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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B) | ||||||||||||
![]() | Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | release factor 1 / release factor 3 / termination complex / cryo-EM / tRNA / RIBOSOME | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / GDP binding / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Rybak MY / Li L / Lin J / Gagnon MG | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The ribosome termination complex remodels release factor RF3 and ejects GDP 著者: Li L / Rybak MY / Lin J / Gagnon MG | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 434.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 82.6 KB 82.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 171.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 16.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 434.5 MB 434.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1015.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1014.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fzdMC ![]() 8fzeC ![]() 8fzfC ![]() 8fzgC ![]() 8fzhC ![]() 8fziC ![]() 8fzjC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome...
ファイル | emd_29620_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B). Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome...
ファイル | emd_29620_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B). Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination ...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination ...
+分子 #1: 16S Ribosomal RNA
+分子 #22: P-site phenylalanyl-tRNA
+分子 #23: P-site phenylalanyl-tRNA
+分子 #24: F-UAA mRNA
+分子 #27: 23S Ribosomal RNA
+分子 #28: 5S Ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #25: Peptide chain release factor 1
+分子 #26: Peptide chain release factor RF3
+分子 #29: 50S ribosomal protein L2
+分子 #30: 50S ribosomal protein L3
+分子 #31: 50S ribosomal protein L4
+分子 #32: 50S ribosomal protein L5
+分子 #33: 50S ribosomal protein L6
+分子 #34: 50S ribosomal protein L9
+分子 #35: 50S ribosomal protein L10
+分子 #36: 50S ribosomal protein L11
+分子 #37: 50S ribosomal protein L13
+分子 #38: 50S ribosomal protein L14
+分子 #39: 50S ribosomal protein L15
+分子 #40: 50S ribosomal protein L16
+分子 #41: 50S ribosomal protein L17
+分子 #42: 50S ribosomal protein L18
+分子 #43: 50S ribosomal protein L19
+分子 #44: 50S ribosomal protein L20
+分子 #45: Ribosomal protein L21
+分子 #46: 50S ribosomal protein L22
+分子 #47: 50S ribosomal protein L23
+分子 #48: 50S ribosomal protein L24
+分子 #49: 50S ribosomal protein L25
+分子 #50: 50S ribosomal protein L27
+分子 #51: 50S ribosomal protein L28
+分子 #52: 50S ribosomal protein L29
+分子 #53: 50S ribosomal protein L30
+分子 #54: 50S ribosomal protein L31
+分子 #55: 50S ribosomal protein L32
+分子 #56: 50S ribosomal protein L33
+分子 #57: 50S ribosomal protein L34
+分子 #58: 50S ribosomal protein L35
+分子 #59: 50S ribosomal protein L36
+分子 #60: MAGNESIUM ION
+分子 #61: ZINC ION
+分子 #62: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: EPU (ver. 2.11.1) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10284 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8fzd: |