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- EMDB-2979: Cryo EM structure of suilysin prepore -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2979
タイトルCryo EM structure of suilysin prepore
マップデータDisulphide-locked suilysin Gly52Cys/Ser187Cys
試料
  • 試料: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide lock (Gly52Cys/Ser187Cys)
  • タンパク質・ペプチド: Suilysin
キーワードcholesterol dependent cytolysin / hemolysin / toxin
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Dudkina NV / Leung C / Lukoyanova N / Hodel AW / Farabella I / Pandurangan AP / Jahan N / Damaso MP / Osmanovic D / Reboul CF ...Dudkina NV / Leung C / Lukoyanova N / Hodel AW / Farabella I / Pandurangan AP / Jahan N / Damaso MP / Osmanovic D / Reboul CF / Dunstone MA / Andrew PW / Lonnen R / Topf M / Saibil HR / Hoogenboom BW
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Stepwise visualization of membrane pore formation by suilysin, a bacterial cholesterol-dependent cytolysin.
著者: Carl Leung / Natalya V Dudkina / Natalya Lukoyanova / Adrian W Hodel / Irene Farabella / Arun P Pandurangan / Nasrin Jahan / Mafalda Pires Damaso / Dino Osmanović / Cyril F Reboul / Michelle ...著者: Carl Leung / Natalya V Dudkina / Natalya Lukoyanova / Adrian W Hodel / Irene Farabella / Arun P Pandurangan / Nasrin Jahan / Mafalda Pires Damaso / Dino Osmanović / Cyril F Reboul / Michelle A Dunstone / Peter W Andrew / Rana Lonnen / Maya Topf / Helen R Saibil / Bart W Hoogenboom /
要旨: Membrane attack complex/perforin/cholesterol-dependent cytolysin (MACPF/CDC) proteins constitute a major superfamily of pore-forming proteins that act as bacterial virulence factors and effectors in ...Membrane attack complex/perforin/cholesterol-dependent cytolysin (MACPF/CDC) proteins constitute a major superfamily of pore-forming proteins that act as bacterial virulence factors and effectors in immune defence. Upon binding to the membrane, they convert from the soluble monomeric form to oligomeric, membrane-inserted pores. Using real-time atomic force microscopy (AFM), electron microscopy (EM), and atomic structure fitting, we have mapped the structure and assembly pathways of a bacterial CDC in unprecedented detail and accuracy, focussing on suilysin from Streptococcus suis. We show that suilysin assembly is a noncooperative process that is terminated before the protein inserts into the membrane. The resulting ring-shaped pores and kinetically trapped arc-shaped assemblies are all seen to perforate the membrane, as also visible by the ejection of its lipids. Membrane insertion requires a concerted conformational change of the monomeric subunits, with a marked expansion in pore diameter due to large changes in subunit structure and packing.
履歴
登録2015年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月29日-
マップ公開2015年4月29日-
更新2015年4月29日-
現状2015年4月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

SlyPrepore.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Disulphide-locked suilysin Gly52Cys/Ser187Cys
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 400 pix.
= 800. Å		2 Å/pix.
x 400 pix.
= 800. Å		2 Å/pix.
x 400 pix.
= 800. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0021 / ムービー #1: 0.0021
最小 - 最大-0.01393337 - 0.0108655
平均 (標準偏差)0.0000178 (±0.00063224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-199-199-199
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 800.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z800.000800.000800.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-199-199-199
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0140.0110.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide ...

全体名称: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide lock (Gly52Cys/Ser187Cys)
要素
  • 試料: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide lock (Gly52Cys/Ser187Cys)
  • タンパク質・ペプチド: Suilysin

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超分子 #1000: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide ...

超分子名称: Suilysin prepore on liposomes trapped with engineered disulphide lock (Gly52Cys/Ser187Cys)
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The protein was incubated with lipid vesicles (PC:Cholesterol, molar ratio 45:55) for 10 minutes at 37oC.
集合状態: 37 / Number unique components: 1
分子量実験値: 2.072 MDa / 理論値: 2.072 MDa / 手法: Calculated from the molecular weight of the monomer

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分子 #1: Suilysin

分子名称: Suilysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SLY / コピー数: 37 / 集合状態: 37 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Streptococcus suis (バクテリア)
分子量実験値: 56 KDa / 理論値: 56 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta-2 / 組換プラスミド: pEHISTEV
配列UniProtKB: UNIPROTKB: C6GNG6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Liposomes with the protein were applied to glow-discharged lacey carbon coated copper grids and blotted for 5 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000x magnification
日付2013年12月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1309 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細37-fold symmetrised reconstruction. Image regions containing the prepores with small surrounding areas of membrane were selected manually using Boxer (EMAN 1.9) software.
CTF補正詳細: Phase flipping for each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C37 (37回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IMAGIC, EMAN / 詳細: Final maps were calculated by BP RP in SPIDER / 使用した粒子像数: 450

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3hvn


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Rigid body fitting of domain models created as described in Leung et al (2014) eLife 3:e04247
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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