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- EMDB-29665: Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29665
タイトルCryo-EM structure of Nav1.7 with CBD
マップデータ
試料
  • 複合体: Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with beta subunits
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: cannabidiol
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードCryo-EM / sodium channel / VGSC / Nav1.7 / CBD / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / action potential propagation / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / cardiac conduction / regulation of sodium ion transmembrane transport ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / action potential propagation / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / cardiac conduction / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / axon initial segment / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / locomotion / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / behavioral response to pain / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / membrane depolarization / intercalated disc / sodium channel regulator activity / neuronal action potential / cardiac muscle contraction / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / sodium ion transmembrane transport / axon guidance / post-embryonic development / positive regulation of neuron projection development / response to toxic substance / circadian rhythm / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / nervous system development / response to heat / gene expression / chemical synaptic transmission / perikaryon / transmembrane transporter binding / cell adhesion / inflammatory response / axon / synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-2 / Sodium channel regulatory subunit beta-1 / Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fan X / Huang J / Yan N
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cannabidiol inhibits Na channels through two distinct binding sites.
著者: Jian Huang / Xiao Fan / Xueqin Jin / Sooyeon Jo / Hanxiong Bear Zhang / Akie Fujita / Bruce P Bean / Nieng Yan /
要旨: Cannabidiol (CBD), a major non-psychoactive phytocannabinoid in cannabis, is an effective treatment for some forms of epilepsy and pain. At high concentrations, CBD interacts with a huge variety of ...Cannabidiol (CBD), a major non-psychoactive phytocannabinoid in cannabis, is an effective treatment for some forms of epilepsy and pain. At high concentrations, CBD interacts with a huge variety of proteins, but which targets are most relevant for clinical actions is still unclear. Here we show that CBD interacts with Na1.7 channels at sub-micromolar concentrations in a state-dependent manner. Electrophysiological experiments show that CBD binds to the inactivated state of Na1.7 channels with a dissociation constant of about 50 nM. The cryo-EM structure of CBD bound to Na1.7 channels reveals two distinct binding sites. One is in the IV-I fenestration near the upper pore. The other binding site is directly next to the inactivated "wedged" position of the Ile/Phe/Met (IFM) motif on the short linker between repeats III and IV, which mediates fast inactivation. Consistent with producing a direct stabilization of the inactivated state, mutating residues in this binding site greatly reduced state-dependent binding of CBD. The identification of this binding site may enable design of compounds with improved properties compared to CBD itself.
履歴
登録2023年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 356.48 Å		1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 356.48 Å		1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 356.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-2.3011158 - 3.8038425
平均 (標準偏差)-0.0021179614 (±0.06399383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 356.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29665_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29665_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29665_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with beta subunits

全体名称: Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with beta subunits
要素
  • 複合体: Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with beta subunits
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: cannabidiol
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

