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万見
- EMDB-2971: Structure and assembly of the mouse ASC filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2971
タイトルStructure and assembly of the mouse ASC filament
マップデータReconstruction of ASC-PYD filament
試料
  • 試料: Mouse ASC-PYD filament
  • タンパク質・ペプチド: mouse ASC filament
キーワードASC Apoptosis associated speck like protein containing a CARD / CARD caspase recruitment and activation domain / PYD PYRIN domain / PYHIN pyrin domain and hematopoietic expression / interferon inducibility / nuclear localization domain containing / NLR NOD like receptor / BIR Baculovirus IAP repeat domain
機能・相同性
機能・相同性情報


CLEC7A/inflammasome pathway / The NLRP3 inflammasome / Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidase activator activity involved in apoptotic process ...CLEC7A/inflammasome pathway / The NLRP3 inflammasome / Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidase activator activity involved in apoptotic process / IkappaB kinase complex / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / macropinocytosis / interleukin-6 receptor binding / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / osmosensory signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / activation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of actin filament polymerization / regulation of GTPase activity / tropomyosin binding / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of T cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phagocytosis / activation of innate immune response / positive regulation of chemokine production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-1 beta production / regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / positive regulation of JNK cascade / regulation of protein stability / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / defense response to virus / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / transmembrane transporter binding / microtubule / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein dimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / nucleolus / apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Sborgi L / Ravotti F / Dandey VP / Dick MS / Mazur A / Reckel S / Chami M / Scherer S / Bockmann A / Egelman EH ...Sborgi L / Ravotti F / Dandey VP / Dick MS / Mazur A / Reckel S / Chami M / Scherer S / Bockmann A / Egelman EH / Stahlberg H / Broz P / Meier BH / Hiller S
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structure and assembly of the mouse ASC inflammasome by combined NMR spectroscopy and cryo-electron microscopy.
著者: Lorenzo Sborgi / Francesco Ravotti / Venkata P Dandey / Mathias S Dick / Adam Mazur / Sina Reckel / Mohamed Chami / Sebastian Scherer / Matthias Huber / Anja Böckmann / Edward H Egelman / ...著者: Lorenzo Sborgi / Francesco Ravotti / Venkata P Dandey / Mathias S Dick / Adam Mazur / Sina Reckel / Mohamed Chami / Sebastian Scherer / Matthias Huber / Anja Böckmann / Edward H Egelman / Henning Stahlberg / Petr Broz / Beat H Meier / Sebastian Hiller /
要旨: Inflammasomes are multiprotein complexes that control the innate immune response by activating caspase-1, thus promoting the secretion of cytokines in response to invading pathogens and endogenous ...Inflammasomes are multiprotein complexes that control the innate immune response by activating caspase-1, thus promoting the secretion of cytokines in response to invading pathogens and endogenous triggers. Assembly of inflammasomes is induced by activation of a receptor protein. Many inflammasome receptors require the adapter protein ASC [apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase-recruitment domain (CARD)], which consists of two domains, the N-terminal pyrin domain (PYD) and the C-terminal CARD. Upon activation, ASC forms large oligomeric filaments, which facilitate procaspase-1 recruitment. Here, we characterize the structure and filament formation of mouse ASC in vitro at atomic resolution. Information from cryo-electron microscopy and solid-state NMR spectroscopy is combined in a single structure calculation to obtain the atomic-resolution structure of the ASC filament. Perturbations of NMR resonances upon filament formation monitor the specific binding interfaces of ASC-PYD association. Importantly, NMR experiments show the rigidity of the PYD forming the core of the filament as well as the high mobility of the CARD relative to this core. The findings are validated by structure-based mutagenesis experiments in cultured macrophages. The 3D structure of the mouse ASC-PYD filament is highly similar to the recently determined human ASC-PYD filament, suggesting evolutionary conservation of ASC-dependent inflammasome mechanisms.
履歴
登録2015年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2015年10月14日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2n1f
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2n1f
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2n1f
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2971.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of ASC-PYD filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 160 pix.
= 107.2 Å		0.67 Å/pix.
x 200 pix.
= 134. Å		0.67 Å/pix.
x 200 pix.
= 134. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 20.0 / ムービー #1: 25
最小 - 最大-47.816951750000001 - 81.899246219999995
平均 (標準偏差)-2.8232131 (±11.493054389999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-79
サイズ200200160
Spacing200200160
セルA: 134.0 Å / B: 134.0 Å / C: 107.200005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.670.670.67
M x/y/z200200160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z134.000134.000107.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-79
NC/NR/NS200200160
D min/max/mean-47.81781.899-2.823

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse ASC-PYD filament

全体名称: Mouse ASC-PYD filament
要素
  • 試料: Mouse ASC-PYD filament
  • タンパク質・ペプチド: mouse ASC filament

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超分子 #1000: Mouse ASC-PYD filament

超分子名称: Mouse ASC-PYD filament / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: mouse ASC filament

分子名称: mouse ASC filament / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: pLysS / 組換プラスミド: pET28a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris 300mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: vitrified by plunging into liquid nitrogen-cooled liquid ethane
手法: The grids were blotted for 1 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 21138 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt angle min: -12 / Tilt angle max: 12
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were aligned using IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 53 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IHRSR, SPIDER
CTF補正詳細: CTFFIND3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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