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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29977 | |||||||||
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タイトル | AP2 bound to an MSP1 nanodisc | |||||||||
マップデータ | Full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | clathrin-dependent endocytosis / peripheral membrane protein / ENDOCYTOSIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / MHC class II antigen presentation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / membrane coat / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / coronary vasculature development / MHC class II antigen presentation / positive regulation of protein localization to membrane / neurotransmitter receptor internalization / signal sequence binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / aorta development / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of receptor internalization / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / kidney development / secretory granule / intracellular protein transport / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / heart development / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / postsynapse / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sarsam RD / Cannon KS / Baker RW | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Lipid nanodiscs as a template for high-resolution cryo-EM structures of peripheral membrane proteins. 著者: Kevin S Cannon / Reta D Sarsam / Tanita Tedamrongwanish / Kevin Zhang / Richard W Baker / 要旨: Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient ...Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient binding to the membrane has a profound impact on protein function, serving to induce conformational changes and alter biochemical and biophysical parameters by increasing the local concentration of factors and restricting diffusion to two dimensions. Despite the centrality of the membrane in serving as a template for cell biology, there are few reported high-resolution structures of peripheral membrane proteins bound to the membrane. We analyzed the utility of lipid nanodiscs to serve as a template for cryo-EM analysis of peripheral membrane proteins. We tested a variety of nanodiscs and we report a 3.3 Å structure of the AP2 clathrin adaptor complex bound to a 17-nm nanodisc, with sufficient resolution to visualize a bound lipid head group. Our data demonstrate that lipid nanodiscs are amenable to high-resolution structure determination of peripheral membrane proteins and provide a framework for extending this analysis to other systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29977.map.gz | 50.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29977-v30.xml emd-29977.xml | 28.1 KB 28.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29977_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29977.png | 38.3 KB | ||
マスクデータ | emd_29977_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29977_additional_1.map.gz emd_29977_additional_2.map.gz emd_29977_additional_3.map.gz emd_29977_additional_4.map.gz emd_29977_half_map_1.map.gz emd_29977_half_map_2.map.gz | 90.6 MB 3.3 MB 3.5 MB 97 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29977 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29977 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29977_validation.pdf.gz | 871 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29977_full_validation.pdf.gz | 870.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29977_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29977_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29977 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29977 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t1oC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29977_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: deepEMhancer sharpened map
