[日本語] English
万見
- EMDB-29279: Cryo-EM structure of a group II intron immediately before branching -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29279
タイトルCryo-EM structure of a group II intron immediately before branching
マップデータ
試料
  • 複合体: Group IIB intron in complex with its maturase protein
    • RNA: Group II Intron
    • タンパク質・ペプチド: Maturase reverse transcriptase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードgroup II intron / splicing / branching / maturase / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase, N-terminal domain / N-terminal domain of reverse transcriptase / Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / : / HNH nucleases / HNH nuclease ...Reverse transcriptase, N-terminal domain / N-terminal domain of reverse transcriptase / Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / : / HNH nucleases / HNH nuclease / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maturase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Haack DB / Rudolfs BG / Zhang C / Lyumkis D / Toor N
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of branching during RNA splicing.
著者: Daniel B Haack / Boris Rudolfs / Cheng Zhang / Dmitry Lyumkis / Navtej Toor /
要旨: Branching is a critical step in RNA splicing that is essential for 5' splice site selection. Recent spliceosome structures have led to competing models for the recognition of the invariant adenosine ...Branching is a critical step in RNA splicing that is essential for 5' splice site selection. Recent spliceosome structures have led to competing models for the recognition of the invariant adenosine at the branch point. However, there are no structures of any splicing complex with the adenosine nucleophile docked in the active site and positioned to attack the 5' splice site. Thus we lack a mechanistic understanding of adenosine selection and splice site recognition during RNA splicing. Here we present a cryo-electron microscopy structure of a group II intron that reveals that active site dynamics are coupled to the formation of a base triple within the branch-site helix that positions the 2'-OH of the adenosine for nucleophilic attack on the 5' scissile phosphate. This structure, complemented with biochemistry and comparative analyses to splicing complexes, supports a base triple model of adenosine recognition for branching within group II introns and the evolutionarily related spliceosome.
履歴
登録2022年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_29279.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 336 pix.
= 386.4 Å		1.15 Å/pix.
x 336 pix.
= 386.4 Å		1.15 Å/pix.
x 336 pix.
= 386.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.8479088 - 1.6336483
平均 (標準偏差)0.0008706103 (±0.045878638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 386.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29279_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29279_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Group IIB intron in complex with its maturase protein

全体名称: Group IIB intron in complex with its maturase protein
要素
  • 複合体: Group IIB intron in complex with its maturase protein
    • RNA: Group II Intron
    • タンパク質・ペプチド: Maturase reverse transcriptase
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Group IIB intron in complex with its maturase protein

超分子名称: Group IIB intron in complex with its maturase protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)

-
分子 #1: Group II Intron

分子名称: Group II Intron / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)
分子量理論値: 289.257938 KDa
配列文字列: CCCAGGGUUG GCCGAGCGUU GCGACGCGAA AGCUAGCCAG AUGAUUGUCC CACUAGCCCA ACAAGCUAGA ACGGGACCGG UUGUUCCCC CAACCGUAGC CUAGGGAGGC AUGCGUGACU GGUAACGGUC AGGUGUGAAG CCCUCCCGAC AAUGUAGCCC G AACCGCAA ...文字列:
CCCAGGGUUG GCCGAGCGUU GCGACGCGAA AGCUAGCCAG AUGAUUGUCC CACUAGCCCA ACAAGCUAGA ACGGGACCGG UUGUUCCCC CAACCGUAGC CUAGGGAGGC AUGCGUGACU GGUAACGGUC AGGUGUGAAG CCCUCCCGAC AAUGUAGCCC G AACCGCAA GGUUGAAGCU GAAUCCGUGA GGAGGAAGCA ACUUCACCAG UGUCAGGUGA UAGGGAACUA GGCUUGAGGG UA UGGUGAG CACAUGCGAA GUGAUGUCAG AAGCCUCGUC ACAGACCAAC AGGCCAAAGA CACUGAUAGG CCUGAGCCAA AAC GGCAAA UGGAUAGGCU ACAUCGCUCG CUCGUCGGUG UACGGGGACG UCAAUCCAUC GGGGCACAGU CACCACCUAA CCCC UCGUG UCAUCUGGUU GGAACGCGGU AAGCCCGUAU CCUCGCCUUG AACACUCAAG GCAGGCAAAC CUUCGGGAAU GCUGA UGGG GGUGCGGGUA UGGGAUGCAG GAGAAAGCGA AUGCCGGUCU GUAAUGGACC GGAUAGGGGU UGAGGAGACA AUCCAA CAU CACCCCGCCC GAAAGGGAGC AGACUUCCUG CUGGUCUCUC UUUGCGAGAU AGCCUGUAGA ACCUCUUGAA UGGAGAC AA GGCAAAUGGC AGUGGAACAA ACCACUGGUG CGGUCACCAA CCAAACGGAA ACAAGCUGGC ACAGCAUAGA CUGGGCCA A AGCCAACCGU GAGGUAAAGA GGCUGCAAGU GCGUAUCGCA AAGGCGUUCG CGCCGGUUCC UCUUGAAAGA GGGGCUUUG AGAGGCCUGA GCCGGAUGUG GGGAAACUCA CAAGUCCGGU UCUUAGGGGG CGGGGAUGGC AUUCGUGCCU CCCUGCUACC CGGCGAUGA GGCA

-
分子 #2: Maturase reverse transcriptase

分子名称: Maturase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)
分子量理論値: 65.065121 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: METRQMAVEQ TTGAVTNQTE TSWHSIDWAK ANREVKRLQV RIAKAVKEGR WGKVKALQWL LTHSFYGKAL AVKRVTDNSG SKTPGVDGI TWSTQEQKAQ AIKSLRRRGY KPQPLRRVYI PKASGKQRPL GIPTTKDRAM QALYALALEP VAETTADRNS Y GFRQGRCT ...文字列:
METRQMAVEQ TTGAVTNQTE TSWHSIDWAK ANREVKRLQV RIAKAVKEGR WGKVKALQWL LTHSFYGKAL AVKRVTDNSG SKTPGVDGI TWSTQEQKAQ AIKSLRRRGY KPQPLRRVYI PKASGKQRPL GIPTTKDRAM QALYALALEP VAETTADRNS Y GFRQGRCT ADAAGQCFTV LGRSDCAKYI LDADITGCFD NISHEWLLDN IPLDKEVLRK WLKSGFVWKQ QLFPTHAGTP QG GVISPML ANMTLDGMEE LLKKHLRKQK VNLIRYADDF VVTGESKETL EKVTTVIQEF LKERGLTLSE EKTKVVHIEE GFD FLGWNI RKYGEKLLIK PAKKNIKAFH KKIRDALKEL RTATQEAVID TLNPIIKGWA NYHRNQVSKR IFNRADDNIW HKLW RWAKR RHPNKPARWT KNKYFIKIGN RHWVFGTWKK DKEGRLRSRY LIKAGDTRIQ RHVKIKADAN PFLPEWAEYF EERKK LKEA PAQYRRIRRE LWKKQGGICP VCGGEIEQDM LTEIHHILPK HKGGSDDLDN LVLIHANCHK QVHSRDGQHS RFLLKE GL

UniProtKB: Maturase reverse transcriptase

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 31.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6mec

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38881
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る