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万見
- EMDB-2977: Time-resolved Cryo Electron Microscopy of ribosome subunit association -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2977
タイトルTime-resolved Cryo Electron Microscopy of ribosome subunit association
マップデータReconstruction of E. Coli naked 70S ribosome in non-rotated head swivel (NRS) conformation
試料
  • 試料: E. Coli 70S Ribosome
  • 複合体: 70S ribosome
キーワードtime-resolved / cryo-EM / mixing-spraying / ribosome subunit association / structural dynamics
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.1 Å
データ登録者Chen B / Kaledhonkar S / Sun M / Shen B / Lu Z / Barnard D / Lu T / Gonzalez Jr R / Frank J
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural dynamics of ribosome subunit association studied by mixing-spraying time-resolved cryogenic electron microscopy.
著者: Bo Chen / Sandip Kaledhonkar / Ming Sun / Bingxin Shen / Zonghuan Lu / David Barnard / Toh-Ming Lu / Ruben L Gonzalez / Joachim Frank /
要旨: Ribosomal subunit association is a key checkpoint in translation initiation but its structural dynamics are poorly understood. Here, we used a recently developed mixing-spraying, time-resolved, ...Ribosomal subunit association is a key checkpoint in translation initiation but its structural dynamics are poorly understood. Here, we used a recently developed mixing-spraying, time-resolved, cryogenic electron microscopy (cryo-EM) method to study ribosomal subunit association in the sub-second time range. We have improved this method and increased the cryo-EM data yield by tenfold. Pre-equilibrium states of the association reaction were captured by reacting the mixture of ribosomal subunits for 60 ms and 140 ms. We also identified three distinct ribosome conformations in the associated ribosomes. The observed proportions of these conformations are the same in these two time points, suggesting that ribosomes equilibrate among the three conformations within less than 60 ms upon formation. Our results demonstrate that the mixing-spraying method can capture multiple states of macromolecules during a sub-second reaction. Other fast processes, such as translation initiation, decoding, and ribosome recycling, are amenable to study with this method.
履歴
登録2015年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月17日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年6月17日-
現状2015年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2977.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of E. Coli naked 70S ribosome in non-rotated head swivel (NRS) conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.25 Å/pix.
x 160 pix.
= 359.216 Å		2.25 Å/pix.
x 160 pix.
= 359.216 Å		2.25 Å/pix.
x 160 pix.
= 359.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2451 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.0755519 - 0.16420616
平均 (標準偏差)0.00173643 (±0.0266394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin111
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 359.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.24512.24512.2451
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z359.216359.216359.216
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS111
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0760.1640.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. Coli 70S Ribosome

全体名称: E. Coli 70S Ribosome
要素
  • 試料: E. Coli 70S Ribosome
  • 複合体: 70S ribosome

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超分子 #1000: E. Coli 70S Ribosome

超分子名称: E. Coli 70S Ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 25 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 5 mM 2-mercaptoethanol, 3.5 mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 300 mesh copper grid with thin carbon sipport
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER
詳細: Equal volume of 1.2 microM 30S and 0.6 microM 50S (final concentration after mixing) were injected into the mixing-spraying device each at flow rate of 3 microL/s. The computer-controlled ...詳細: Equal volume of 1.2 microM 30S and 0.6 microM 50S (final concentration after mixing) were injected into the mixing-spraying device each at flow rate of 3 microL/s. The computer-controlled plunging device was purchased from Dr. Howard White (Eastern Virginia Medical School, VA).
Timed resolved state: Vitrified after spraying

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 80 K
詳細Low dose, Data was collected over two years time
日付2013年9月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 3402 / 平均電子線量: 17 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 66318 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: CT 3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The partciles were selected with Autopicker (Langlois et al., 2014), and 3D classification and reconstruction with RELION
CTF補正詳細: each Micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Arachnid, RELION, SPIDER / 使用した粒子像数: 24447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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