ファイル | emd_29977_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map for coloring by local resolution
ファイル | emd_29977_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Map for coloring by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map filtered by local resolution
ファイル | emd_29977_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Map filtered by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: cryoSPARC sharpened map
ファイル | emd_29977_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | cryoSPARC sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_29977_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_29977_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AP2 bound to MSP2N2 nanodisc
全体 | 名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc
超分子 | 名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography. |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 203.98 KDa |
-分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2
分子 | 名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYTE KQIGYLFISV LVNSNSELIR LINNAIKNDL ASRNPTFMGL ALHCIANVGS REMAEAFAGE IPKILVAGDT MDSVKQSAAL ...文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYTE KQIGYLFISV LVNSNSELIR LINNAIKNDL ASRNPTFMGL ALHCIANVGS REMAEAFAGE IPKILVAGDT MDSVKQSAAL CLLRLYRTSP DLVPMGDWTS RVVHLLNDQH LGVVTAATSL ITTLAQKNPE EFKTSVSLAV SRLSRIVTSA STDLQDYTYY FVPAPWLSVK LLRLLQCYPP PEDPAVRGRL TECLETILNK AQEPPKSKKV QHSNAKNAVL FEAISLIIHH DSEPNLLVRA CNQLGQFLQH RETNLRYLAL ESMCTLASSE FSHEAVKTHI ETVINALKTE RDVSVRQRAV DLLYAMCDRS NAQQIVAEML SYLETADYSI REEIVLKVAI LAEKYAVDYT WYVDTILNLI RIAGDYVSEE VWYRVIQIVI NRDDVQGYAA KTVFEALQAP ACHENLVKVG GYILGEFGNL IAGDPRSSPL IQFNLLHSKF HLCSVPTRAL LLSTYIKFVN LFPEVKATIQ DVLRSDSQLK NADVELQQRA VEYLRLSTVA STDILATVLE EMPPFPERES SILAKLKKKK GGSGLEVLFQ UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha-2 |
-分子 #2: AP-2 complex subunit beta
分子 | 名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVNS FVKDCEDPNP LIRALAVRTM GCIRVDKITE YLCEPLRKCL KDEDPYVRKT AAVCVAKLHD INAQMVEDQG FLDSLRDLIA ...文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVNS FVKDCEDPNP LIRALAVRTM GCIRVDKITE YLCEPLRKCL KDEDPYVRKT AAVCVAKLHD INAQMVEDQG FLDSLRDLIA DSNPMVVANA VAALSEISES HPNSNLLDLN PQNINKLLTA LNECTEWGQI FILDCLSNYN PKDDREAQSI CERVTPRLSH ANSAVVLSAV KVLMKFLELL PKDSDYYNML LKKLAPPLVT LLSGEPEVQY VALRNINLIV QKRPEILKQE IKVFFVKYND PIYVKLEKLD IMIRLASQAN IAQVLAELKE YATEVDVDFV RKAVRAIGRC AIKVEQSAER CVSTLLDLIQ TKVNYVVQEA IVVIRDIFRK YPNKYESIIA TLCENLDSLD EPDARAAMIW IVGEYAERID NADELLESFL EGFHDESTQV QLTLLTAIVK LFLKKPSETQ ELVQQVLSLA TQDSDNPDLR DRGYIYWRLL STDPVTAKEV VLSEKPLISE ETDLIEPTLL DELICHIGSL ASVYHKPPNA FVEGSHGIHR K UniProtKB: AP-2 complex subunit beta |
-分子 #3: AP-2 complex subunit mu
分子 | 名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI GWRREGIKYR ...文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI GWRREGIKYR RNELFLDVLE SVNLLMSPQG QVLSAHVSGR VVMKSYLSGM PECKFGMNDK IVIEKQGKGT ADETSKS GK QSIAIDDCTF HQCVRLSKFD SERSISFIPP DGEFELMRYR TTKDIILPFR VIPLVREVGR TKLEVKVVIK SNFKPSLL A QKIEVRIPTP LNTSGVQVIC MKGKAKYKAS ENAIVWKIKR MAGMKESQIS AEIELLPTND KKKWARPPIS MNFEVPFAP SGLKVRYLKV FEPKLNYSDH DVIKWVRYIG RSGIYETRC UniProtKB: AP-2 complex subunit mu |
-分子 #4: AP-2 complex subunit sigma
分子 | 名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma |
-分子 #5: MSP1
分子 | 名称: MSP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHIE GRLKLLDNWD SVTSTFSKLR EQLGPVTQEF WDNLEKETEG LRQEMSKDLE EVKAKVQPYL DDFQKKWQEE MELYRQKVEP LRAELQEGAR QKLHELQEKL SPLGEEMRDR ARAHVDALRT HLAPYSDELR QRLAARLEAL KENGGARLAE YHAKATEHLS ...文字列: MGHHHHHHIE GRLKLLDNWD SVTSTFSKLR EQLGPVTQEF WDNLEKETEG LRQEMSKDLE EVKAKVQPYL DDFQKKWQEE MELYRQKVEP LRAELQEGAR QKLHELQEKL SPLGEEMRDR ARAHVDALRT HLAPYSDELR QRLAARLEAL KENGGARLAE YHAKATEHLS TLSEKAKPAL EDLRQGLLPV LESFKVSFLS ALEEYTKKLN TQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: TergeoEM Plasma Cleaner |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 45000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |