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- EMDB-2975: Cryo electron microscopy of yeast vacuolar ATPase proton channel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2975
タイトルCryo electron microscopy of yeast vacuolar ATPase proton channel sector
マップデータReconstruction of yeast V-ATPase membrane sector (Vo)
試料
  • 試料: Membrane sector (Vo) of yeast vacuolar ATPase
  • タンパク質・ペプチド: Vacuolar ATPase membrane sector
キーワードyeast vacuolar ATPase / proton channel sector / reversible disassembly / membrane protein
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Couoh-Cardel S / Milgrom E / Wilkens S
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Affinity Purification and Structural Features of the Yeast Vacuolar ATPase Vo Membrane Sector.
著者: Sergio Couoh-Cardel / Elena Milgrom / Stephan Wilkens /
要旨: The membrane sector (Vo) of the proton pumping vacuolar ATPase (V-ATPase, V1Vo-ATPase) from Saccharomyces cerevisiae was purified to homogeneity, and its structure was characterized by EM of single ...The membrane sector (Vo) of the proton pumping vacuolar ATPase (V-ATPase, V1Vo-ATPase) from Saccharomyces cerevisiae was purified to homogeneity, and its structure was characterized by EM of single molecules and two-dimensional crystals. Projection images of negatively stained Vo two-dimensional crystals showed a ring-like structure with a large asymmetric mass at the periphery of the ring. A cryo-EM reconstruction of Vo from single-particle images showed subunits a and d in close contact on the cytoplasmic side of the proton channel. A comparison of three-dimensional reconstructions of free Vo and Vo as part of holo V1Vo revealed that the cytoplasmic N-terminal domain of subunit a (aNT) must undergo a large conformational change upon enzyme disassembly or (re)assembly from Vo, V1, and subunit C. Isothermal titration calorimetry using recombinant subunit d and aNT revealed that the two proteins bind each other with a Kd of ~5 μm. Treatment of the purified Vo sector with 1-palmitoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-[phospho-rac-(1-glycerol)] resulted in selective release of subunit d, allowing purification of a VoΔd complex. Passive proton translocation assays revealed that both Vo and VoΔd are impermeable to protons. We speculate that the structural change in subunit a upon release of V1 from Vo during reversible enzyme dissociation plays a role in blocking passive proton translocation across free Vo and that the interaction between aNT and d seen in free Vo functions to stabilize the Vo sector for efficient reassembly of V1Vo.
履歴
登録2015年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2015年10月7日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2975.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of yeast V-ATPase membrane sector (Vo)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 80 pix.
= 209.6 Å		2.62 Å/pix.
x 80 pix.
= 209.6 Å		2.62 Å/pix.
x 80 pix.
= 209.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.31523371 - 0.42559427
平均 (標準偏差)0.00741531 (±0.0690999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 209.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.600209.600209.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.3150.4260.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Membrane sector (Vo) of yeast vacuolar ATPase

全体名称: Membrane sector (Vo) of yeast vacuolar ATPase
要素
  • 試料: Membrane sector (Vo) of yeast vacuolar ATPase
  • タンパク質・ペプチド: Vacuolar ATPase membrane sector

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超分子 #1000: Membrane sector (Vo) of yeast vacuolar ATPase

超分子名称: Membrane sector (Vo) of yeast vacuolar ATPase / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was monodisperse / Number unique components: 1
分子量実験値: 530 KDa / 理論値: 320 KDa / 手法: Small Angle X-ray Scattering

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分子 #1: Vacuolar ATPase membrane sector

分子名称: Vacuolar ATPase membrane sector / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Vo
詳細: V-ATPase membrane sector composed of subunits a, c, c', c'', d, e in the ratio 1:8:1:1:1:1
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: vacuole
分子量実験値: 530 KDa / 理論値: 320 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM TRIS-HCl, 10 mM BME, 0.5 mM EGTA, 0.1 % dodecyl-beta-D-maltoside
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon (C-flat 2/2) glow discharged in air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: 5 sec blot in cold room

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
温度最低: 97 K / 最高: 113 K / 平均: 103 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 200,000 times magnification over carbon film using live power spectrum
日付2010年11月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 57200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Particle selection with EMAN1.9/Boxer; all subsequent image analysis with IMAGIC 5.
CTF補正詳細: Each particle set (by micrograph)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, 5 / 使用した粒子像数: 12035
最終 2次元分類クラス数: 217
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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