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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2979 | |||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of suilysin prepore | |||||||||
![]() | Disulphide-locked suilysin Gly52Cys/Ser187Cys | |||||||||
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![]() | cholesterol dependent cytolysin / hemolysin / toxin | |||||||||
機能・相同性 | : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
![]() | Dudkina NV / Leung C / Lukoyanova N / Hodel AW / Farabella I / Pandurangan AP / Jahan N / Damaso MP / Osmanovic D / Reboul CF ...Dudkina NV / Leung C / Lukoyanova N / Hodel AW / Farabella I / Pandurangan AP / Jahan N / Damaso MP / Osmanovic D / Reboul CF / Dunstone MA / Andrew PW / Lonnen R / Topf M / Saibil HR / Hoogenboom BW | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Stepwise visualization of membrane pore formation by suilysin, a bacterial cholesterol-dependent cytolysin. 著者: Carl Leung / Natalya V Dudkina / Natalya Lukoyanova / Adrian W Hodel / Irene Farabella / Arun P Pandurangan / Nasrin Jahan / Mafalda Pires Damaso / Dino Osmanović / Cyril F Reboul / Michelle ...著者: Carl Leung / Natalya V Dudkina / Natalya Lukoyanova / Adrian W Hodel / Irene Farabella / Arun P Pandurangan / Nasrin Jahan / Mafalda Pires Damaso / Dino Osmanović / Cyril F Reboul / Michelle A Dunstone / Peter W Andrew / Rana Lonnen / Maya Topf / Helen R Saibil / Bart W Hoogenboom / ![]() ![]() 要旨: Membrane attack complex/perforin/cholesterol-dependent cytolysin (MACPF/CDC) proteins constitute a major superfamily of pore-forming proteins that act as bacterial virulence factors and effectors in ...Membrane attack complex/perforin/cholesterol-dependent cytolysin (MACPF/CDC) proteins constitute a major superfamily of pore-forming proteins that act as bacterial virulence factors and effectors in immune defence. Upon binding to the membrane, they convert from the soluble monomeric form to oligomeric, membrane-inserted pores. Using real-time atomic force microscopy (AFM), electron microscopy (EM), and atomic structure fitting, we have mapped the structure and assembly pathways of a bacterial CDC in unprecedented detail and accuracy, focussing on suilysin from Streptococcus suis. We show that suilysin assembly is a noncooperative process that is terminated before the protein inserts into the membrane. The resulting ring-shaped pores and kinetically trapped arc-shaped assemblies are all seen to perforate the membrane, as also visible by the ejection of its lipids. Membrane insertion requires a concerted conformational change of the monomeric subunits, with a marked expansion in pore diameter due to large changes in subunit structure and packing. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 50.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 184 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 205.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 204.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Disulphide-locked suilysin Gly52Cys/Ser187Cys | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide ...
全体 | 名称: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide lock (Gly52Cys/Ser187Cys) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide ...
超分子 | 名称: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide lock (Gly52Cys/Ser187Cys) タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The protein was incubated with lipid vesicles (PC:Cholesterol, molar ratio 45:55) for 10 minutes at 37oC. 集合状態: 37 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 2.072 MDa / 理論値: 2.072 MDa / 手法: Calculated from the molecular weight of the monomer |
-分子 #1: Suilysin
分子 | 名称: Suilysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SLY / コピー数: 37 / 集合状態: 37 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 56 KDa / 理論値: 56 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: UNIPROTKB: C6GNG6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 手法: Liposomes with the protein were applied to glow-discharged lacey carbon coated copper grids and blotted for 5 s. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000x magnification |
日付 | 2013年12月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1309 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | 37-fold symmetrised reconstruction. Image regions containing the prepores with small surrounding areas of membrane were selected manually using Boxer (EMAN 1.9) software. |
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CTF補正 | 詳細: Phase flipping for each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C37 (37回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IMAGIC, EMAN / 詳細: Final maps were calculated by BP RP in SPIDER / 使用した粒子像数: 450 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Rigid body fitting of domain models created as described in Leung et al (2014) eLife 3:e04247 |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |