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- EMDB-29984: Hsp90 provides platform for CRaf dephosphorylation by PP5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29984
タイトルHsp90 provides platform for CRaf dephosphorylation by PP5
マップデータComposite map used for model fitting.
試料
  • 複合体: Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex
    • 複合体: Protein Phosphatase 5 (H304A)
      • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein HSP 90-beta
    • タンパク質・ペプチド: Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードchaperone / kinase / phosphatase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / response to arachidonate / HSP90-CDC37 chaperone complex / death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / peptidyl-threonine dephosphorylation / Aryl hydrocarbon receptor signalling / peptidyl-serine dephosphorylation / aryl hydrocarbon receptor complex / intermediate filament cytoskeleton organization ...regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / response to arachidonate / HSP90-CDC37 chaperone complex / death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / peptidyl-threonine dephosphorylation / Aryl hydrocarbon receptor signalling / peptidyl-serine dephosphorylation / aryl hydrocarbon receptor complex / intermediate filament cytoskeleton organization / dynein axonemal particle / histone methyltransferase binding / type B pancreatic cell proliferation / receptor ligand inhibitor activity / regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of type 2 mitophagy / ATP-dependent protein binding / positive regulation of protein localization to cell surface / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / protein kinase regulator activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / protein folding chaperone complex / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / response to morphine / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / post-transcriptional regulation of gene expression / GP1b-IX-V activation signalling / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Respiratory syncytial virus genome replication / telomerase holoenzyme complex assembly / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Uptake and function of diphtheria toxin / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / TPR domain binding / face development / phosphatase activity / pseudopodium / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / dendritic growth cone / thyroid gland development / phosphoprotein phosphatase activity / The NLRP3 inflammasome / somatic stem cell population maintenance / protein phosphatase activator activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / MAP kinase kinase kinase activity / regulation of protein ubiquitination / type II interferon-mediated signaling pathway / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / HSF1 activation / telomere maintenance via telomerase / negative regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / chaperone-mediated protein complex assembly / protein targeting / Schwann cell development / axonal growth cone / RHOBTB2 GTPase cycle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein dephosphorylation / supramolecular fiber organization / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / : / DNA polymerase binding / heat shock protein binding / response to muscle stretch / Signaling by ERBB2 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelination / nitric-oxide synthase regulator activity
類似検索 - 分子機能
PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / : / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain ...PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / : / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 / Cdc37, N-terminal domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Tetratricopeptide repeat / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Metallo-dependent phosphatase-like / C1-like domain superfamily / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Heat shock protein HSP 90-beta / Serine/threonine-protein phosphatase 5 / Hsp90 co-chaperone Cdc37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Jaime-Garza M / Nowotny CA / Coutandin D / Wang F / Tabios M / Agard DA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118099 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD026881 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD021741 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Hsp90 provides a platform for kinase dephosphorylation by PP5.
著者: Maru Jaime-Garza / Carlos A Nowotny / Daniel Coutandin / Feng Wang / Mariano Tabios / David A Agard /
要旨: The Hsp90 molecular chaperone collaborates with the phosphorylated Cdc37 cochaperone for the folding and activation of its many client kinases. As with many kinases, the Hsp90 client kinase CRaf is ...The Hsp90 molecular chaperone collaborates with the phosphorylated Cdc37 cochaperone for the folding and activation of its many client kinases. As with many kinases, the Hsp90 client kinase CRaf is activated by phosphorylation at specific regulatory sites. The cochaperone phosphatase PP5 dephosphorylates CRaf and Cdc37 in an Hsp90-dependent manner. Although dephosphorylating Cdc37 has been proposed as a mechanism for releasing Hsp90-bound kinases, here we show that Hsp90 bound kinases sterically inhibit Cdc37 dephosphorylation indicating kinase release must occur before Cdc37 dephosphorylation. Our cryo-EM structure of PP5 in complex with Hsp90:Cdc37:CRaf reveals how Hsp90 both activates PP5 and scaffolds its association with the bound CRaf to dephosphorylate phosphorylation sites neighboring the kinase domain. Thus, we directly show how Hsp90's role in maintaining protein homeostasis goes beyond folding and activation to include post translationally modifying its client kinases.
履歴
登録2023年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29984.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map used for model fitting.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00576
最小 - 最大-0.005436401 - 0.032438822
平均 (標準偏差)0.00025321546 (±0.0013087377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-4-5-3
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Postprocessed composite map which gave FSC curve file,...

ファイルemd_29984_additional_1.map
注釈Postprocessed composite map which gave FSC curve file, map resolution, and was used for model fitting.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Composite half map.

ファイルemd_29984_half_map_1.map
注釈Composite half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Composite half map.

