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- EMDB-29323: Structure of RdrA from Escherichia coli RADAR defense system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29323
タイトルStructure of RdrA from Escherichia coli RADAR defense system
マップデータE. coli RdrA no split map
試料
  • 複合体: E. coli RdrA complex
    • タンパク質・ペプチド: Archaeal ATPase
キーワードanti-phage defense / ATPase / RADAR / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Archaeal ATPase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Duncan-Lowey B / Johnson AG / Rawson S / Mayer ML / Kranzusch PJ
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
The Pew Charitable Trusts 米国
Burroughs Wellcome Fund 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
The Pew Charitable Trusts 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the RADAR supramolecular anti-phage defense complex.
著者: Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie ...著者: Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie Mehlman / Gil Amitai / Rotem Sorek / Philip J Kranzusch /
要旨: RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing ...RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing RdrA as a heptameric, two-layered AAA+ ATPase and RdrB as a dodecameric, hollow complex with twelve surface-exposed deaminase active sites. RdrA and RdrB join to form a giant assembly up to 10 MDa, with RdrA docked as a funnel over the RdrB active site. Surprisingly, our structures reveal an RdrB active site that targets mononucleotides. We show that RdrB catalyzes ATP-to-ITP conversion in vitro and induces the massive accumulation of inosine mononucleotides during phage infection in vivo, limiting phage replication. Our results define ATP mononucleotide deamination as a determinant of RADAR immunity and reveal supramolecular assembly of a nucleotide-modifying machine as a mechanism of anti-phage defense.
履歴
登録2022年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli RdrA no split map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 343.2 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 343.2 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 343.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-2.9870303 - 4.641412
平均 (標準偏差)-0.0010620201 (±0.12166739)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 343.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: E. coli RdrA no split half map A

ファイルemd_29323_half_map_1.map
注釈E. coli RdrA no split half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E. coli RdrA no split half map B

ファイルemd_29323_half_map_2.map
注釈E. coli RdrA no split half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli RdrA complex

全体名称: E. coli RdrA complex
要素
  • 複合体: E. coli RdrA complex
    • タンパク質・ペプチド: Archaeal ATPase

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超分子 #1: E. coli RdrA complex

超分子名称: E. coli RdrA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Archaeal ATPase

分子名称: Archaeal ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 107.226594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDSVQTETT KGKIIINLFA PNLSGSTKED DLIQKSLRDQ LVESIRNSIA YPDTDKFAGL TRFIDEPGRN VFFVDGTRGA GKTTFINSV VKSLNSDQDD VKVNIKCLPT IDPTKLPRHE PILVTVTARL NKMVSDKLKG YWASNDYRKQ KEQWQNHLAQ L QRGLHLLT ...文字列:
MTDSVQTETT KGKIIINLFA PNLSGSTKED DLIQKSLRDQ LVESIRNSIA YPDTDKFAGL TRFIDEPGRN VFFVDGTRGA GKTTFINSV VKSLNSDQDD VKVNIKCLPT IDPTKLPRHE PILVTVTARL NKMVSDKLKG YWASNDYRKQ KEQWQNHLAQ L QRGLHLLT DKEYKPEYFS DALKLDAQLD YSIGGQDLSE IFEELVKRAC EILDCKAILI TFDDIDTQFD AGWDVLESIR KF FNSRKLV VVATGDLRLY SQLIRGKQYE NYSKTLLEQE KESVRLAERG YMVEHLEQQY LLKLFPVQKR IQLKTMLQLV GEK GKAGKE EIKVKTEPSM QDIDAIDVRQ AIGDAVREGL NLREGSDADM YVNELLKQPV RLLMQVLQDF YTKKYHATSV KLDG KQSRN ERPDELSVPN LLRNALYGSM LSNIYRAGLN YEQHRFGMDS LCKDIFTYVK QDRDFNTGFY LRPQSESEAL RNCSI YLAS QVSENCQGSL SKFLQMLLVG CGSVSIFNQF VTELARAEND REKFEQLISE YVAYMSVGRI ESASHWANRC CAVVAN SPN DEKIGVFLGM VQLNRKSRQN MPEGYKKFNI DTENGLAKAA MASSLSTVAS NNLMDFCSVF NLIGAIADIS ACRCERS AI TNAFNKVIAQ TTCIVPPWSE AAVRAEMKGS SKSADNDAAV LDVDLDPKDD GVIDESQQDD ATEFSDAITK VEQWLKNV N EIEIGIRPSA LLIGKVWSRF YFNLNNVADQ HKTRLYRNAE HGRMASQSNA AKIMRFNVLA FLHAVLVEES LYHSVSDRE YIGEGLRLNP VTSVDEFEKK IKIIGEKLKA DNKTWKNTHP LFFLLISCPI LHPFIFPIGG INCSVKALNK ETSFNKLIDE IVGDKLLSD EEWDYLTKNN DQKTNTRQQI FQNTITSLNS STIVGASYDK DTPARKTKSP SLGDSEEK

UniProtKB: Archaeal ATPase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
50.0 mMHEPES
1.0 mMTCEP
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 472729
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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