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- EMDB-29977: AP2 bound to an MSP1 nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29977
タイトルAP2 bound to an MSP1 nanodisc
マップデータFull map
試料
  • 複合体: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
    • タンパク質・ペプチド: MSP1
キーワードclathrin-dependent endocytosis / peripheral membrane protein / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / MHC class II antigen presentation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / membrane coat / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / coronary vasculature development / MHC class II antigen presentation / positive regulation of protein localization to membrane / neurotransmitter receptor internalization / signal sequence binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / aorta development / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of receptor internalization / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / kidney development / secretory granule / intracellular protein transport / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / heart development / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / postsynapse / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / mitochondrion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta ...AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / : / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Mu homology domain / Adaptin C-terminal domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2 / AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit mu / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Sarsam RD / Cannon KS / Baker RW
資金援助1件
OrganizationGrant number
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol / : 2023
タイトル: Lipid nanodiscs as a template for high-resolution cryo-EM structures of peripheral membrane proteins.
著者: Kevin S Cannon / Reta D Sarsam / Tanita Tedamrongwanish / Kevin Zhang / Richard W Baker /
要旨: Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient ...Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient binding to the membrane has a profound impact on protein function, serving to induce conformational changes and alter biochemical and biophysical parameters by increasing the local concentration of factors and restricting diffusion to two dimensions. Despite the centrality of the membrane in serving as a template for cell biology, there are few reported high-resolution structures of peripheral membrane proteins bound to the membrane. We analyzed the utility of lipid nanodiscs to serve as a template for cryo-EM analysis of peripheral membrane proteins. We tested a variety of nanodiscs and we report a 3.3 Å structure of the AP2 clathrin adaptor complex bound to a 17-nm nanodisc, with sufficient resolution to visualize a bound lipid head group. Our data demonstrate that lipid nanodiscs are amenable to high-resolution structure determination of peripheral membrane proteins and provide a framework for extending this analysis to other systems.
履歴
登録2023年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 264. Å
0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 264. Å
0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.1008565 - 0.32685855
平均 (標準偏差)0.00040809295 (±0.011111279)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29977_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: deepEMhancer sharpened map

ファイルemd_29977_additional_1.map
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Map for coloring by local resolution

ファイルemd_29977_additional_2.map
注釈Map for coloring by local resolution
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Map filtered by local resolution

ファイルemd_29977_additional_3.map
注釈Map filtered by local resolution
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: cryoSPARC sharpened map

ファイルemd_29977_additional_4.map
注釈cryoSPARC sharpened map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_29977_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_29977_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : AP2 bound to MSP2N2 nanodisc

全体名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc
要素
  • 複合体: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
    • タンパク質・ペプチド: MSP1

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超分子 #1: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc

超分子名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 203.98 KDa

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分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2

分子名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYTE KQIGYLFISV LVNSNSELIR LINNAIKNDL ASRNPTFMGL ALHCIANVGS REMAEAFAGE IPKILVAGDT MDSVKQSAAL ...文字列:
MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYTE KQIGYLFISV LVNSNSELIR LINNAIKNDL ASRNPTFMGL ALHCIANVGS REMAEAFAGE IPKILVAGDT MDSVKQSAAL CLLRLYRTSP DLVPMGDWTS RVVHLLNDQH LGVVTAATSL ITTLAQKNPE EFKTSVSLAV SRLSRIVTSA STDLQDYTYY FVPAPWLSVK LLRLLQCYPP PEDPAVRGRL TECLETILNK AQEPPKSKKV QHSNAKNAVL FEAISLIIHH DSEPNLLVRA CNQLGQFLQH RETNLRYLAL ESMCTLASSE FSHEAVKTHI ETVINALKTE RDVSVRQRAV DLLYAMCDRS NAQQIVAEML SYLETADYSI REEIVLKVAI LAEKYAVDYT WYVDTILNLI RIAGDYVSEE VWYRVIQIVI NRDDVQGYAA KTVFEALQAP ACHENLVKVG GYILGEFGNL IAGDPRSSPL IQFNLLHSKF HLCSVPTRAL LLSTYIKFVN LFPEVKATIQ DVLRSDSQLK NADVELQQRA VEYLRLSTVA STDILATVLE EMPPFPERES SILAKLKKKK GGSGLEVLFQ

UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha-2

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分子 #2: AP-2 complex subunit beta

分子名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVNS FVKDCEDPNP LIRALAVRTM GCIRVDKITE YLCEPLRKCL KDEDPYVRKT AAVCVAKLHD INAQMVEDQG FLDSLRDLIA ...文字列:
MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVNS FVKDCEDPNP LIRALAVRTM GCIRVDKITE YLCEPLRKCL KDEDPYVRKT AAVCVAKLHD INAQMVEDQG FLDSLRDLIA DSNPMVVANA VAALSEISES HPNSNLLDLN PQNINKLLTA LNECTEWGQI FILDCLSNYN PKDDREAQSI CERVTPRLSH ANSAVVLSAV KVLMKFLELL PKDSDYYNML LKKLAPPLVT LLSGEPEVQY VALRNINLIV QKRPEILKQE IKVFFVKYND PIYVKLEKLD IMIRLASQAN IAQVLAELKE YATEVDVDFV RKAVRAIGRC AIKVEQSAER CVSTLLDLIQ TKVNYVVQEA IVVIRDIFRK YPNKYESIIA TLCENLDSLD EPDARAAMIW IVGEYAERID NADELLESFL EGFHDESTQV QLTLLTAIVK LFLKKPSETQ ELVQQVLSLA TQDSDNPDLR DRGYIYWRLL STDPVTAKEV VLSEKPLISE ETDLIEPTLL DELICHIGSL ASVYHKPPNA FVEGSHGIHR K

UniProtKB: AP-2 complex subunit beta

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分子 #3: AP-2 complex subunit mu

分子名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI GWRREGIKYR ...文字列:
MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI GWRREGIKYR RNELFLDVLE SVNLLMSPQG QVLSAHVSGR VVMKSYLSGM PECKFGMNDK IVIEKQGKGT ADETSKS GK QSIAIDDCTF HQCVRLSKFD SERSISFIPP DGEFELMRYR TTKDIILPFR VIPLVREVGR TKLEVKVVIK SNFKPSLL A QKIEVRIPTP LNTSGVQVIC MKGKAKYKAS ENAIVWKIKR MAGMKESQIS AEIELLPTND KKKWARPPIS MNFEVPFAP SGLKVRYLKV FEPKLNYSDH DVIKWVRYIG RSGIYETRC

UniProtKB: AP-2 complex subunit mu

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分子 #4: AP-2 complex subunit sigma

分子名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE

UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma

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分子 #5: MSP1

分子名称: MSP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHIE GRLKLLDNWD SVTSTFSKLR EQLGPVTQEF WDNLEKETEG LRQEMSKDLE EVKAKVQPYL DDFQKKWQEE MELYRQKVEP LRAELQEGAR QKLHELQEKL SPLGEEMRDR ARAHVDALRT HLAPYSDELR QRLAARLEAL KENGGARLAE YHAKATEHLS ...文字列:
MGHHHHHHIE GRLKLLDNWD SVTSTFSKLR EQLGPVTQEF WDNLEKETEG LRQEMSKDLE EVKAKVQPYL DDFQKKWQEE MELYRQKVEP LRAELQEGAR QKLHELQEKL SPLGEEMRDR ARAHVDALRT HLAPYSDELR QRLAARLEAL KENGGARLAE YHAKATEHLS TLSEKAKPAL EDLRQGLLPV LESFKVSFLS ALEEYTKKLN TQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: TergeoEM Plasma Cleaner
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 45000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1100000
詳細: General model gmodel_phosnet_202005_N63_c17.h5 used for crYOLO picking.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generation in cryoSPARC v3.2
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC v3.2 / 使用した粒子像数: 148341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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