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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29629 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B) | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Release factor 3 / termination complex / cryo-EM / tRNA / RIBOSOME | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rybak MY / Li L / Lin J / Gagnon MG | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: The ribosome termination complex remodels release factor RF3 and ejects GDP 著者: Li L / Rybak MY / Lin J / Gagnon MG | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29629.map.gz | 255.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29629-v30.xml emd-29629.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29629.png | 179.6 KB | ||
マスクデータ | emd_29629_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29629.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_29629_additional_1.map.gz emd_29629_half_map_1.map.gz emd_29629_half_map_2.map.gz | 431.2 MB 475.2 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29629 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29629_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29629_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29629_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29629_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29629 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29629_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome...
ファイル | emd_29629_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B). Sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome...
ファイル | emd_29629_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B). Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome...
ファイル | emd_29629_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B). Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-G...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-G...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (State II-B) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
分子量 | 理論値: 2.6 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9810 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.44 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |