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- EMDB-29596: MicroED structure of Proteinase K from nitrogen milled lamellae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29596
タイトルMicroED structure of Proteinase K from nitrogen milled lamellae
マップデータRefined map of proteinase K milled using a nitrogen beam
試料
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Martynowycz MW / Shiriaeva A / Clabbers MTB / Nicolas WJ / Weaver SJ / Hattne J / Gonen T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A robust approach for MicroED sample preparation of lipidic cubic phase embedded membrane protein crystals.
著者: Michael W Martynowycz / Anna Shiriaeva / Max T B Clabbers / William J Nicolas / Sara J Weaver / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: Crystallizing G protein-coupled receptors (GPCRs) in lipidic cubic phase (LCP) often yields crystals suited for the cryogenic electron microscopy (cryoEM) method microcrystal electron diffraction ...Crystallizing G protein-coupled receptors (GPCRs) in lipidic cubic phase (LCP) often yields crystals suited for the cryogenic electron microscopy (cryoEM) method microcrystal electron diffraction (MicroED). However, sample preparation is challenging. Embedded crystals cannot be targeted topologically. Here, we use an integrated fluorescence light microscope (iFLM) inside of a focused ion beam and scanning electron microscope (FIB-SEM) to identify fluorescently labeled GPCR crystals. Crystals are targeted using the iFLM and LCP is milled using a plasma focused ion beam (pFIB). The optimal ion source for preparing biological lamellae is identified using standard crystals of proteinase K. Lamellae prepared using either argon or xenon produced the highest quality data and structures. MicroED data are collected from the milled lamellae and the structures are determined. This study outlines a robust approach to identify and mill membrane protein crystals for MicroED and demonstrates plasma ion-beam milling is a powerful tool for preparing biological lamellae.
履歴
登録2023年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined map of proteinase K milled using a nitrogen beam
ボクセルのサイズX: 0.44747 Å / Y: 0.44747 Å / Z: 0.44529 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-2.6142273 - 9.355891
平均 (標準偏差)0.00014583784 (±0.9690122)
対称性空間群: 96
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-97-62-9
サイズ121127113
Spacing150150240
セルA: 67.12 Å / B: 67.12 Å / C: 106.87 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteinase K

全体名称: Proteinase K
要素
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Proteinase K

超分子名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.9 KDa

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分子 #1: Proteinase K

分子名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.958791 KDa
配列文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列:
AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTDI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 237 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA PLUNGER
詳細Milled microcrystals

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 / 回折像の数: 840 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 0.001 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / カメラ長: 1202 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Binned by 2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 569407 / Number structure factors: 64974 / Fourier space coverage: 87.58 / R sym: 0.073 / R merge: 0.236 / Overall phase error: 30 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: None / High resolution: 0.87 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.87 Å / 殻 - Low resolution: 0.9 Å / 殻 - Number structure factors: 2783 / 殻 - Phase residual: 30 / 殻 - Fourier space coverage: 37.64 / 殻 - Multiplicity: 2.1

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 8.17 / 当てはまり具合の基準: Maximum likelihood
得られたモデル

PDB-8fys:
MicroED structure of Proteinase K from nitrogen milled lamellae

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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