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- EMDB-29238: Local refinement of MceG in Msmeg Mce1 transporter in the absence... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29238
タイトルLocal refinement of MceG in Msmeg Mce1 transporter in the absence of LucB (Map2a)
マップデータConstituent Map2a used to in composite Map2. Map was generated by locally refining Class2 particles that were re-centered and extracted with a smaller boxsize (360 px).
試料
  • 複合体: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1A
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1B
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1C
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1D
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1E
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1F
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding protein MceG
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding protein MceG
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease protein YrbE1A
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease protein YrbE1B
キーワードMembrane protein complex / ABC transporter / Virulence factor / Lipid transport / MEMBRANE PROTEIN
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Chen J / Bhabha G / Ekiert DC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)PEW-00033055 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure of an endogenous mycobacterial MCE lipid transporter.
著者: James Chen / Alice Fruhauf / Catherine Fan / Jackeline Ponce / Beatrix Ueberheide / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
要旨: To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence ...To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence factors in M. tuberculosis, where they are encoded by large gene clusters and have been implicated in the transport of fatty acids and cholesterol across the impermeable mycobacterial cell envelope. Very little is known about how cargos are transported across this barrier, and it remains unclear how the approximately ten proteins encoded by a mycobacterial mce gene cluster assemble to transport cargo across the cell envelope. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the endogenous Mce1 lipid-import machine of Mycobacterium smegmatis-a non-pathogenic relative of M. tuberculosis. The structure reveals how the proteins of the Mce1 system assemble to form an elongated ABC transporter complex that is long enough to span the cell envelope. The Mce1 complex is dominated by a curved, needle-like domain that appears to be unrelated to previously described protein structures, and creates a protected hydrophobic pathway for lipid transport across the periplasm. Our structural data revealed the presence of a subunit of the Mce1 complex, which we identified using a combination of cryo-EM and AlphaFold2, and name LucB. Our data lead to a structural model for Mce1-mediated lipid import across the mycobacterial cell envelope.
履歴
登録2022年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29238.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Constituent Map2a used to in composite Map2. Map was generated by locally refining Class2 particles that were re-centered and extracted with a smaller boxsize (360 px).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.18 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.18 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.18 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8255 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.7700188 - 1.2455974
平均 (標準偏差)0.00042125784 (±0.02100444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.18 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A for Map2a

ファイルemd_29238_half_map_1.map
注釈Half map A for Map2a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B for Map2a

ファイルemd_29238_half_map_2.map
注釈Half map B for Map2a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF)...

全体名称: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
要素
  • 複合体: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1A
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1B
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1C
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1D
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1E
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein Mce1F
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding protein MceG
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding protein MceG
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease protein YrbE1A
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease protein YrbE1B

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超分子 #1: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF)...

超分子名称: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex was isolated directly from Mycobacterium smegmatis by pulling down MceG-GFP using GFP-affinity purification and size exclusion chromatography
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Virulence factor Mce family protein Mce1A

分子名称: Virulence factor Mce family protein Mce1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTEPPAPTAP LNKPKTPPYK LAGLILGLVG VLVLALTWMQ FRGQFEDKVQ LTVLSGRAGL SMDPGSKVTF NGVPIGRLAS IDVVEVDDNP EARLTLDVDP KYLDLIPENA NVELRATTVF GNKYISFLSP KNPSAERLSA STPIRAQGVT TEFNTLFETI TAISEQVDPI ...文字列:
MTEPPAPTAP LNKPKTPPYK LAGLILGLVG VLVLALTWMQ FRGQFEDKVQ LTVLSGRAGL SMDPGSKVTF NGVPIGRLAS IDVVEVDDNP EARLTLDVDP KYLDLIPENA NVELRATTVF GNKYISFLSP KNPSAERLSA STPIRAQGVT TEFNTLFETI TAISEQVDPI KLNETLTAAA QALDGLGDKF GRSIVDGNAI LADVNPRMPQ IRRDITGLAN LGEVYADASP DLFDGLDNAV TTARTLNEQR GNLDQALVAA VGFGNTGGDI FERGGPYLVR GAQDLLPTSA LLDEYSPALF CTIRNYHDAA PKLAGALGGN GYSLLTNSLV VGVGNPYVYP DNLPRVNAKG GPEGRPGCWQ PITRDLWPFP YLVMDTGASI APYNHFELGQ PMFAEYVWGR QVGENTINP

