[日本語] English
万見
- EMDB-29828: Cryo-EM Structure of full length Neuroligin-2 from mouse with Neu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29828
タイトルCryo-EM Structure of full length Neuroligin-2 from mouse with Neurexin-1 beta
マップデータ
試料
  • 複合体: Neuroligin-2 Dimer bound to one Neurexin-1 beta
    • タンパク質・ペプチド: Neuroligin-2
    • タンパク質・ペプチド: Neurexin-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードNeuroligin-2 / membrane protein / Neurexin-1 beta
機能・相同性
機能・相同性情報


jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / regulation of biological quality / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic specialization assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly ...jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / regulation of biological quality / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic specialization assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly / presynaptic membrane assembly / Neurexins and neuroligins / thigmotaxis / ribbon synapse / neuron cell-cell adhesion / insulin metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neurexin family protein binding / inhibitory synapse / presynapse assembly / protein localization to synapse / dopaminergic synapse / cell junction assembly / glycinergic synapse / regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / inhibitory synapse assembly / protein localization to cell surface / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of protein localization to synapse / postsynaptic specialization membrane / synaptic transmission, GABAergic / social behavior / locomotory exploration behavior / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of presynapse assembly / synapse assembly / cell adhesion molecule binding / sensory perception of pain / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / GABA-ergic synapse / modulation of chemical synaptic transmission / synapse organization / positive regulation of insulin secretion / nervous system development / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuroligin / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / : / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain ...Neuroligin / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / : / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurexin I / Neuroligin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Boyd R / Wang W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R35Gm146860 米国
Other private2022 Scholar Award
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of full length mouse Neuroligin-2 with a singe Neurexin-1 Beta at 3.92 angstroms
著者: Boyd R / Wang W
履歴
登録2023年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_29828.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.026339 - 1.5612124
平均 (標準偏差)0.0020873125 (±0.0532822)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29828_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29828_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Neuroligin-2 Dimer bound to one Neurexin-1 beta

全体名称: Neuroligin-2 Dimer bound to one Neurexin-1 beta
要素
  • 複合体: Neuroligin-2 Dimer bound to one Neurexin-1 beta
    • タンパク質・ペプチド: Neuroligin-2
    • タンパク質・ペプチド: Neurexin-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: Neuroligin-2 Dimer bound to one Neurexin-1 beta

超分子名称: Neuroligin-2 Dimer bound to one Neurexin-1 beta / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: Neuroligin-2

分子名称: Neuroligin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 95.226797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALPRCMWPN YVWRAMMACV VHRGSGAPLT LCLLGCLLQT FHVLSQKYPY DVPDYAQRGG GGPGGGAPGG PGLGLGSLGE ERFPVVNTA YGRVRGVRRE LNNEILGPVV QFLGVPYATP PLGARRFQPP EAPASWPGVR NATTLPPACP QNLHGALPAI M LPVWFTDN ...文字列:
MALPRCMWPN YVWRAMMACV VHRGSGAPLT LCLLGCLLQT FHVLSQKYPY DVPDYAQRGG GGPGGGAPGG PGLGLGSLGE ERFPVVNTA YGRVRGVRRE LNNEILGPVV QFLGVPYATP PLGARRFQPP EAPASWPGVR NATTLPPACP QNLHGALPAI M LPVWFTDN LEAAATYVQN QSEDCLYLNL YVPTEDDIRD SGKKPVMLFL HGGSYMEGTG NMFDGSVLAA YGNVIVVTLN YR LGVLGFL STGDQAAKGN YGLLDQIQAL RWLSENIAHF GGDPERITIF GSGAGASCVN LLILSHHSEG LFQKAIAQSG TAI SSWSVN YQPLKYTRLL AAKVGCDRED STEAVECLRR KSSRELVDQD VQPARYHIAF GPVVDGDVVP DDPEILMQQG EFLN YDMLI GVNQGEGLKF VEDSAESEDG VSASAFDFTV SNFVDNLYGY PEGKDVLRET IKFMYTDWAD RDNGEMRRKT LLALF TDHQ WVAPAVATAK LHADYQSPVY FYTFYHHCQA EGRPEWADAA HGDELPYVFG VPMVGATDLF PCNFSKNDVM LSAVVM TYW TNFAKTGDPN QPVPQDTKFI HTKPNRFEEV VWSKFNSKEK QYLHIGLKPR VRDNYRANKV AFWLELVPHL HNLHTEL FT TTTRLPPYAT RWPPRTPGPG TSGTRRPPPP ATLPPESDID LGPRAYDRFP GDSRDYSTEL SVTVAVGASL LFLNILAF A ALYYKRDRRQ ELRCRRLSPP GGSGSGVPGG GPLLPTAGRE LPPEEELVSL QLKRGGGVGA DPAEALRPAC PPDYTLALR RAPDDVPLLA PGALTLLPSG LGPPPPPPPP SLHPFGPFPP PPPTATSHNN TLPHPHSTTR VSNSLEVLFQ

UniProtKB: Neuroligin-2

-
分子 #2: Neurexin-1

分子名称: Neurexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.417215 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYQRMLRCGA DLGSPGGGSG GGAGGRLALI WIVPLTLGGL LGVAWGASSL GAHHIHHFHG SSKEFEQKLI SEEDLGFEID KVWHDFPAT SPIAIYRSPA SLRGGHAGTT YIFSKGGGQI TYKWPPNDRP STRADRLAIG FSTVQKEAVL VRVDSSSGLG D YLELHIHQ ...文字列:
MYQRMLRCGA DLGSPGGGSG GGAGGRLALI WIVPLTLGGL LGVAWGASSL GAHHIHHFHG SSKEFEQKLI SEEDLGFEID KVWHDFPAT SPIAIYRSPA SLRGGHAGTT YIFSKGGGQI TYKWPPNDRP STRADRLAIG FSTVQKEAVL VRVDSSSGLG D YLELHIHQ GKIGVKFNVG TDDIAIEESN AIINDGKYHV VRFTRSGGNA TLQVDSWPVI ERYPAGRQLT IFNSQATIII GG KEQGQPF QGQLSGLYYN GLKVLNMAAE NDANIAIVGN VRLVGEVPSS MTTESTATAM QSEMSTSIME TTTTLATSTA RRG KPPTKE PISQTTDDIL VASAECPSDD EDIDPCEPSS GGLANPTRVG GREPYPGSAE VIRESSSTTG MVVGIVAAAA LCIL ILLYA MYKYRNRDEG SYHVDESRNY ISNSAQSNGA VVKEKQPSSA KSANKNKKNK DKEYYV

UniProtKB: Neurexin I, Neurexin I

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMCaClCalcium Chloride
0.05 %LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 38.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 20, blot time 5s, single blot.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6615 / 平均電子線量: 90.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.6 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2964465
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3bl8

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46435
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 40000

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3blb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8g7y:
Cryo-EM Structure of full length Neuroligin-2 from mouse with Neurexin-1 beta

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る