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万見
- EMDB-2968: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2968
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degree C. The Fab molecules were added to the virus before 37 degree C incubation.
マップデータReconstruction of Dengue Virus serotype 2 strain New Guinea-C in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 degree C. The Fab molecules were added to the virus before 37 degree incubation.
試料
  • 試料: Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with Fab fragments of human antibody 2D22 at 37 degree C.
  • ウイルス: Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: antigen-binding fragment of human antibody 2D22
キーワードdengue virus / dengue serotype 2 / human antibody / cryo-EM / neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Fibriansah G / Ibarra KD / Ng TS / Smith SA / Tan JL / Lim XN / Ooi JSG / Kostyuchenko VA / Wang J / de Silva AM ...Fibriansah G / Ibarra KD / Ng TS / Smith SA / Tan JL / Lim XN / Ooi JSG / Kostyuchenko VA / Wang J / de Silva AM / Harris E / Crowe JE / Lok SM
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: DENGUE VIRUS. Cryo-EM structure of an antibody that neutralizes dengue virus type 2 by locking E protein dimers.
著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / ...著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. ...There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. We demonstrated that DENV serotype 2 (DENV2)-specific human monoclonal antibody (HMAb) 2D22 is therapeutic in a mouse model of antibody-enhanced severe dengue disease. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HMAb 2D22 complexed with two different DENV2 strains. HMAb 2D22 binds across viral envelope (E) proteins in the dimeric structure, which probably blocks the E protein reorganization required for virus fusion. HMAb 2D22 "locks" two-thirds of or all dimers on the virus surface, depending on the strain, but neutralizes these DENV2 strains with equal potency. The epitope defined by HMAb 2D22 is a potential target for vaccines and therapeutics.
履歴
登録2015年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月15日-
マップ公開2015年7月15日-
更新2015年7月22日-
現状2015年7月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-4uih
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4uih
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Dengue Virus serotype 2 strain New Guinea-C in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 degree C. The Fab molecules were added to the virus before 37 degree incubation.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 512 pix.
= 865.28 Å		1.69 Å/pix.
x 512 pix.
= 865.28 Å		1.69 Å/pix.
x 512 pix.
= 865.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-8.583108899999999 - 10.9272337
平均 (標準偏差)-0.10779313 (±1.00290585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 865.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z865.280865.280865.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-8.58310.927-0.108

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with Fab fr...

全体名称: Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with Fab fragments of human antibody 2D22 at 37 degree C.
要素
  • 試料: Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with Fab fragments of human antibody 2D22 at 37 degree C.
  • ウイルス: Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: antigen-binding fragment of human antibody 2D22

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超分子 #1000: Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with Fab fr...

超分子名称: Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with Fab fragments of human antibody 2D22 at 37 degree C.
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The Fab molecules were mixed with the virus before 37 degree C incubation
Number unique components: 2

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超分子 #1: Dengue Virus serotype 2

超分子名称: Dengue Virus serotype 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Dengue Virus serotype 2 / Sci species strain: New Guinea-C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 組換細胞: C6/36

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分子 #1: antigen-binding fragment of human antibody 2D22

分子名称: antigen-binding fragment of human antibody 2D22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 120 copies of Fab molecules bind to virus surface / コピー数: 120 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: memory B-cells

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA
グリッド詳細: ultra-thin carbon-coated lacey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: blotted with filter paper for 2 seconds prior to snap freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 100 K
日付2014年6月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 168 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0036 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were manually selected
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2, MPSA / 使用した粒子像数: 4288

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4uif


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: C / Chain - #2 - Chain ID: E / Chain - #3 - Chain ID: I / Chain - #4 - Chain ID: J / Chain - #5 - Chain ID: K / Chain - #6 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Program O
詳細The protein molecules were fitted by manual docking using program O
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4uih:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degree C. The Fab molecules were added to the virus before 37 degree C incubation.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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