+
分子 #2: Virulence factor Mce family protein Mce1B

分子名称: Virulence factor Mce family protein Mce1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSIKGTLFKL GIFSLVLLTF TALIFVVFGQ IRFNRTTEYS AIFKNVSGLR DGQFVRAAGV EVGKVKSVDL INGGEQAEVK FTVERSLPLF QETTAAIRYQ DLIGNRYLEL KRGDSDQILP PGSTIPVERT EPALDLDALV GGFRPLFRSL EPEKVNTIAT SLITIFQGQG ...文字列:
MSIKGTLFKL GIFSLVLLTF TALIFVVFGQ IRFNRTTEYS AIFKNVSGLR DGQFVRAAGV EVGKVKSVDL INGGEQAEVK FTVERSLPLF QETTAAIRYQ DLIGNRYLEL KRGDSDQILP PGSTIPVERT EPALDLDALV GGFRPLFRSL EPEKVNTIAT SLITIFQGQG GTINDILDQT AQLTASLADR DQAIGEVIKN LNTVLDTTVR HQKQFDETLV NFETLITGLK NRADPIATSV ADISDAAGSL ADLLSDNRPL LKDTIGYLDV IQAPLVEQKQ EVSDILVQMP QALKIIGRAG GIYGDFFNFY ACDLTLKLNG LQPGGPVRTV RITTQPSGRC TPK

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分子 #3: Virulence factor Mce family protein Mce1C

分子名称: Virulence factor Mce family protein Mce1C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MRTLQGSDRF RKGLMGVIVV ALIIGVGSTL TSVPMLFAVP TYYGQFADTG GLNIGDKVRI AGMDVGNVKS MEIDGDKVVI GYTLGGRTIG TESRAAIRTD TILGRKNIEI EPRGSETLKP RGVLPVGQTS APYQIYDAFL DVTRNAAGWD TQAVRQSLNV LSETVDQTSP ...文字列:
MRTLQGSDRF RKGLMGVIVV ALIIGVGSTL TSVPMLFAVP TYYGQFADTG GLNIGDKVRI AGMDVGNVKS MEIDGDKVVI GYTLGGRTIG TESRAAIRTD TILGRKNIEI EPRGSETLKP RGVLPVGQTS APYQIYDAFL DVTRNAAGWD TQAVRQSLNV LSETVDQTSP HLSAALDGVA RFSETIGKRD EDVKKLLASA NKVATVLGDR STQVNQLLVN AQTLLAAVNE RGRSVSLLLE RVSSVSRQVE GFVDENPNLN HVLEQLRTVS DVLNERKQDL ADILTVAGKF ITSLAEALAS GPYFKVMLVN LIPPTILQPF VDAAFKKRGI DPEEFWRNAG LPAFRFPDPN GERHENGAPP AAPTPLEGTP EHPGPAVPPG SPCSYTPPAD GIPSPGNPLP CAHLSQGPYG PVPGGYPPPN VATSAPNPDG IAHSPGVPSA AIPGQMPPEQ PGAPVEIAPG PPGARTVPVS PIPGAPDFTP GIAPPPPAIT GPPPPPGPGP QLAPVGEAPL PGNPPFLPPG SQSR

+
分子 #4: Virulence factor Mce family protein Mce1D

分子名称: Virulence factor Mce family protein Mce1D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSTIFNIRNI QLPRLSRAAV IIGALVVAAA LVAGYFGMNA YRKLTNTTVT AYFPEVLALY PGDKVLIMGV RVGSIDSIET AGDKMKVVFH FNNKYKVPEN ATASILNPSL VASRVIQLSP PYTGGPTLRD GAVLDVDRTQ VPIEYDEVRN QVTRLLADLG PTPEQPKGPF ...文字列:
MSTIFNIRNI QLPRLSRAAV IIGALVVAAA LVAGYFGMNA YRKLTNTTVT AYFPEVLALY PGDKVLIMGV RVGSIDSIET AGDKMKVVFH FNNKYKVPEN ATASILNPSL VASRVIQLSP PYTGGPTLRD GAVLDVDRTQ VPIEYDEVRN QVTRLLADLG PTPEQPKGPF GDIIESFADG FAGKGEQLNR TLRGLSDALT ALNEGRGDFF AVVKSLALFV NALHRSDQQF VALNNDLAQF TNSFTNTDQE LANALQDLNR VLKTTREFLD RNGGVLTHDI DNLEQVTTAI LQPEPRDGLE TGLHAYPNLA ANVLNINSPN QGGIIGLPVL PGVTNFSNPL QFVCSSIQAG SRLGYQESAE LCAQYLAPIM DAIKFNYLPF GMNLASTAMT LPKQIAYSEK RLQPPPGYKD TTVPGIWSRD TLFSHGNHEP GWIVAPGMQG VQVQPATANM LTPESLAELL GGPDIVPPPA PPAFGTTRGG NLPGPPNAFD ENNPLPPPWY PQPGPPPAPA PGVIPGDPLS AVAPAAPAAP AAPAPAGPPL PAEAGAG

+
分子 #5: Virulence factor Mce family protein Mce1E

分子名称: Virulence factor Mce family protein Mce1E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MRLLKGFPKM RNWTRVGRRT AVLAAVALVL TSCGQWRGIA NVPLPGGPGT ESGSMTLYVQ MPETLALNAN SRVRVRDVFV GRVRKIELIN WVPTLTVDVE PGIKLPKNTL AKIGQTSLLG SQHVELNPPE DPSSELLRDG DTIPLAQSSA YPTIERTLAG ISGILTGGGI ...文字列:
MRLLKGFPKM RNWTRVGRRT AVLAAVALVL TSCGQWRGIA NVPLPGGPGT ESGSMTLYVQ MPETLALNAN SRVRVRDVFV GRVRKIELIN WVPTLTVDVE PGIKLPKNTL AKIGQTSLLG SQHVELNPPE DPSSELLRDG DTIPLAQSSA YPTIERTLAG ISGILTGGGI PNIEVIQTEV FNILNGRADQ IREFLNQLDT FTDELNQQRE EITRAIDSTN RLLNIVSQRN DTLDRVLTEF PPLIQHFAET RDLFADAVTA LGRLSAAADE TLSGSNANLH TNLQNLQRPL KQLGRAAPYL VGALKLILTV PFNIDNIPKA IRGDYINVSL KLDLTLSSVD NAFLSGTGVS GMLRALEQAW GRDPATMIPD VRFTPNPHDA PGGPLVERGE

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分子 #6: Virulence factor Mce family protein Mce1F

分子名称: Virulence factor Mce family protein Mce1F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MLLTRFIKMQ LVIFLTLTLV ALVVLALFYL RLPTWAGLGM YKLNADLPNS GGLYATANVT YRGTTIGKVT SVEPSESGAR VEMNIYDRYK IPADATANVH SVSAVGEQFI DLTSDSGGGA YFQPGDTITK ATVPAEVGPA LDAAEKGLAV LPKEKIGTLL DEAATAFGGL ...文字列:
MLLTRFIKMQ LVIFLTLTLV ALVVLALFYL RLPTWAGLGM YKLNADLPNS GGLYATANVT YRGTTIGKVT SVEPSESGAR VEMNIYDRYK IPADATANVH SVSAVGEQFI DLTSDSGGGA YFQPGDTITK ATVPAEVGPA LDAAEKGLAV LPKEKIGTLL DEAATAFGGL GPSLQRLVDS TQAIAGDFRA NIDPVNDIIE NSGPIIDSQV NSGDAIQRWA ANLNTLAAQS AQNDEALRSG LQQAAPTADQ LNAVFSDVRE SLPQTLANLE IVIDMLKRYN KNVEQVLVAL PQGAAVAQTG TIFAPEGLLH FGLGINAPPP CLTGFLPASQ WRSPADTRTE PLPSGLYCKI PKDAPNAVRG ARNYPCADVP GKRAATPREC RSDEPYQPLG TNPWYGDPDQ IRNCPAPGAR CDQPVDPGRV IPAPSINNGL NPLPASQLPP PEVSSGPSSD PLTAPRGGTV TCSGQQPNPC IYTPAAGATA TYNPASGEVV GPGGVKYSVT NSNTPGDDGW KEMLAPAS

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分子 #7: ATP-binding protein MceG

分子名称: ATP-binding protein MceG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: C-terminus of MceG is tagged (3C-eGFP-4xGly-Tev-Flag-His6).
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MGVQIDVTGL SKSFGSSKIW EDVTMSIPAG EVSVLLGPSG TGKSVFLKSL IGLLRPERGS IVIDGTDILQ CSAKELYEIR TLFGVLFQDG ALFGSMNIYD NTAFPLREHT KKSESEIRKI VMEKLDLVGM PNDGHKFPGE ISGGMRKRAG LARALVLDPE IILCDEPDSG ...文字列:
MGVQIDVTGL SKSFGSSKIW EDVTMSIPAG EVSVLLGPSG TGKSVFLKSL IGLLRPERGS IVIDGTDILQ CSAKELYEIR TLFGVLFQDG ALFGSMNIYD NTAFPLREHT KKSESEIRKI VMEKLDLVGM PNDGHKFPGE ISGGMRKRAG LARALVLDPE IILCDEPDSG LDPVRTAYLS QLLIDINAQI DATVLIVTHN INIARTVPDN MGMLFRKQLV MFGPREVLLT SEEPVVKQFL NGRRIGPIGM SEEKDEATAA AEQALVDAGQ HDGGVEEIEG VPPQLQATPG MPERKAVARR KARVREILHT LPPAAQAAIL EELDRDQPQL SAPTTQTAAT APVENYDDSP TGVIEVPKQA GLSGQPPRSP SSGSSSNSLE VLFQGPTAAA AVSKGEELFT GVVPILVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN GIKVNFKIRH NIEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLSTQSALSK DPNEKRDHMV LLEFVTAAGI TLGMDELYKG GGGENLYFQD YKDDDDKHHH HHH

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分子 #8: ATP-binding protein MceG

分子名称: ATP-binding protein MceG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: C-terminus of MceG is tagged (3C-eGFP-4xGly-Tev-Flag-His6).
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MGVQIDVTGL SKSFGSSKIW EDVTMSIPAG EVSVLLGPSG TGKSVFLKSL IGLLRPERGS IVIDGTDILQ CSAKELYEIR TLFGVLFQDG ALFGSMNIYD NTAFPLREHT KKSESEIRKI VMEKLDLVGM PNDGHKFPGE ISGGMRKRAG LARALVLDPE IILCDEPDSG ...文字列:
MGVQIDVTGL SKSFGSSKIW EDVTMSIPAG EVSVLLGPSG TGKSVFLKSL IGLLRPERGS IVIDGTDILQ CSAKELYEIR TLFGVLFQDG ALFGSMNIYD NTAFPLREHT KKSESEIRKI VMEKLDLVGM PNDGHKFPGE ISGGMRKRAG LARALVLDPE IILCDEPDSG LDPVRTAYLS QLLIDINAQI DATVLIVTHN INIARTVPDN MGMLFRKQLV MFGPREVLLT SEEPVVKQFL NGRRIGPIGM SEEKDEATAA AEQALVDAGQ HDGGVEEIEG VPPQLQATPG MPERKAVARR KARVREILHT LPPAAQAAIL EELDRDQPQL SAPTTQTAAT APVENYDDSP TGVIEVPKQA GLSGQPPRSP SSGSSSNSLE VLFQGPTAAA AVSKGEELFT GVVPILVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN GIKVNFKIRH NIEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLSTQSALSK DPNEKRDHMV LLEFVTAAGI TLGMDELYKG GGGENLYFQD YKDDDDKHHH HHH

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分子 #9: ABC transporter permease protein YrbE1A

分子名称: ABC transporter permease protein YrbE1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTASTDGFVD YLRGQLEKPL ATVGGFFKMS VMTGKALFTR PFQWKEFVLQ SWFLIRVAFL PTLAVSIPLT VLIIFTLNIL LAEFGAADVS GAGAALGAVT QLGPLVTVLV VAGAGSTAIC ADLGARTVRE EIDALEVLGI DPIERLVVPR VVASTFVAFM LNGAVITIGL ...文字列:
MTASTDGFVD YLRGQLEKPL ATVGGFFKMS VMTGKALFTR PFQWKEFVLQ SWFLIRVAFL PTLAVSIPLT VLIIFTLNIL LAEFGAADVS GAGAALGAVT QLGPLVTVLV VAGAGSTAIC ADLGARTVRE EIDALEVLGI DPIERLVVPR VVASTFVAFM LNGAVITIGL VGGFFFGVYI QNVSAGAYVS TLTLLTGFPE VLISVVKATL FGMIAGLVGC YRGLTVAGGS KGVGTAVNET LVLCVVALFA VNVVLTTIGV RFGTGR

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分子 #10: ABC transporter permease protein YrbE1B

分子名称: ABC transporter permease protein YrbE1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSTVQVLRSR FPRAFSRSSE IAATPARFLD SMGHVAWFVV QAIVHVPHAF RHYRRESLRL VAEIGMGTGA MAVIGGTVAI IGFVTLSAGS LIAIQGFASL GNIGVEAFTG FFAALANIRV VAPVVTGQAL AATVGAGATA ELGAMRISEE VDALEVMGIK SISYLVSTRI ...文字列:
MSTVQVLRSR FPRAFSRSSE IAATPARFLD SMGHVAWFVV QAIVHVPHAF RHYRRESLRL VAEIGMGTGA MAVIGGTVAI IGFVTLSAGS LIAIQGFASL GNIGVEAFTG FFAALANIRV VAPVVTGQAL AATVGAGATA ELGAMRISEE VDALEVMGIK SISYLVSTRI MAGAIVIIPL YAMAILLSFM SAQLVTTIFY SQSVGTYEHY FHTFLRVDDV MWSFLEVIIM SVIVMLNHCY FGYFASGGAV GVGEAVGRSM RTSLIAIVLV VLLASLALYG TDPNFNLTV

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H13Cl2NO3Tris-HCl
5.0 mMMgSO4Magnesium sulfate
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC24H46O11n-dodecyl-beta-D-maltoside
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM MgSO4, 150 mM NaCl, 1 mM DDM, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample contains a mixture of MCE proteins endogenously purified from Mycobacterium smegmatis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 43925 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were collected in super resolution mode (nominal pixel size of 0.8255 A/pix after binning by 2).
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2869223
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Starting model was generated using cryoSPARC Ab initio Reconstruction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 178844
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 85000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
詳細: Consensus set of particles were 3D classified using cryoSPARC Heterogenous Refinement (four classes, a-d). Class c and d were combined to make Map2 (containing no density for LucB).
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model was initial fitted into the map using Chimera follow-by rigid body refinement in PHENIX. Models were further refined using PHENIX real-space refinement and then manually inspected in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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