GTGEFPGDFR NGIDFGWNNF S DEEKMQKR ...文字列:
MKLALLASLI ASAAAFAPSK VAQTSTTSTT LKAFENELGV QPPLGFWDPL GLLDNADQER FDRLRYVEIK HGRIAMLAVL GHITTSSGR TLGGNIDFSG TAFSSIKTGL AGLSDIPQAG LLQIVAFIGF LELFVMKDAK GTGEFPGDFR NGIDFGWNNF S DEEKMQKR AIELNNGRAA QMGILGLMVH EKIGGDPYII NELLGYHTV

+
分子 #19: FCPI-17

分子名称: FCPI-17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.347383 KDa
配列文字列: MKTAVIASLI AGAAAFAPAK NAARTSVATN MAFEDELGAQ PPLGFFDPLG LVADGDQEKF DRLRYVEIKH GRISMLAVVG YLVQEAGVR LPGTIDYSGK TFAEIPNGFA AFKEIPAGGL VQLLFFIGVL ESSVMRDLTG EAEFVGDFRN GAIDFGWDTF D EETQFKKR ...文字列:
MKTAVIASLI AGAAAFAPAK NAARTSVATN MAFEDELGAQ PPLGFFDPLG LVADGDQEKF DRLRYVEIKH GRISMLAVVG YLVQEAGVR LPGTIDYSGK TFAEIPNGFA AFKEIPAGGL VQLLFFIGVL ESSVMRDLTG EAEFVGDFRN GAIDFGWDTF D EETQFKKR AIELNQGRAA QMGILALMVH EQLGVSLLPQ

+
分子 #20: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 82.85375 KDa
配列文字列: AKNVQIFVEK DAVETSFEKW SQPGHFSRTL AKGPKTTTWI WNLHADAHDF DSQTNSLEEV SRKIFSAHFG QLAAIFLWIS GMHFHGAYF SNYSAWLSDP IKIKQSSQVV WPIVGQEILN ADVGGNFQGV QTTSGWFQMW RAEGITSEVE LYWIAIGGLI M SALMLFAG ...文字列:
AKNVQIFVEK DAVETSFEKW SQPGHFSRTL AKGPKTTTWI WNLHADAHDF DSQTNSLEEV SRKIFSAHFG QLAAIFLWIS GMHFHGAYF SNYSAWLSDP IKIKQSSQVV WPIVGQEILN ADVGGNFQGV QTTSGWFQMW RAEGITSEVE LYWIAIGGLI M SALMLFAG WFHYHKAAPK LEWFQNAESM MNHHLAGLLG LGCLSWSGHQ IHIALPINKL LDAGVSPQEI PLPHEFLINR DL MAQLYPS FEKGLTPFFS GQWGVYSDFL TFKGGLNPVT GGLWLSDIAH HHLALSVLFI IAGHMYRTNW GIGHSMKEIL EAH KGPFTG EGHKGLYEIL TTSWHAQLAI NLAMIGSLSI IVAHHMYAMP PYPYIATDYA TQLSLFTHHM WIGGFCVVGG AAHG AIFMV RDYTPANNYN NLLDRDLRHR DEIISNLNWV CIFLGCHAFG FYIHNDTMRA LGRPQDMFSD KAIQLQPIFA QWIQN IHLL APGTTAPNAL ATTSYAFGGD IVEVGGKIAM MPIKLGTADF MVHHIHAFTI HVTVLILLKG VLYARSSKLI PDKANL GFR FPCDGPGRGG TCQSSSWDHV FLGLFWMYNA ISVVIFHFSW KMQSDVWGTV TADGSISHIT GGNFAQSSIT INGWLRD FL WSQASQVIQS YGSASSAYGL IFLGAHFIWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHNKLNFA PAIQPRALSI TQGRAVGL A HYLLGGIGTT WAFFLARSLS IT

+
分子 #21: PsaB

分子名称: PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 82.027734 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LEAHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TAGNLFHVAW QGNFEQWVAK PLKTKPIAH SIWDPHFGES ALKAFSKGNT YPVNIAFSGV YQWWYTIGFR TNQELYAGSI GLLILSCVLL FAGWLHLQPK F RPSLSWFK ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LEAHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TAGNLFHVAW QGNFEQWVAK PLKTKPIAH SIWDPHFGES ALKAFSKGNT YPVNIAFSGV YQWWYTIGFR TNQELYAGSI GLLILSCVLL FAGWLHLQPK F RPSLSWFK NNESRLNHHL SGLLGVSSLA WTGHLVHVAL PASRGVHIGW DNFLTTPPHP AGLKPFFTGN WTVYAENPDS AT HVYGTSE GAGTAILTFL GGFHPQTQSL WLSDIAHHQL AIAVIFIVAG HMYRTNFGIG HNMKEILDAH RPPGGRLGAG HVG LFETIT NSLHMQLGLA LAALGVATSL TAQHMYALTP YAYLSKDFTT EAALYTHHQY IAGFLMVGAF AHGAIFFVRD YDPE LNKNN VLARMLEHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YIHNDTVVAF GQPEKQILFE PIFAEYIQAA SGKAVYEFNV LLSSS SSPA TVAGNQVWLP GWLEAINNNK NDLFLKIGPG DFLVHHAIAL GLHVTALILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAMFWML NTIGWVTFYW HWKHMTIWGG NPGQFDESSN YIMGWLRDYL WLNSSPLING YNPFGMN NL SVWAWMFLFG HLIWATGFMF LISWRGYWQE LIETLVWAHE RTPLANLIRW RDKPVALSIV QARLVGLVHF SVGYILTY A AFLIASTSGK FG