ファイルemd_29984_half_map_2.map
注釈Composite half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex

全体名称: Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex
要素
  • 複合体: Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex
    • 複合体: Protein Phosphatase 5 (H304A)
      • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein HSP 90-beta
    • タンパク質・ペプチド: Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex

超分子名称: Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Yeast purified Hsp90:Cdc37:CRaf complex incubated with e. Coli purified PP5 (mutant H304A). Sample then cross-linked with 0.05% glutaraldehyde for 15m at room temperature, and ran over S200 sizing column.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57 KDa

+
超分子 #2: Protein Phosphatase 5 (H304A)

超分子名称: Protein Phosphatase 5 (H304A) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
詳細: E coli purified Protein Phosphatase 5, with inactivating H304A mutation.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Heat shock protein HSP 90-beta

分子名称: Heat shock protein HSP 90-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Hsp90 sequence with HRV 3C cleavage site and one residue glycine linker.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.595484 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GPGMPEEVHH GEEEVETFAF QAEIAQLMSL IINTFYSNKE IFLRELISNA SDALDKIRYE SLTDPSKLDS GKELKIDIIP NPQERTLTL VDTGIGMTKA DLINNLGTIA KSGTKAFMEA LQAGADISMI GQFGVGFYSA YLVAEKVVVI TKHNDDEQYA W ESSAGGSF ...文字列:
GPGMPEEVHH GEEEVETFAF QAEIAQLMSL IINTFYSNKE IFLRELISNA SDALDKIRYE SLTDPSKLDS GKELKIDIIP NPQERTLTL VDTGIGMTKA DLINNLGTIA KSGTKAFMEA LQAGADISMI GQFGVGFYSA YLVAEKVVVI TKHNDDEQYA W ESSAGGSF TVRADHGEPI GRGTKVILHL KEDQTEYLEE RRVKEVVKKH SQFIGYPITL YLEKEREKEI SDDEAEEEKG EK EEEDKDD EEKPKIEDVG SDEEDDSGKD KKKKTKKIKE KYIDQEELNK TKPIWTRNPD DITQEEYGEF YKSLTNDWED HLA VKHFSV EGQLEFRALL FIPRRAPFDL FENKKKKNNI KLYVRRVFIM DSCDELIPEY LNFIRGVVDS EDLPLNISRE MLQQ SKILK VIRKNIVKKC LELFSELAED KENYKKFYEA FSKNLKLGIH EDSTNRRRLS ELLRYHTSQS GDEMTSLSEY VSRMK ETQK SIYYITGESK EQVANSAFVE RVRKRGFEVV YMTEPIDEYC VQQLKEFDGK SLVSVTKEGL ELPEDEEEKK KMEESK AKF ENLCKLMKEI LDKKVEKVTI SNRLVSSPCC IVTSTYGWTA NMERIMKAQA LRDNSTMGYM MAKKHLEINP DHPIVET LR QKAEADKNDK AVKDLVVLLF ETALLSSGFS LEDPQTHSNR IYRMIKLGLG IDEDEVAAEE PNAAVPDEIP PLEGDEDA S RMEEVD

UniProtKB: Heat shock protein HSP 90-beta

+
分子 #2: Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed

分子名称: Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Cdc37 followed by HRV 3C cleavage site at C-terminal of construct.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.352223 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVDYSVWDHI EV(SEP)DDEDETH PNIDTASLFR WRHQARVERM EQFQKEKEEL DRGCRECKRK VAECQRKLKE LEVAEG GKA ELERLQAEAQ QLRKEERSWE QKLEEMRKKE KSMPWNVDTL SKDGFSKSMV NTKPEKTEED SEEVREQKHK TFVEKYE KQ ...文字列:
MVDYSVWDHI EV(SEP)DDEDETH PNIDTASLFR WRHQARVERM EQFQKEKEEL DRGCRECKRK VAECQRKLKE LEVAEG GKA ELERLQAEAQ QLRKEERSWE QKLEEMRKKE KSMPWNVDTL SKDGFSKSMV NTKPEKTEED SEEVREQKHK TFVEKYE KQ IKHFGMLRRW DDSQKYLSDN VHLVCEETAN YLVIWCIDLE VEEKCALMEQ VAHQTIVMQF ILELAKSLKV DPRACFRQ F FTKIKTADRQ YMEGFNDELE AFKERVRGRA KLRIEKAMKE YEEEERKKRL GPGGLDPVEV YESLPEELQK CFDVKDVQM LQDAISKMDP TDAKYHMQRC IDSGLWVPNS KASEAKEGEE AGPGDPLLEA VPKTGDEKDV SVLEVLFQ

