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- EMDB-29957: PP5 TPR domain bound to Hsp90:Cdc37:CRaf complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29957
タイトルPP5 TPR domain bound to Hsp90:Cdc37:CRaf complex
マップデータPP5 TPR domain appears bound to Hsp90:Cdc37:CRaf complex. Map obtained through focused classification with subtraction of PP5 TPR domain, followed by full particle refinement.
試料
  • 複合体: Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to PP5 TPR domain.
    • 複合体: Protein Phosphatase 5 (H304A)
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 5
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein HSP 90-beta
    • タンパク質・ペプチド: Hsp90 co-chaperone Cdc37
    • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jaime-Garza M / Nowotny CA / Coutandin D / Wang F / Tabios M / Agard DA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118099 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD026881 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD021741 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Hsp90 provides a platform for kinase dephosphorylation by PP5.
著者: Maru Jaime-Garza / Carlos A Nowotny / Daniel Coutandin / Feng Wang / Mariano Tabios / David A Agard /
要旨: The Hsp90 molecular chaperone collaborates with the phosphorylated Cdc37 cochaperone for the folding and activation of its many client kinases. As with many kinases, the Hsp90 client kinase CRaf is ...The Hsp90 molecular chaperone collaborates with the phosphorylated Cdc37 cochaperone for the folding and activation of its many client kinases. As with many kinases, the Hsp90 client kinase CRaf is activated by phosphorylation at specific regulatory sites. The cochaperone phosphatase PP5 dephosphorylates CRaf and Cdc37 in an Hsp90-dependent manner. Although dephosphorylating Cdc37 has been proposed as a mechanism for releasing Hsp90-bound kinases, here we show that Hsp90 bound kinases sterically inhibit Cdc37 dephosphorylation indicating kinase release must occur before Cdc37 dephosphorylation. Our cryo-EM structure of PP5 in complex with Hsp90:Cdc37:CRaf reveals how Hsp90 both activates PP5 and scaffolds its association with the bound CRaf to dephosphorylate phosphorylation sites neighboring the kinase domain. Thus, we directly show how Hsp90's role in maintaining protein homeostasis goes beyond folding and activation to include post translationally modifying its client kinases.
履歴
登録2023年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29957.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PP5 TPR domain appears bound to Hsp90:Cdc37:CRaf complex. Map obtained through focused classification with subtraction of PP5 TPR domain, followed by full particle refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00611
最小 - 最大-0.0069165146 - 0.032438822
平均 (標準偏差)6.0308525e-05 (±0.0012558658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened postprocessed map.

ファイルemd_29957_additional_1.map
注釈Sharpened postprocessed map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map. Not yet postprocessed in Relion.

ファイルemd_29957_half_map_1.map
注釈Half map. Not yet postprocessed in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map. Not yet postprocessed in Relion.

ファイルemd_29957_half_map_2.map
注釈Half map. Not yet postprocessed in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to PP5 TPR domain.

全体名称: Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to PP5 TPR domain.
要素
  • 複合体: Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to PP5 TPR domain.
    • 複合体: Protein Phosphatase 5 (H304A)
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 5
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein HSP 90-beta
    • タンパク質・ペプチド: Hsp90 co-chaperone Cdc37
    • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

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超分子 #1: Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to PP5 TPR domain.

超分子名称: Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to PP5 TPR domain. / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Yeast purified Hsp90:Cdc37:CRaf complex incubated with e. Coli purified PP5 (mutant H304A). Sample then cross-linked with 0.05% glutaraldehyde for 15m at room temperature, and ran over an ...詳細: Yeast purified Hsp90:Cdc37:CRaf complex incubated with e. Coli purified PP5 (mutant H304A). Sample then cross-linked with 0.05% glutaraldehyde for 15m at room temperature, and ran over an S200 sizing column. Particles were then classified to yield a Hsp90:Cdc37:CRaf complex bound to the PP5 TPR domain.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57 KDa

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超分子 #2: Protein Phosphatase 5 (H304A)

超分子名称: Protein Phosphatase 5 (H304A) / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
詳細: E coli purified Protein Phosphatase 5, with inactivating H304A mutation. Only PP5 TPR domain can be seen in this complex.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Heat shock protein HSP 90-beta

分子名称: Heat shock protein HSP 90-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: HRV 3C cleavage site, followed by a glycine linker and the Hsp90B sequence.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GPGMPEEVHH GEEEVETFAF QAEIAQLMSL IINTFYSNKE IFLRELISNA SDALDKIRYE SLTDPSKLDS GKELKIDIIP NPQERTLTLV DTGIGMTKAD LINNLGTIAK SGTKAFMEAL QAGADISMIG QFGVGFYSAY LVAEKVVVIT KHNDDEQYAW ESSAGGSFTV ...文字列:
GPGMPEEVHH GEEEVETFAF QAEIAQLMSL IINTFYSNKE IFLRELISNA SDALDKIRYE SLTDPSKLDS GKELKIDIIP NPQERTLTLV DTGIGMTKAD LINNLGTIAK SGTKAFMEAL QAGADISMIG QFGVGFYSAY LVAEKVVVIT KHNDDEQYAW ESSAGGSFTV RADHGEPIGR GTKVILHLKE DQTEYLEERR VKEVVKKHSQ FIGYPITLYL EKEREKEISD DEAEEEKGEK EEEDKDDEEK PKIEDVGSDE EDDSGKDKKK KTKKIKEKYI DQEELNKTKP IWTRNPDDIT QEEYGEFYKS LTNDWEDHLA VKHFSVEGQL EFRALLFIPR RAPFDLFENK KKKNNIKLYV RRVFIMDSCD ELIPEYLNFI RGVVDSEDLP LNISREMLQQ SKILKVIRKN IVKKCLELFS ELAEDKENYK KFYEAFSKNL KLGIHEDSTN RRRLSELLRY HTSQSGDEMT SLSEYVSRMK ETQKSIYYIT GESKEQVANS AFVERVRKRG FEVVYMTEPI DEYCVQQLKE FDGKSLVSVT KEGLELPEDE EEKKKMEESK AKFENLCKLM KEILDKKVEK VTISNRLVSS PCCIVTSTYG WTANMERIMK AQALRDNSTM GYMMAKKHLE INPDHPIVET LRQKAEADKN DKAVKDLVVL LFETALLSSG FSLEDPQTHS NRIYRMIKLG LGIDEDEVAA EEPNAAVPDE IPPLEGDEDA SRMEEVD