+
分子 #22: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 8.860276 KDa
配列文字列:
SHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMIPW GGCKAKQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLWH ETTRSMGLAY

+
分子 #23: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 14.943183 KDa
配列文字列:
PSPIFGGSTG GWLRKAQVEE KYVITWDSPK EQIFEMPTGG AAIMREGPNL LKLARKEQCL ALGTRLRSKY KIKYQFYRVF PNGEVQYLH PKDGVYPEKV NAGRQGVGQN FRSIGKNVSP IEVKFTGKQP YDL

+
分子 #24: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 7.186062 KDa
配列文字列:
GPKRGAKVKI LRKESYWYKG TGSVVAVDQD PNTRYPVVVR FNKVNYANVS TNNYALDEIQ EVE

+
分子 #25: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 17.791635 KDa
配列文字列:
DISGLTPCKE SKQFAKREKQ ALKKLQASLK LYADDSAPAL AIKATMEKTK KRFDNYGKYG LLCGSDGLPH LIVSGDQRHW GEFITPGIL FLYIAGWIGW VGRSYLIAIR DEKKPTQKEI IIDVPLASRL LFRGFSWPVA AYRELLNGEL VDAAAAAAAA A AA

+
分子 #26: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.474527 KDa
配列文字列:
MINLPSLFVP LVGLLFPAVA MASLFLHVEK RLLFSTKKIN

+
分子 #27: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.733593 KDa
配列文字列:
MRDLKTYLSV APVASTLWFA ALAGLLIEIN RLFPDALTFP FF

+
分子 #28: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 19.030467 KDa
配列文字列:
KIFVKFLHTV DYLNNFIINF IKFSIKFMAN FIKPYNDDPF VGHLATPITS SAVTRSLLKN LPAYRFGLTP LLRGLEIGLA HGYFLIGPF FKLGPLRNSE IALFAGFLST IGLILILTLG LTIYGAVVFK EEKVMSSANV NNLQTKKAWD QFKGGFFVGA C GSAGFALI CLYV

+
分子 #29: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.139878 KDa
配列文字列:
MITDNQVFVA LIMALVCGYL AVKLAKQLA

+
分子 #30: PsaS

分子名称: PsaS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 11.422071 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #31: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 14.76607 KDa
配列文字列:
MSKLSFFILS AVLAVSAAFA PMPRAAISTT HARTASMPSA SFTSLSMASE DMTWEGEYPP SKVLGPIMSK MPSGLLGLIS IACAAVCVY SIAQSGVLQQ QPGAYENGSW VKWYYVLGSF GGPLAWGTHV ASWIQRKNGM

+
分子 #32: FCPI-2

分子名称: FCPI-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 17.351756 KDa
配列文字列:
LDGMVGTSVE TGGKIFDPLN LSDYIPADRA RAAELANGRS AMLATVGYVF PKWFGHFEGD VSVDDPIAAI GQADPQWWAQ FIIFCGTIE AYKYRMELEG KSSTGGGEPA IDWMKMYPKD EAGRRDMELK ELKNGRLAML GIAGFVSAHF IPGAVPIGPG F

+
分子 #33: FCPI-19

分子名称: FCPI-19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 19.307986 KDa
配列文字列:
TPLGGEPVFI GENYWDKLTL EYGSEATGTY LRAAELKHGR SAMLAVTGFA FHKLGLTLNN ISPHEYLSIR DNIKFADLAA MSPIEAVKH IPAEGMAQIF AAIAAVEIYE LTHRNGKLAY DESVAPGLQP GGLTGDLGWN PLNIKVTDRR RLSELQNGRA A MFAISAWV AAEAIPGSVP I

+
分子 #34: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 35 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #35: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 102 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #36: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 326 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #37: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 34 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #38: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #39: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 26 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #40: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #41: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 22 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #42: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 16 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #43: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #44: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 18 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #45: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #46: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 153 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 891804
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6igz

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 164480
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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