UniProtKB: Hsp90 co-chaperone Cdc37

+
分子 #3: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

分子名称: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: CRaf/Raf1 kinase domain followed by a LPESG linker, Strep Tag II sequence (WSHPQFEK) and a HRV 3C cleavage site (LEVLFQ).
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.926168 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GGRDSSYYWE IEASEVMLST RIGSGSFGTV YKGKWHGDVA VKILKVVDPT PEQFQAFRNE VAVLRKTRHV NILLFMGYMT KDNLAIVTQ WCEGSSLYKH LHVQETKFQM FQLIDIARQT AQGMDYLHAK NIIHRDMKSN NIFLHEGLTV KIGDFGLATV K SRWSGSQQ ...文字列:
GGRDSSYYWE IEASEVMLST RIGSGSFGTV YKGKWHGDVA VKILKVVDPT PEQFQAFRNE VAVLRKTRHV NILLFMGYMT KDNLAIVTQ WCEGSSLYKH LHVQETKFQM FQLIDIARQT AQGMDYLHAK NIIHRDMKSN NIFLHEGLTV KIGDFGLATV K SRWSGSQQ VEQPTGSVLW MAPEVIRMQD NNPFSFQSDV YSYGIVLYEL MTGELPYSHI NNRDQIIFMV GRGYASPDLS KL YKNCPKA MKRLVADCVK KVKEERPLFP QILSSIELLQ HSLPKINRLP ESGWSHPQFE KLEVLFQ

UniProtKB: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

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分子 #4: Serine/threonine-protein phosphatase 5

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: HRV 3C cleavage site followed by GS linker and PP5 sequence.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.18473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: GPGSMAMAEG ERTECAEPPR DEPPADGALK RAEELKTQAN DYFKAKDYEN AIKFYSQAIE LNPSNAIYYG NRSLAYLRTE CYGYALGDA TRAIELDKKY IKGYYRRAAS NMALGKFRAA LRDYETVVKV KPHDKDAKMK YQECNKIVKQ KAFERAIAGD E HKRSVVDS ...文字列:
GPGSMAMAEG ERTECAEPPR DEPPADGALK RAEELKTQAN DYFKAKDYEN AIKFYSQAIE LNPSNAIYYG NRSLAYLRTE CYGYALGDA TRAIELDKKY IKGYYRRAAS NMALGKFRAA LRDYETVVKV KPHDKDAKMK YQECNKIVKQ KAFERAIAGD E HKRSVVDS LDIESMTIED EYSGPKLEDG KVTISFMKEL MQWYKDQKKL HRKCAYQILV QVKEVLSKLS TLVETTLKET EK ITVCGDT HGQFYDLLNI FELNGLPSET NPYIFNGDFV DRGSFSVEVI LTLFGFKLLY PDHFHLLRGN AETDNMNQIY GFE GEVKAK YTAQMYELFS EVFEWLPLAQ CINGKVLIMH GGLFSEDGVT LDDIRKIERN RQPPDSGPMC DLLWSDPQPQ NGRS ISKRG VSCQFGPDVT KAFLEENNLD YIIRSHEVKA EGYEVAHGGR CVTVFSAPNY CDQMGNKASY IHLQGSDLRP QFHQF TAVP HPNVKPMAYA NTLLQLGMM

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 5

+
分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #7: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #9: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.09 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMKClKCl
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC9H15O6PTCEP
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K
詳細: 3uL OF SAMPLE, 10C, 100% HUMIDITY, 30S WAIT TIME, 3S BLOT TIME, -2 BLOT FORCE.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 3.8-beta)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4160 / 平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3730385 / 詳細: Gaussian blob particle picking in cryosparc.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5fwl


詳細: 5FWL was used to fit the Hsp90 complex. 1WAO and 1S95 were used to fit the PP5 components.
最終 再構成使用したクラス数: 3 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1.3), UCSF ChimeraX (ver. 1.2.5))
詳細: Three different maps were used for final composite map: Hsp90:Cdc37: 288k particles, 3.2A PP5 TPR: 215k particles, 3.3A PP5 catalytic domain: 43k particles, 3.8A Composite half maps were used ...詳細: Three different maps were used for final composite map: Hsp90:Cdc37: 288k particles, 3.2A PP5 TPR: 215k particles, 3.3A PP5 catalytic domain: 43k particles, 3.8A Composite half maps were used to get the final resolution in Relion PostProcessing. All original maps provided in the "Related entries" tab.
使用した粒子像数: 545237
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
詳細: Initial refinement on the Hsp90 component of the complex was followed up with focused classification with subtraction to obtain the separate maps used in this composite entry.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5fwl

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1wao

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1s95

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
ソフトウェア名称: ISOLDE (ver. 1.0b3)
詳細This model was built using rigid body docking in Chimera and ChimeraX for all main chains, and RosettaCM to add remaining fragments not included in previous models. Refinement was done using iterative Phenix and RosettaRelax, and finalized with ISOLDE.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8gft:
Hsp90 provides platform for CRaf dephosphorylation by PP5

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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