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分子 #2: Hsp90 co-chaperone Cdc37

分子名称: Hsp90 co-chaperone Cdc37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Cdc37 sequence followed by HRV 3C cleavage site (LEVLFQ)
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVDYSVWDHI EVSDDEDETH PNIDTASLFR WRHQARVERM EQFQKEKEEL DRGCRECKRK VAECQRKLKE LEVAEGGKAE LERLQAEAQQ LRKEERSWEQ KLEEMRKKEK SMPWNVDTLS KDGFSKSMVN TKPEKTEEDS EEVREQKHKT FVEKYEKQIK HFGMLRRWDD ...文字列:
MVDYSVWDHI EVSDDEDETH PNIDTASLFR WRHQARVERM EQFQKEKEEL DRGCRECKRK VAECQRKLKE LEVAEGGKAE LERLQAEAQQ LRKEERSWEQ KLEEMRKKEK SMPWNVDTLS KDGFSKSMVN TKPEKTEEDS EEVREQKHKT FVEKYEKQIK HFGMLRRWDD SQKYLSDNVH LVCEETANYL VIWCIDLEVE EKCALMEQVA HQTIVMQFIL ELAKSLKVDP RACFRQFFTK IKTADRQYME GFNDELEAFK ERVRGRAKLR IEKAMKEYEE EERKKRLGPG GLDPVEVYES LPEELQKCFD VKDVQMLQDA ISKMDPTDAK YHMQRCIDSG LWVPNSKASE AKEGEEAGPG DPLLEAVPKT GDEKDVSVLE VLFQ

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分子 #3: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

分子名称: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Truncated CRaf/RAF-1 kinase domain followed by Strep Tag II sequence (WSHPQFEK) and HRV 3C cleavage site (LEVLFQ)
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GGRDSSYYWE IEASEVMLST RIGSGSFGTV YKGKWHGDVA VKILKVVDPT PEQFQAFRNE VAVLRKTRHV NILLFMGYMT KDNLAIVTQW CEGSSLYKHL HVQETKFQMF QLIDIARQTA QGMDYLHAKN IIHRDMKSNN IFLHEGLTVK IGDFGLATVK SRWSGSQQVE ...文字列:
GGRDSSYYWE IEASEVMLST RIGSGSFGTV YKGKWHGDVA VKILKVVDPT PEQFQAFRNE VAVLRKTRHV NILLFMGYMT KDNLAIVTQW CEGSSLYKHL HVQETKFQMF QLIDIARQTA QGMDYLHAKN IIHRDMKSNN IFLHEGLTVK IGDFGLATVK SRWSGSQQVE QPTGSVLWMA PEVIRMQDNN PFSFQSDVYS YGIVLYELMT GELPYSHINN RDQIIFMVGR GYASPDLSKL YKNCPKAMKR LVADCVKKVK EERPLFPQIL SSIELLQHSL PKINRLPESG WSHPQFEKLE VLFQ

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分子 #4: Serine/threonine-protein phosphatase 5

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: HRV 3C cleavage site followed by GS linker and PP5 sequence.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: GPGSMAMAEG ERTECAEPPR DEPPADGALK RAEELKTQAN DYFKAKDYEN AIKFYSQAIE LNPSNAIYYG NRSLAYLRTE CYGYALGDAT RAIELDKKYI KGYYRRAASN MALGKFRAAL RDYETVVKVK PHDKDAKMKY QECNKIVKQK AFERAIAGDE HKRSVVDSLD ...文字列:
GPGSMAMAEG ERTECAEPPR DEPPADGALK RAEELKTQAN DYFKAKDYEN AIKFYSQAIE LNPSNAIYYG NRSLAYLRTE CYGYALGDAT RAIELDKKYI KGYYRRAASN MALGKFRAAL RDYETVVKVK PHDKDAKMKY QECNKIVKQK AFERAIAGDE HKRSVVDSLD IESMTIEDEY SGPKLEDGKV TISFMKELMQ WYKDQKKLHR KCAYQILVQV KEVLSKLSTL VETTLKETEK ITVCGDTHGQ FYDLLNIFEL NGLPSETNPY IFNGDFVDRG SFSVEVILTL FGFKLLYPDH FHLLRGNAET DNMNQIYGFE GEVKAKYTAQ MYELFSEVFE WLPLAQCING KVLIMHGGLF SEDGVTLDDI RKIERNRQPP DSGPMCDLLW SDPQPQNGRS ISKRGVSCQF GPDVTKAFLE ENNLDYIIRS HEVKAEGYEV AHGGRCVTVF SAPNYCDQMG NKASYIHLQG SDLRPQFHQF TAVPHPNVKP MAYANTLLQL GMM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMKClKCl
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC9H15O6PTCEP
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample Vol: 3UL Temp: 10C Humidity: 100% WAIT TIME: 30S BLOT TIME: 3S BLOT FORCE: -2.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4160 / 平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3730385 / 詳細: Gaussian blob particle picking in cryosparc.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5fwl


詳細: 5FWL was used to fit the Hsp90 complex.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 214567
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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