+
超分子 #1: Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with beta subunits

超分子名称: Human voltage-gated sodium channel Nav1.7 with beta subunits
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 9 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 226.620047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAMLPPPGPQ SFVHFTKQSL ALIEQRIAER KSKEPKEEKK DDDEEAPKPS SDLEAGKQLP FIYGDIPPGM VSEPLEDLDP YYADKKTFI VLNKGKTIFR FNATPALYML SPFSPLRRIS IKILVHSLFS MLIMCTILTN CIFMTMNNPP DWTKNVEYTF T GIYTFESL ...文字列:
MAMLPPPGPQ SFVHFTKQSL ALIEQRIAER KSKEPKEEKK DDDEEAPKPS SDLEAGKQLP FIYGDIPPGM VSEPLEDLDP YYADKKTFI VLNKGKTIFR FNATPALYML SPFSPLRRIS IKILVHSLFS MLIMCTILTN CIFMTMNNPP DWTKNVEYTF T GIYTFESL VKILARGFCV GEFTFLRDPW NWLDFVVIVF AYLTEFVNLG NVSALRTFRV LRALKTISVI PGLKTIVGAL IQ SVKKLSD VMILTVFCLS VFALIGLQLF MGNLKHKCFR NSLENNETLE SIMNTLESEE DFRKYFYYLE GSKDALLCGF STD SGQCPE GYTCVKIGRN PDYGYTSFDT FSWAFLALFR LMTQDYWENL YQQTLRAAGK TYMIFFVVVI FLGSFYLINL ILAV VAMAY EEQNQANIEE AKQKELEFQQ MLDRLKKEQE EAEAIAAAAA EYTSIRRSRI MGLSESSSET SKLSSKSAKE RRNRR KKKN QKKLSSGEEK GDAEKLSKSE SEDSIRRKSF HLGVEGHRRA HEKRLSTPNQ SPLSIRGSLF SARRSSRTSL FSFKGR GRD IGSETEFADD EHSIFGDNES RRGSLFVPHR PQERRSSNIS QASRSPPMLP VNGKMHSAVD CNGVVSLVDG RSALMLP NG QLLPEVIIDK ATSDDSGTTN QIHKKRRCSS YLLSEDMLND PNLRQRAMSR ASILTNTVEE LEESRQKCPP WWYRFAHK F LIWNCSPYWI KFKKCIYFIV MDPFVDLAIT ICIVLNTLFM AMEHHPMTEE FKNVLAIGNL VFTGIFAAEM VLKLIAMDP YEYFQVGWNI FDSLIVTLSL VELFLADVEG LSVLRSFRLL RVFKLAKSWP TLNMLIKIIG NSVGALGNLT LVLAIIVFIF AVVGMQLFG KSYKECVCKI NDDCTLPRWH MNDFFHSFLI VFRVLCGEWI ETMWDCMEVA GQAMCLIVYM MVMVIGNLVV L NLFLALLL SSFSSDNLTA IEEDPDANNL QIAVTRIKKG INYVKQTLRE FILKAFSKKP KISREIRQAE DLNTKKENYI SN HTLAEMS KGHNFLKEKD KISGFGSSVD KHLMEDSDGQ SFIHNPSLTV TVPIAPGESD LENMNAEELS SDSDSEYSKV RLN RSSSSE CSTVDNPLPG EGEEAEAEPM NSDEPEACFT DGCVWRFSCC QVNIESGKGK IWWNIRKTCY KIVEHSWFES FIVL MILLS SGALAFEDIY IERKKTIKII LEYADKIFTY IFILEMLLKW IAYGYKTYFT NAWCWLDFLI VDVSLVTLVA NTLGY SDLG PIKSLRTLRA LRPLRALSRF EGMRVVVNAL IGAIPSIMNV LLVCLIFWLI FSIMGVNLFA GKFYECINTT DGSRFP ASQ VPNRSECFAL MNVSQNVRWK NLKVNFDNVG LGYLSLLQVA TFKGWTIIMY AAVDSVNVDK QPKYEYSLYM YIYFVVF II FGSFFTLNLF IGVIIDNFNQ QKKKLGGQDI FMTEEQKKYY NAMKKLGSKK PQKPIPRPGN KIQGCIFDLV TNQAFDIS I MVLICLNMVT MMVEKEGQSQ HMTEVLYWIN VVFIILFTGE CVLKLISLRH YYFTVGWNIF DFVVVIISIV GMFLADLIE TYFVSPTLFR VIRLARIGRI LRLVKGAKGI RTLLFALMMS LPALFNIGLL LFLVMFIYAI FGMSNFAYVK KEDGINDMFN FETFGNSMI CLFQITTSAG WDGLLAPILN SKPPDCDPKK VHPGSSVEGD CGNPSVGIFY FVSYIIISFL VVVNMYIAVI L ENFSVATE ESTEPLSEDD FEMFYEVWEK FDPDATQFIE FSKLSDFAAA LDPPLLIAKP NKVQLIAMDL PMVSGDRIHC LD ILFAFTK RVLGESGEMD SLRSQMEERF MSANPSKVSY EPITTTLKRK QEDVSATVIQ RAYRRYRLRQ NVKNISSIYI KDG DRDDDL LNKKDMAFDN VNENSSPEKT DATSSTTSPP SYDSVTKPDK EKYEQDRTEK EDKGKDSKES KK

UniProtKB: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

+
分子 #2: Sodium channel subunit beta-1

分子名称: Sodium channel subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.732115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV ...文字列:
MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV VLTIWLVAEM IYCYKKIAAA TETAAQENAS EYLAITSESK ENCTGVQVAE

UniProtKB: Sodium channel regulatory subunit beta-1

+
分子 #3: Sodium channel subunit beta-2

分子名称: Sodium channel subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.355859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG ...文字列:
MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG FLAVVILVLM VVKCVRRKKE QKLSTDDLKT EEEGKTDGEG NPDDGAK

UniProtKB: Sodium channel regulatory subunit beta-2

+
分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #6: cannabidiol

分子名称: cannabidiol / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: P0T
分子量理論値: 314.462 Da
Chemical component information

ChemComp-P0T:
cannabidiol / カンナビジオ-ル

+
分子 #7: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

+
分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #9: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

+
分子 #10: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 13 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / [O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン

+
分子 #11: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 488974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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