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- EMDB-29739: Structure of ACLY-D1026A-substrates, local refinement of ASH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29739
タイトルStructure of ACLY-D1026A-substrates, local refinement of ASH domain
マップデータStructure of ACLY-D1026A-substrates, local refinement of ASH domain
試料
  • 複合体: ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate
    • タンパク質・ペプチド: ATP-citrate synthase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: COENZYME A
  • リガンド: CITRATE ANION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: (3S)-citryl-Coenzyme A
  • リガンド: water
キーワードmutant / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / citrate metabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / citrate metabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-citrate synthase / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase ...ATP-citrate synthase / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xuepeng W / Ronen M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Allosteric role of the citrate synthase homology domain of ATP citrate lyase.
著者: Xuepeng Wei / Kollin Schultz / Hannah L Pepper / Emily Megill / Austin Vogt / Nathaniel W Snyder / Ronen Marmorstein /
要旨: ATP citrate lyase (ACLY) is the predominant nucleocytosolic source of acetyl-CoA and is aberrantly regulated in many diseases making it an attractive therapeutic target. Structural studies of ACLY ...ATP citrate lyase (ACLY) is the predominant nucleocytosolic source of acetyl-CoA and is aberrantly regulated in many diseases making it an attractive therapeutic target. Structural studies of ACLY reveal a central homotetrameric core citrate synthase homology (CSH) module flanked by acyl-CoA synthetase homology (ASH) domains, with ATP and citrate binding the ASH domain and CoA binding the ASH-CSH interface to produce acetyl-CoA and oxaloacetate products. The specific catalytic role of the CSH module and an essential D1026A residue contained within it has been a matter of debate. Here, we report biochemical and structural analysis of an ACLY-D1026A mutant demonstrating that this mutant traps a (3S)-citryl-CoA intermediate in the ASH domain in a configuration that is incompatible with the formation of acetyl-CoA, is able to convert acetyl-CoA and OAA to (3S)-citryl-CoA in the ASH domain, and can load CoA and unload acetyl-CoA in the CSH module. Together, this data support an allosteric role for the CSH module in ACLY catalysis.
履歴
登録2023年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29739.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of ACLY-D1026A-substrates, local refinement of ASH domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 220 pix.
= 182.6 Å		0.83 Å/pix.
x 220 pix.
= 182.6 Å		0.83 Å/pix.
x 220 pix.
= 182.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.0807738 - 4.2212996
平均 (標準偏差)-0.0036366566 (±0.182213)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 182.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_29739_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_29739_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate

全体名称: ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate
要素
  • 複合体: ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate
    • タンパク質・ペプチド: ATP-citrate synthase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: COENZYME A
  • リガンド: CITRATE ANION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: (3S)-citryl-Coenzyme A
  • リガンド: water

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超分子 #1: ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate

超分子名称: ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 480 KDa

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分子 #1: ATP-citrate synthase

分子名称: ATP-citrate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP citrate synthase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120.940125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSAKAISEQT GKELLYKFIC TTSAIQNRFK YARVTPDTDW ARLLQDHPWL LSQNLVVKPD QLIKRRGKLG LVGVNLTLDG VKSWLKPRL GQEATVGKAT GFLKNFLIEP FVPHSQAEEF YVCIYATREG DYVLFHHEGG VDVGDVDAKA QKLLVGVDEK L NPEDIKKH ...文字列:
MSAKAISEQT GKELLYKFIC TTSAIQNRFK YARVTPDTDW ARLLQDHPWL LSQNLVVKPD QLIKRRGKLG LVGVNLTLDG VKSWLKPRL GQEATVGKAT GFLKNFLIEP FVPHSQAEEF YVCIYATREG DYVLFHHEGG VDVGDVDAKA QKLLVGVDEK L NPEDIKKH LLVHAPEDKK EILASFISGL FNFYEDLYFT YLEINPLVVT KDGVYVLDLA AKVDATADYI CKVKWGDIEF PP PFGREAY PEEAYIADLD AKSGASLKLT LLNPKGRIWT MVAGGGASVV YSDTICDLGG VNELANYGEY SGAPSEQQTY DYA KTILSL MTREKHPDGK ILIIGGSIAN FTNVAATFKG IVRAIRDYQG PLKEHEVTIF VRRGGPNYQE GLRVMGEVGK TTGI PIHVF GTETHMTAIV GMALGHRPIP NQPPTAAHTA NFLLNASGST STPAPSRTAS FSESRADEVA PAKKAKPAMP QDSVP SPRS LQGKSTTLFS RHTKAIVWGM QTRAVQGMLD FDYVCSRDEP SVAAMVYPFT GDHKQKFYWG HKEILIPVFK NMADAM RKH PEVDVLINFA SLRSAYDSTM ETMNYAQIRT IAIIAEGIPE ALTRKLIKKA DQKGVTIIGP ATVGGIKPGC FKIGNTG GM LDNILASKLY RPGSVAYVSR SGGMSNELNN IISRTTDGVY EGVAIGGDRY PGSTFMDHVL RYQDTPGVKM IVVLGEIG G TEEYKICRGI KEGRLTKPIV CWCIGTCATM FSSEVQFGHA GACANQASET AVAKNQALKE AGVFVPRSFD ELGEIIQSV YEDLVANGVI VPAQEVPPPT VPMDYSWARE LGLIRKPASF MTSICDERGQ ELIYAGMPIT EVFKEEMGIG GVLGLLWFQK RLPKYSCQF IEMCLMVTAD HGPAVSGAHN TIICARAGKD LVSSLTSGLL TIGDRFGGAL DAAAKMFSKA FDSGIIPMEF V NKMKKEGK LIMGIGHRVK SINNPDMRVQ ILKDYVRQHF PATPLLDYAL EVEKITTSKK PNLILNVAGL IGVAFVDMLR NC GSFTREE ADEYIDIGAL NGIFVLGRSM GFIGHYLDQK RLKQGLYRHP WDDISYVLPE HMSM

UniProtKB: ATP-citrate synthase

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: COENZYME A

分子名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: COA
分子量理論値: 767.534 Da
Chemical component information

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA

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分子 #4: CITRATE ANION

分子名称: CITRATE ANION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: FLC
分子量理論値: 189.1 Da
Chemical component information

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト

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分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #6: (3S)-citryl-Coenzyme A

分子名称: (3S)-citryl-Coenzyme A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Q5B
分子量理論値: 941.642 Da
Chemical component information

ChemComp-Q5B:
(3S)-citryl-Coenzyme A

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 59 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1122938
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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